چکیده:
در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلادة گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالییابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامة BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامة GATK شناسایی شدند. تغییرپذیری (واریانت)های ساختاری با برنامة BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامةSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونههای سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شدند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونههای سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختیهای تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیة بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه‌وتحلیل دادهها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.
چکیده انگلیسی:
In this research, samples were collected from three Iranian native dogs and three wolves. Whole-genome sequencing for each individual was performed using next-generation sequencing technology. All short reads were aligned to the reference genome using BWA tool. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and small insertions and deletions (Indels) were detected using the genome analysis toolkit (GATK). Structural variants were predicted using the BreakDancer software. Annotating single-nucleotide polymorphisms and small insertions and deletions was done using SnpEff Software. Nucleotide diversity values in dogs and wolves samples were calculated using VCFtools. In current researche, 12459651 SNPs were detected that 7819789 and 10454994 were for dog and wolf, respectively. Of the total number of Single-nucleotide polymorphisms, 53.57%, 31.989% and 0.811% were located within intergenic, introns and exon regions. The results showed that structural diversity of wolf genome is higher than that in dog.
خبرنامه
برای ثبت نام در خبرنامه و دریافت خبرنامه ایمیل خود را وارد نمایید.
