در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: گاو هلشتاین,عدم تعادل لینکاژی,کروموزوم 6,اندازه موثر جمعیت
- چکیده: در مطالعات ارتباطی و انتخاب ژنومی تعیین وسعت عدم تعادل لینکاژی، در تشخیص میزان نشانگر مورد نیاز و اندازه نمونه، اهمیت دارد. دراین پژوهش از 1089 گاو نر هلشتاین نمونه خون و اسپرم تهیه شد و با استفاده از بسته نشانگری K50 شرکت ایلومینا ژنوتیپ 2030 نشانگر بر روی کروموزوم شماره 6 بر مبنای اسمبلی UMD3.1 ژنوم گاو تعیین شد. دادهها برای جهش تکنوکلئوتیدی نادرست و افراد با ژنوتیپهای نامشخص با استفاده از نرمافزار Plink تصحیح شد. پس از تصحیح 1606 نشانگر (%79) باقی ماند. متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 37/0 بود و %80 نشانگرها حداقل فراوانی آللی بالاتر از 2/0 داشتند. عدم تعادل لینکاژی با محاسبه دو پارامتر Dˊ و r2 از طریق نرمافزار Haploview محاسبه شد. در این مطالعه وسعت عدم تعادل لینکاژی kb40 ( 3/0=r2 ) برآورد شد و مقدار r2 در kb80 به 2/0(سطح متوسط) و در kb300 به 1/0 (سطح پایه)کاهش یافت. اندازه موثر جمعیت در 10 نسل قبل حدود 100 راس بود. علاوه بر این، 49 بلوک هاپلوتیپی با دامنه kb472-18 و پوشش Mb 6/10 از کل کروموزم شناسایی شد. نتایج این پژوهش نشان داد که بطور تقریبی بین 70000- 40000 نشانگر یا یک نشانگر به ازاء هر kb 75-40 برای مطالعات ارتباطی کل ژنوم در این جمعیت مورد نیاز است.
- چکیده انگلیسی: In whole genome association study, genomic selection, Determining of extent and level of linkage disequilibrium (LD) is important in sample size and marker density. In this experiment, the blood and sperm samples were collected form 1089 Holstein bulls and 2030 markers on chromosome 6 were genotyped by using Illumina Bovine SNP50K BeadChip based on UMD3.1 genome assembly. Data were corrected for missing genotyped SNP and individual with unknown genotype by Plink. After correction 1606 markers remained (79%). The average observed heterozygosity was 0.37 and 80% of the markers had minor all frequency more than 0.2. The LD was calculated with r2 and Dˊ by Haploview v4.2. The extent of LD in this study was 40 kb with r2=0.3. The r2 value was decreasing to 0.2 (moderate level) in 80kb and 0.1 (background level) in 300 kb. The effective population size has been decreased to 100 individual in 10 generations ago. The 49 haplotype blocks with range 18-472 kb were detected that covering the 10.6 Mb of whole chromosome. These results showed that between 4000-70000 markers or one marker per 40-75 kb will be need for whole genome association study in this Holstein population.
- انتشار مقاله: 21-12-1391
- نویسندگان: مریم نصرتی,مجتبی طهمورث پور,لوکا فونتانزی,محمدرضا نصیری
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: جایگاههای صفات کمّی,صفات تولیدمثلی,گوسفند بلوچی,مطالعه ارتباط ژنومی
- چکیده: در این تحقیق، یک پویش ژنومی برای شناسایی جایگاههای مؤثر بر صفات تولیدمثلی در گوسفند بلوچی انجام شد. به این منظور، نمونهبرداری خون از 96 رأس میش همراه با دادههای فنوتیپی مربوط به صفات تولیدمثلی شامل مجموع وزن همزادان متولد شده، میانگین وزن همزادان در تولد، مجموع وزن همزادان شیرگیری شده، میانگین وزن همزادان شیرگیری شده و تعداد برههای زنده در شش ماهگی در چهار نوبت زایش بدست آورده شد. پس از استخراج DNA، نمونهها با استفاده از تراشههایSNP گوسفندی (50K) تعیین ژنوتیپ شدند. تجزیه مطالعه ارتباط ژنومی با استفاده از نرمافزار PLINK در مدلهای رگرسیون خطی و لجستیک شامل اثرات SNPها و عوامل ثابت جنس و نوبت زایش انجام شد. در مجموع، هشت نشانگر معنیدار در سطح کروموزومی روی کروموزومهای 1، 4، 10، 15 و 17 مرتبط با صفات تولیدمثلی مورد مطالعه شناسایی شد (05/0>P). بررسی ژنها و QTLها در این مناطق نیز نشاندهنده وجود ژنها و QTLهای مؤثر بر صفات رشد و تولیدمثلی بود. از نتایج این تحقیق میتوان برای کشف واریانتهای مسبب صفات تولیدمثلی در برنامههای اصلاح نژادی گوسفند استفاده نمود.
- چکیده انگلیسی: Genetic improvement in reproductive and growth traits is major goal in sheep breeding. In this study, we performed a genome wide association study for detection of quantitative trait loci affecting reproductive traits in Baluchi sheep. For this purpose, blood samples were collected from a total of 96 ewes and data on their reproductive traits including total litter weight at birth (TLWB), litter mean weight per lamb born (LMWLB), total litter weight at weaning (TLWW), litter mean weight of lambs at weaned (LMWLW) and number of lambs alive at six months (NLA6m) in four parity. After DNA extraction, samples were genotyped using the Illumina Ovine SNP 50K BeadChip assay. Using PLINK software, a GWA study was performed in linear (GLM) and logistic regression analyses with a model included SNPs effect and sex and number of parities as fixed effects. A total of eight SNPs were found on chromosomes 1, 4, 10, 15 and 17 at the 5% chromosome-wise significance level (P<0.05) for studied reproductive traits. Also, study of genes and QTLs in these regions showed genes and QTLs affecting growth and reproductive traits. The results of this study could be used for discovery of causative variants for reproductive traits in sheep breeding programs.
- انتشار مقاله: 14-02-1396
- نویسندگان: مجید پسندیده,قدرت رحیمی میانجی,محسن قلی زاده,لوکا فونتانزی
- مشاهده