در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: QTL,گوسفند,نشانگرهای ریزماهواره,صفات رشد,خانوادهی ناتنی
- چکیده: هدف از انجام این پژوهش، نقشه یابی جایگاههای ژنی موثر بر وزن زنده و اندازه بدن و شناسایی نشانگرهای زیستی مهم مرتبط با سرعت رشد در گوسفند نژاد لری بختیاری بود. آنالیز نواحی ژنومی موثر بر صفات کمی مورد بررسی (QTL) در یک جمعیت گوسفند نژاد لری بختیاری با استفاده از تحلیل پیوستگی به روش مکانیابی درون فاصلهای مبتنی بر رگرسیون انجام گردید. جمعیت مورد بررسی شامل 162 حیوان مربوط به 5 خانواده ناتنی پدری بود. دادههای فنوتیپی شامل اندازهگیریهای وزن تولد (BW)، وزن یکماهگی (W1)، وزن شیرگیری (WW)، وزن شش ماهگی (W6)، دور سینه در شش ماهگی (HG6)، طول بدن در شش ماهگی (BL6)، ارتفاع جدوگاه در شش ماهگی (HT6)، وزن نه ماهگی (W9) و وزن دوازده ماهگی (W12) بودند. 5 والد نر و نتاج آنها برای شش نشانگر ریزماهواره تعیین ژنوتیپ شدند. دادهها در دو مرحله، آنالیز هر خانواده به صورت انفرادی و آنالیز توام تمام خانوادهها به کمک یک مدل تک QTLتجزیه و تحلیل شدند. براساس آنالیزهای انفرادی خانوادهها، QTL مرتبط با صفت وزن یک ماهگی (روی کروموزوم شماره 1 در موقعیت 6/210 سانتی مورگان) در نزدیکی پرایمر INRA011در خانواده دوم شناسایی گردید. در خانوادهی سوم نیز QTL های مرتبط با صفات وزن یک ماهگی و وزن شیرگیری به ترتیب در موقعیت های 6/252 و 6/223 سانتی مورگان در نزدیکی نشانگرهای LSCV105 و MCM137 شناسایی شدند. همچنین در خانواده چهارم نیز یک QTL موثر بر صفت وزن یک ماهگی در موقعیت 6/254 سانتی مورگان در نزدیکی نشانگر LSCV105شناسایی شد. با انجام آنالیز به صورت همزمان بر روی تمام خانوادهها یک QTL مرتبط با صفت وزن یک ماهگی در موقعیت 6/254 سانتی مورگان در نزدیکی نشانگر LSCV105شناسایی شد. با توجه به آن که ژن های ترانسفرین و PIT1 بر روی کروموزوم 1 قرار دارند این دو ژن کاندیداهای قوی برای اثرات مشاهده شدهی QTL برای صفات رشد در این نژاد هستند.
- چکیده انگلیسی: The aim of this study was to map loci affecting live weight and body size in Lori-Bakhtiari sheep and identification of biomarkers linked to growth rate in sheep. Quantitative trait loci (QTL) linkage analysis in a Lori-Bakhtiari sheep population was conducted using the regression-based interval mapping method. The mapping population consisted of 162 animals related to 5 paternal half families. Phenotypic data were measurements of birth weight (BW), weight at one month of age (W1), weaning weight (WW), weight at six months of age (W6), chest circumference (HG6), body length (BL6), wither height at six months of age (HT6), weight at nine months of age (W9) and yearling weight (W12). Five sires and their progeny were genotyped for microsatellite markers in a candidate region on sheep chromosome 1. Data were analyzed in two phases, individual family analysis and combined family’s analysis using a single-QTL model. Analysis based on individual families revealed QTL related to W1 (210.6 cM), near INRA011 marker segregating in the second family. In the third family, QTL affecting W1 and WW were identified at 252.6 and 223.6 cM, nearby MCM137 and LSCV105 markers, respectively. In addition, in the fourth family, a QTL underlying W1 was detected at 256.6 cM near LSCV105 marker. Combined analysis of all the families resulted to the identification of a QTL associated with W1 at position 254.6 cM relative to the centromere near the LSCV105 marker. There were two strong candidate genes close to the location of the detected QTL, the transferrin and PIT1 genes, thus these genes may account for the observed QTL effects for growth traits in Lori-Bakhtiari sheep.
- انتشار مقاله: 12-04-1396
- نویسندگان: ابراهیم اسدی خشویی1,رویا حریت,سعداله هوشمند,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانگرهای ریزماهواره,بلدرچین ژاپنی,طرح F2,جایگاه صفات کمی
- چکیده: هدف از انجام این پژوهش شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با وزن و نسبت اندام های داخلی بدن روی کروموزوم شماره 1 در یک جمعیت F2 بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور یک جمعیت سه نسلی از تلاقی دوجانبه دو سویه سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی) بلدرچین ژاپنی ایجاد شد. 8 جفت بلدرچین سفید و وحشی تلاقی داده شد و تعداد 34 پرنده F1 تولید شد. از تلاقی پرندگان F1 تعداد 422 پرنده F2 تولید شد. رکوردهای فنوتیپی مربوط به وزن ارگانهای مختلف پرندگان نسل F2 ثبت شدند. تمامی پرندگان مربوط به هر سه نسل (472) برای 8 نشانگر ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم 1 تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز QTL به روش مکانیابی درون فاصلهای مبتنی بر رگرسیون انجام گردید. پس از آنالیز، QTL های معنیداری برای وزن پیش معده، وزن غده یوروپیجیال، وزن بورسفابریسیوس، وزن سنگدان، درصد پیشمعده نسبت به وزن لاشه، درصد روده، درصد غده یوروپیجیال و درصد بورسفابریسیوس شناسایی گردید. واریانس QTL برآورد شده در پژوهش حاضر برای QTL های با اثر افزایشی در محدوده 29/7 – 06/4 درصد، برای QTL های با اثر غلبه در محدوده 65/4 – 96/1 درصد و برای QTL های با اثر ایمپرینتینگ در محدوده 25/6 – 7/2 درصد بود. نتایج حاصل از این پژوهش نشان می دهد که جایگاههای ژنی مؤثری بر وزن و درصد ارگانهای داخلی بدن روی کروموزوم 1 بلدرچین وجود دارد ولی برای درک بهتر ساختار ژنتیکی این صفات به مطالعات بیشتری نیاز است
- چکیده انگلیسی: The purpose of this study was to identify genomic regions affecting weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in an F2 population of Japanese quail. A three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild (meat type) and white (layer type). Eight pairs of white and wild birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. Phenotypic data including weight of organs were collected on F2 birds. All of the animals from three generations (472 birds) were genotyped for eight microsatellite markers on chromosome 1. QTL analysis was performed with least square regression interval mapping method fitting three various statistical models. Significant QTL were identified for pre-stomach weight, uropygial gland weight, bursa of fabricius weight, gizzard weight, percentage of pre-stomach, percentage of intestine, percentage of uropygial gland and percentage of bursa of fabricius. The proportion of the F2 phenotypic variation explained by the significant additive, dominance and imprinted QTL effects ranged from 4.06 to 7.29%, 1.96 to 4.65% and 2.7 to 6.25%, respectively. The results of this study show that there are quantitative trait loci associated with weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in Japanese quail, but more studies are needed to better understand genetic structure of these traits.
- انتشار مقاله: 07-02-1392
- نویسندگان: حسن مرادیان,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,محمد رضا محمد آبادی,سعید سهرابی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: بافت,بیان,بز کرکی راینی,ژن Rheb
- چکیده: ژن Rheb تحت عنوان ژن اولیه فوری[1] (IEG) برای اولین بار در سال 1994 شناسایی شد که دارای 184 اسید آمینه و وزن ملکولی 20497 دالتون است. Rheb متعلق به خانواده Ras است که چارچوب کربوکسی ترمینال CAAX را کد مینماید که نشان میدهد پروتئین ممکن است تحت فارنسیلاسیون بعد از ترجمه[2]قرار گیرد. Rheb یک فاکتور تنظیم کننده بالادست مسیر سیگنالدهی mTOR است و Rheb-GTP میتواند mTOR را فعال کند که القا کننده قوی فسفوریلاسیون S6K1 اندوژنوس در رزیدوهای ترئونین 389، ترئونین 421 و سرین 424 میباشد. بیان بیش از حد Rheb رشد سلولی را تحریک میکند، در حالیکه توقف بیان Rheb سنتز پروتئین و رشد سلولی را مهار میکند. بیان بیش از حد Rheb-GAP فعالیت mTOR را مهار میکند و ناحیه برش عرضی فیبر را در ماهیچههای اسکلتی پستانداران کاهش میدهد. بین میواستاتین و مسیرهای سیگنالدهی mTOR در ماهیچههای اسکلتی پستانداران اثرمتقابل وجود دارد. نمونهها از بافتهای مغز، قلب، شش، پانکراس، طحال، کلیه، کبد و بیضه مربوط به بز کرکی راینی تهیه شدند. RNA استخراج شده در دمای منفی80 درجه سانتیگراد نگهداری شد. کیفیت و کمیت RNA بررسی و سنتز cDNA انجام شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز صورت گرفت. محصولات PCR روی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز شد و با نرم افزار Gene Tools سطوح مختلف بیان در بافت های ذکر شده، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که این ژن در تمامی بافت های بررسی شده بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت کلیه و کمترین سطح بیان در بافت های پانکراس و بیضه مشاهده شد. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل آماری توسط نرم افزار SPSS نشان می دهد که بیان ژن Rheb در بز کرکی رائینی در بین بافت های مختلف تفاوت معنی داری در سطح 1 درصد دارد. لذا میتوان پیشنهاد کرد که احتمالا ژن Rheb در سلول های بز نقش دارد و باید در تحقیقات بعدی این نقش(ها) شناسایی شوند.
- چکیده انگلیسی: Rheb (Ras homolog enriched in brain) gene is originally identified as immediate early gene (IEG) in 1994, encoding 184 amino acids with a deduced molecular mass of 20 497 Da in hippocampus. Rheb belongs to Ras family that encodes a carboxylterminal CAAX box indicating that the protein may undergo post-translational farnesylation. Rheb is an upstream regulatory factor in mTOR signaling pathway and the Rheb-GTP can active mTOR that inducing strong phosphorylation of endogenous S6K1 at residues Thr389, Thr421 and Ser424. Overexpression of Rheb stimulates cell growth while knockdown of Rheb expression inhibits protein synthesis and cell growth in insects. Over expression of Rheb-GAP inhibits mTOR activation and reduces fiber cross-sectional area in mammalian skeletal muscle. There is cross-talk between Mstn and mTOR signaling pathways in mammalian skeletal muscles. Tissues including brain, heart, lung, pancreatic, spleen, kidney, liver and testis were collected from the Raini Cashmir goat after slaughter. Extracted RNA were immediately stored at -80°C. Quality and quantity of RNA were evaluated and cDNA was synthesized and PCR was performed. PCR Products were electrophoresed on 1.5% agarose gel and were evaluated different levels of expression in studied different tissues. Results showed that the Rheb gene was expressed in all the tested tissues and the highest level of expression was observed in kidney and the lowest level was detected in pancreatic and testis. Results of SPSS analyziz demonstrated that expression of Rheb gene in Raini cashmir goat significantly (P£0.01) is different in various tissues. Hence, can suggest that Rheb has probably role in goat cells and must detect in future investigations.
- انتشار مقاله: 10-12-1392
- نویسندگان: فاطمه توحیدی نژاد,محمدرضا محمدآبادی,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,عذرا نجمی نوری
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: بلدرچین ژاپنی,متیونین,بیان ژن IGF-1
- چکیده: در مطالعه حاضر به منظور بررسی اثر محدودیت متیونین بر بیان ژن IGF-1 در عضله سینه بلدرچین ژاپنی از تعداد 200 قطعه بلدرچین ژاپنی در قالب طرح کاملا تصادفی استفاده شد. این پرندگان بر مبنای نوع جیره مورد استفاده به طور تصادفی به دوگروه شامل جیره محتوی مکمل متیونین و جیره بدون مکمل متیونین تقسیم شدند. میزان بیان ژن IGF-1 در عضله سینه بلدرچین ژاپنی در 24 روزگی با استفاده از تکنیک Real time PCR اندازه گیری شد. همچنین در این سن وزن بدن و صفات مختلف استخوان های ران، درشت نی و بازو برای پرندگان فوق اندازه گیری و ثبت شدند. نتایج نشان داد که بیان ژن IGF-1با حذف مکمل متیونین از جیره غذایی بلدرچینها به طور قابل ملاحظه ای افزایش می یابد (05/0P<). به طوریکه میزان بیان این ژن در عضله سینه پرندگانی که از جیره فاقد مکمل متیونین استفاده کرده بودند سه برابر بیشتر از میزان آن در گروهی بود که مکمل متیونین را دریافت کرده بودند. لازم به ذکر است که حذف مکمل متیونین موجب کاهش وزن بدن گردید، اما اثر معنی داری بر رشد استخوان ها در سن مورد بررسی نداشت. نتایج حاصل از تحقیق نشان میدهد با اینکه حذف مکمل متیونین از جیره غذایی موجب افزایش میزان بیان ژن IGF-1 میگردد اما کاهش وزن را به دنبال دارد. بنابراین رشد بدن تنها متاثر از میزان بیان ژن IGF-1 نمیباشد
- چکیده انگلیسی: In the present study to investigate the effect of dietary methionine restriction on IGF-1 gene expression in breast muscle of Japanese quail, 200 pieces of the birds were randomly divided into two different dietary groups containing recommended methionine supplement and without the methionine supplement. IGF-1 gene expression levels were measured using the Real time PCR techniques in breast muscle of the Japanese quail at 24 days of age. Also in this age, the body weight and bone characteristics such as Femur, Humorous and tibia were recorded. The results indicate that IGF-1 gene expression significantly increased when the methionine supplement was removed from the diet (P<0.05) while the body weight was decreased No significant difference was found between the two groups for the bone characteristics.
- انتشار مقاله: 11-12-1393
- نویسندگان: الهه رستم زاده,مسعود اسدی فوزی,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,ملک حسین اسدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: تنوع ژنتیکی,چندشکلی,نشانگرهای ریزماهوارهای
- چکیده: نژادهای بومی در هر کشور بهعنوان یک سرمایه ملی و محصولی استراتژیک در اقتصاد و رونق آن کشور محسوب میشوند که حفظ و نگهداری این نژادها بسیار ارزشمند است. با توجه به اهمیت حفظ تنوع در نژادهای بومی و شناسایی ذخایر ژنتیکی، پنج جمعیت از نژادهای گوسفند ایرانی (عربی، آرمان، دالاق، قرهگل و لری) با استفاده از 4 نشانگر ریزماهوارهای (McMA2، McMA26، OarHH35 و BM6444) از نظر تنوع ژنتیکی مورد بررسی قرار گرفت. از تعداد 225 نمونه خون DNA ژنومی به روش استخراج نمکی بهینهشده، به دست آمد. واکنشهای PCR به خوبی انجام شد. نتایج نشان داد که تمامی جایگاهها کاملاً چندشکل بودند. آزمون تعادل هاردی–وینبرگ به روش آزمون مربع کای نشان داد که برخی ترکیبات مختلف جایگاهها-جمعیت در حالت عدم تعادل قرار داشتند (05/0P<). بیشترین تعداد آلل مشاهده شده در جایگاههای McMA2، McMA26 و OarHH35 به ترتیب مربوط به جمعیتهای دالاق، عربی، لری و قرهگل (12 آلل) و کمترین تعداد از آن جایگاه OarHH35 در جمعیت دالاق بود. حداکثر هتروزیگوسیتی مورد انتظار در حالت ترکیب جمعیت-جایگاه برای جایگاههای McMA2، McMA26، OarHH35، BM6444 به ترتیب 885/0، 9/0، 88/0و 87/0 بودند. در مجموع میتوان نتیجه گرفت که جمعیتهای گوسفند مورد بررسی در این پژوهش با توجه به جایگاههای مورد مطالعه، از تنوع ژنتیکی نسبتاً بالایی برخوردارند.
- چکیده انگلیسی: Indigenous races in each country are as a national capital and strategic product in the economy and prosperity of the country that maintenance of these races are very valuable. Due to the importance of maintaining diversity and identification of genetic resources in indigenous breeds, five breeds of Iranian sheep population (Arabi, Arman, Dalagh, Karakul and Lory) using four microsatellite markers (McMA2, McMA26, OarHH35 and BM6444 ) was evaluated in terms of genetic diversity. Genomic DNA was extracted from 225 blood samples by optimized salting-out DNA extraction procedure. The PCR reactions were successfully performed with all primers. The results showed that all loci were quite polymorph. Hardy-Weinberg equilibrium test using chi-square test showed that some various combinations of loci-population were in a state of Hardy-Weinberg disequilibrium (P<0.05). The highest number of alleles was observed in loci of McMA2, McMA26 and OarHH35 of Dalagh, Arabic, Lory and Karakul populations respectively (12 alleles) and the lowest number of alleles for OarHH35 in Dalagh population. The maximum expected heterozygosity in combination locus-population of loci McMA2، McMA26، OarHH35، BM6444 were 0.885, 0.9, 0.88 and 0.87 respectively. With respect to the studied loci, it is concluded that all studied sheep populations have wide genetic diversity.
- انتشار مقاله: 05-07-1393
- نویسندگان: محمدتقی واجدابراهیمی,محمدرضا محمدآبادی,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانگرهای ریزماهواره,صفات رشد,خطای تعیین ژنوتیپ,طول موتیف
- چکیده: تعیین ژنوتیپ جایگاههای ریزماهوارهای همیشه با ریسک بروز خطا همراه است، که میتواند بهطور معنیداری کلیه نتایج حاصل از آنرا تحتتأثیر قرار دهد. یکی از راهکارهای جدید برای حل این مشکل، استفاده از سامانه گروهبندی جدید ژنوتیپی براساس ماهیت توالی موتیف و دامنه آللهای مشاهده شده به جای قرائت ژنوتیپ انفرادی هر جایگاه میباشد. در این راستا، هدف از مطالعه حاضر ارزیابی ارتباط بین سه گروه بندی جدید ژنوتیپی هموزیگوت برای آللهای کوتاه، هموزیگوت برای آللهای بلند و هتروزیگوت برای ترکیب آللهای کوتاه و بلند برای تعدا کل 13 جایگاه ریزماهواره با صفات رشد و شاخص نسبت کلیبر در بزهای تجاری بوئر بود. پس از تصحیح اثرات ثابت، نتایج مطالعه حاضر نشان داد که گروه ژنوتیپی هتروزیگوت در جایگاههای TEXAN006 وCSSM32 تاثیر معنیداری بر روی صفت وزن تولد بزغالهها دارند (P<0.05). همچنین افراد متعلق به گروه هموزیگوت برای آللهای بلند در جایگاه BMC1009 به طور معنیدار دارای وزن از شیرگیری بالاتری در مقایسه با دیگر گروههای ژنوتیپی بودند (P<0.05). علاوه بر این ارتباط معنیداری درجایگاههای ریزماهوارهای BM4307، BM4621 و UWCA46 با صفت افزایش وزن روزانه مشاهده گردید (P<0.05). در مجموع نتایج مطالعه حاضر نشان داد، که دیدگاه گروهبندی جدید آللهای مشاهده شده در جایگاه ریزماهواره بر مبنای تغییر طول موتیف میتواند خطاهای تعیین ژنوتیپ ناشی از وجود باندهای کاذب در سیستم تعیین ژنوتیپ انفرادی را حداقل نماید و شانس بالاتری را برای مشاهده همبستگی بین این جایگاهها و صفات اقتصادی مورد ارزیابی ایجاد کند.
- چکیده انگلیسی: Microsatellite genotyping can always be prone to genotyping errors which significantly affect the entire subsequent analysis. One of the new approaches to overcome this problem is an alternative method of using a clustering system of genotypes based on microsatellite motif length and allelic frequencies range instead of individual genotypes. The objective of the present study was to establish an association of 13 microsatellite markers, classified into three new groups based on allele size consisting homozygous for the short allele, homozygous for the long allele and the class of heterozygous for long and short alleles, with body weight and Keliber ratio in commercial Boer goats. The results after considering the fixed effects, revealed that the class of heterozygous for long and short alleles of TEXAN006 and CSSM32 loci were significantly associated with kids birth weight (P<0.05). The highest weaning weight was observed in individuals homozygous for long alleles at the BMC1009 locus (P<0.05). The BM4307, BM4621 and UWCA46 loci were also shown an association with average daily gain (P<0.05). In conclusion, the results showed that the use of motif length in the genotyping of microsatellite markers instead of genotype of each locus can minimize the genotyping errors and cause the higher probability to get a significant association with economically important traits.
- انتشار مقاله: 25-04-1393
- نویسندگان: آرش جوانمرد,لیلا علی طالش,محمدحسین مرادی,زهرا عزیزی,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانگر ریزماهواره,بلدرچین ژاپنی,نقشهیابی QTL,ایمپرینتینگ
- چکیده: برای مکانیابی جایگاههای صفات کمّی (QTL) مؤثر بر صفات لاشه و اندامهای داخلی کروموزوم شمارۀ دو بلدرچین ژاپنی، با استفاده از تلاقی متقابل دو سویۀ پرندۀ سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی)، پرندگان نسل F1 ایجاد شدند. 422 پرندۀ نسل F2 حاصل از تلاقی تصادفی پرندگان نسل F1 در پایان دورۀ 35 روزۀ پرورش کشتار شدند و رکوردبرداری فنوتیپی صفات مربوط به لاشه انجام گرفت و نمونههای خون آنها برای تعیین ژنوتیپ چهار نشانگر ریزماهواره واقع روی کروموزوم دو جمعآوری شد. دادههای مربوط به تعیین ژنوتیپ و رکوردبرداری فنوتیپی با روش نقشهیابی درون فاصلهای مبتنی بر تابعیت و با استفاده از 3 مدل آماری متفاوت مورد تجزیه و تحلیل QTL قرار گرفتند و در مجموع 15 جایگاه معنادار مربوط به این صفات شناسایی شدند. در مدل اول تمامی صفات با اثر غلبه معنادار شدند. در مدل دوم تمامی صفات نزدیک نشانگر GUJ0084 قرار داشتند و اغلب صفات QTLهای معناداری با اثرات غلبه و ایمپرینتینگ داشتند. در مدل سوم نیز بیشتر صفات در جنس ماده و با اثر غلبه معنادار شدند. نتایج این پژوهش نقش توارث غیر مندلی (ایمپرینتینگ ژنومی) و اثرات پلیوتروپی و تکژنی را روی بعضی صفات نشان میدهد.
- چکیده انگلیسی: The aim of present research was to locate genomic loci (QTL) on chromosome 2. Itis associated with the carcass traits in Japanese quail. The F1 population was created by using reciprocal crosses between two strains of white birds (layer) and wild (broiler) birds. The F2 birds (422 birds) were derived by random mating of the F1 birds. All of the F2 birds were slaughtered at 35 days of age and recorded for carcass traits. Blood samples were collected at slaughtering time to genotype for four microsatellite markers on chromosome 2. Genotypic and phenotypic data were analyzed for QTL mapping with interval mapping method based on regression applying three different genetic models. A total number of 15 loci was found to be significantly associated with carcass traits. In the first model all traits with dominance effect were significant. The second model often had significant QTL with dominance and imprinting effects and all the traits were closest to the GUJ0084 marker. When it comes to the third model, most of the traits were significant in the female with dominance effect. Results of this study showed the role of Non-Mendelian inheritance (genomic imprinting) and pleiotropy as well as single gene effects in some traits.
- انتشار مقاله: 02-06-1393
- نویسندگان: احسان نصیری فر,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,حسن مرادیان,سعید سهرابی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: چندریختی تک نوکلئوتیدی,تغییرپذیری ساختاری,حذف و اضافة کوچک
- چکیده: در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ساختاری با برنامة BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونههای سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شدند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونههای سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختیهای تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیهوتحلیل دادهها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.
- چکیده انگلیسی: In this research, samples were collected from three Iranian native dogs and three wolves. Whole-genome sequencing for each individual was performed using next-generation sequencing technology. All short reads were aligned to the reference genome using BWA tool. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and small insertions and deletions (Indels) were detected using the genome analysis toolkit (GATK). Structural variants were predicted using the BreakDancer software. Annotating single-nucleotide polymorphisms and small insertions and deletions was done using SnpEff Software. Nucleotide diversity values in dogs and wolves samples were calculated using VCFtools. In current researche, 12459651 SNPs were detected that 7819789 and 10454994 were for dog and wolf, respectively. Of the total number of Single-nucleotide polymorphisms, 53.57%, 31.989% and 0.811% were located within intergenic, introns and exon regions. The results showed that structural diversity of wolf genome is higher than that in dog.
- انتشار مقاله: 06-11-1394
- نویسندگان: زینب امیری قنات سامان,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,مسعود اسدی فوزی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: مارکر مولکولی,جهش,اگزون,رشد ماهیچه,ماهیچه مضاعف
- چکیده: این تحقیق با هدف بررسی چندشکلی موجود در اگزون شماره یک در ناحیه ترجمه نشده ˊ5َ(5'UTR) ژن میوستاتین و ارتباط آن با صفات رشد در بز کرکی رایینی انجام شد. ژن میوستاتین به عنوان عامل ایجادکننده ماهیچه مضاعف شناخته شده است که در آن مجموعهای از جهشهای غیرفعالکننده ژن رخ میدهند و درنتیجه باعث افزایش رشد ماهیچه میشود. برای این منظور، از 150 رأس بز کرکی رایینی به صورت تصادفی نمونه خون گرفته شد. سپس DNA ژنومی آنها استخراج شد و تکثیر قطعهای به طول 701 جفت باز در اگزون یک ژن میوستاتین با استفاده از روش PCR-RFL انجام شد. تجزیه و تحلیل الگوهای باندی منجر به شناسایی سه الگوی باندی AA،AB و BB شد، که فراوانی آنها به ترتیب برابر با 56/0، 33/0 و 11/0 برآورد شد. دو آلل A و B با فراوانی 72/0 و 28/0 در جمعیت مورد مطالعه شناسایی شد. نتایج آنالیز اثرات افزایشی و غلبه ژنی نشان داد اثر ژن میوستاتین بر صفات رشد و اندازه بدن از طریق مکانیسم اثر غلبه است. نتایج نشان داد کلیه صفات رشد مورد مطالعه به جز وزن از شیرگیری ارتباط معنی داری با چندشکلی یافت شده دارند و میتوان از این ژن به عنوان یک مارکر مولکولی استفاده کرد.
- چکیده انگلیسی: This wok was conducted to identify polymorphisms in the region of the exon 1 in 5'UTR of myostatin gene and their relationships with the growth traitsin Raeini cashmere goats. Myostatin gene has been identified as a factor causing a phenotype known as double-muscling in which a series of mutations render the gen inactivity; therefore, able to increase muscle growth. Blood samples were randomly taken from 150 Raeini cashmere goats. Total genomic DNA was extracted and a 701 bp fragment was amplified from the exon 1 of myostatin gene using PCR-RFLP method. The analysis of band patterns indicated three genotypes including AA, AB and BB with frequencies of 0.56, 0.33 and 0.11, respectively. The A and Balleles had a frequency of 0.72 and 0.28, respectively. The analysis of additive and dominance gene actions revealed that the effect of the myostatin gene on growth traits and body size of Raeini cashmere goats is via the dominance mechanism. The results showed that all growth traits except weaning weight were significantly associated with the identified polymorphisms, thus this gene can be used as a molecular marker in Raeini cashmere goats breeding.
- انتشار مقاله: 22-03-1397
- نویسندگان: الهه سنجری,مهدیه ضیاالدینی,مسعود اسدی فوزی,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانگر ریزماهواره,بلدرچین ژاپنی,سرعت رشد نسبت کلیبر,جایگاه صفات کمی (QTL)
- چکیده: این تحقیق با هدف شناسایی جایگاههای صفات کمی (QTL) موثر بر سرعت رشد و نسبت کلیبر روی کروموزوم شماره 5 بلدرچین ژاپنی با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره انجام شد. آزمایش در قالب یک طرح سه نسلی با استفاده از تلاقی دو جانبه دو سویه سفید و وحشی اجرا شد. از میان پرندگان نسل دوم 34 پرنده بطور تصادفی انتخاب و با تلاقی بین آنها 422 پرنده نسل سوم ایجاد شدند. رکوردهای فنوتیپی مربوط به میانگین افزایش وزن روزانه و نسبت کلیبر روی پرندگان نسل F2 ثبت شدند. تمامی 472 پرنده مربوط به هر سه نسل برای نشانگرهای ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم شماره 5 تعیین ژنوتیپ شدند. برای آنالیز جایگاه صفات کمی، روش مکانیابی درون فاصلهای مبتنی بر رگرسیون در 5 مدل مختلف آماری مورد استفاده قرار گرفت. نتایج بیانگر وجود جایگاههای صفات کمی معنیداری با اثر افزایشی برای صفات میانگین افزایش وزن روزانه از یک روزگی تا یک هفتگی در موقعیت 21 سانتی مورگانی و نسبت کلیبر سه تا چهار هفتگی در موقعیت 18 سانتیمورگانی بود. اثرات غلبه و ایمپرینتینگ جایگاه صفات کمی بر هیچکدام از صفات مورد مطالعه معنیدار نبود. واریانس افزایشی جایگاههای صفات کمی شناسایی شده برای صفات مختلف در محدوده 1/1 تا 6/3 بود. با برازش مدلهای آماری مختلف، برای صفات میانگین افزایش وزن روزانه و نسبت کلیبر جایگاههای صفات کمی معنیدار با اثرات مختلف شناسایی شد.
- چکیده انگلیسی: This research carried out to identify effective quantitative trait loci in growth rate and Keliber ratio on chromosome 5 of Japanese quail by microsatellite markers. A three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild and white, to map quantitative trait loci underlying growth rate and Kleiber ratio. Eight pairs of white (S) and wild (W) birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. All of the animals from three generations (472 birds) were genotyped for three microsatellite markers on chromosome 5. Phenotypic data including average daily again and Kleiber ratio were collected on F2 birds. QTL analysis was performed using least squares regression interval mapping method fitting five various statistical models. Significant additive QTL were identified for average daily gain from hatch to one week of age and Kleiber ratio between 3 to 4 weeks of age. Dominance and imprinting QTL effects were not significant. The F2 phenotypic variance explained by the detected additive QTL effects ranged from 1.1 to 3.6 for different traits Significant QTLs identified by doing various statically types for average daily gain and keliber ratio with various effect.
- انتشار مقاله: 02-06-1394
- نویسندگان: محبوبه ایرانمنش,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,محمدرضا محمدآبادی,سعید سهرابی
- مشاهده