در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: Rostaniha
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: maize,morphology,Cowpea ,Molecular phylogeny,Bottlebrush
- چکیده: در مطالعه حاضر، هشت جدایه از جنس Curvularia، جداسازی شده از گیاهان لوبیا چشمبلبلی، ذرت و شیشهشور در استان خوزستان، براساس روش مبتنی بر فیلوژنی مولکولی و ریختشناسی شناسایی شدند. زیستتوده میسلیومی جدایهها، تولید شده در محیط مایع سیب زمینی-دکستروز، به وسیله کاغذ صافی جمعآوری و خشک-انجمادی شد. توده DNA با استفاده از یک روش مبتنی بر فنل و کلروفرم استخراج شد. بخشهایی از نواحی rDNA هستهای و gpd با استفاده از آغازگرهای مناسب تکثیر و سپس توالییابی شدند. توالیهای ITS و gpd مربوط به جدایههای تحت تحقیق با توالیهای معتبر مربوط به سویههای تیپ در بانک ژن با استفاده از الگوریتم BLASTn و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی (مبتنی بر دو ناحیه ژنومی) مورد مقایسه قرار گرفتند. بر این اساس، جدایهها در سطح گونه شناسایی و گونههایC. americana، C. muehlenbeckiae و C.verruculosa را شامل شدند. لذا، این نخستین گزارش دو گونه C. americana و C. muehlenbeckiae در ایران میباشد. به علاوه، این مطالعه برای هر سه گونه مورد بررسی میزبان جدیدی گزارش میکند و مشخصات ریختشناسی و مولکولی بیشتری برای گونه C.verruculosa ارایه میدهد.
- چکیده انگلیسی: In present study, eight isolates of the genus Curvularia, recovered from plants of the cowpea, maize and bottlebrush in Khuzestan province, were identified based on molecular phylogeny in combination with morphology. The mycelial biomass of the isolates, produced in potato-dextrose-Broth, were collected by passing through filter papers and freeze-dried. DNA was extracted using a phenol- and chloroform-based method. The partial regions of nrDNA and gpd were amplified using the appropriate primers and then sequenced. The consensus ITS and gpd sequences of the isolates under survey were compared to reference sequences of the type strains in GenBank by BLASTn algorithm and two-loci phylogenetic analysis. Accordingly, the isolates were identified at species level as follow: Curvularia americana, C. muehlenbeckiae,and C.verruculosa. To our knowledge, this is the first record of both the C. americana and C. muehlenbeckiae in Iran. Moreover, this study reports new hosts for all three species with further morphological and molecular characterization of C.verruculosa species as well.
- انتشار مقاله: 27-08-1397
- نویسندگان: Sahar Janbozorgi,Mehdi Mehrabi-Koushki,Reza Farokhinejad
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: Rostaniha
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: Phylogenetic analysis,morphology,Strains,sequences
- چکیده: تحقیق حاضر به منظور شناسایی گونه های Colletotrichum همراه علایم آنتراکنوز در برخی گیاهان در استان خوزستان، با استفاده از روشهای مبتنی بر ریختشناسی و تجزیه و تحلیل مولکولی انجام شد. طی سالهای 96-1395، 40 نمونه برگ و میوه دارای علایم آنتراکنوز از گیاهان توتفرنگی، پرتقال، لیموترش، موز، یونجه و نارنج جمعآوری شد که براساس بررسیهای ریختشناسی، 12 جدایه آنها، از جنس Colletotrichum بودند. از این جدایهها، زیستتوده میسیلیومی در محیط PDB تهیه و خشکانجمادی انجام شد. استخراج DNA
با استفاده از یک روش آلی مبتنی بر فنل و کلروفرم انجام شد و سپس، ناحیه ITS و بخشهایی از نواحی 28S-D1/D2 وTub2با استفاده
از آغازگرهای عمومی و اختصاصی تکثیر و توالییابی شدند. توالیهای حاصله با توالیهای مربوط به استرینهای تیپ در بانک ژن با استفاده از الگوریتم BLASTn و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی (الگوریتم درستنمایی بیشینه) مورد مقایسه قرار گرفتند. گونههای
Colletotrichum gloeosporioides،C. karstii، C. musae، C. nymphaeae و C. truncatum شناسایی و ریختشناسی آنها بررسی شد.
در درخت فیلوژنتیکی مبتنی بر توالیهای ترکیبی، دو ناحیه ژنی ITS و Tub2، جدایههای Colletotrichum تحت مطالعه با استرینهای معتبر از هر گونه خوشهبندی شدند و کلادهایی معتبر با ارزش بوتاستراپ 99-96 درصد ایجاد کردند.
- چکیده انگلیسی: Anthracnose is a general term for sunken lesions and blights on stems, leaves and fruits which causes economic damage to agricultural products. This study, conducted to identify Colletotrichum species associated with anthracnose symptoms on some plants in Khuzestan province (Iran) using morphological and molecular methods. During 2016–17, 40 leaf and fruit samples showing anthracnose symptoms (from alfalfa, banana, sour lemon, orange and strawberry) were collected and surveyed for morphological study. Accordingly, 12 isolates of the genus Colletotrichum were obtained. Mycelial biomass of the isolates were produced in PDB and freeze-dried. DNA was extracted using an organic method based on phenol and chloroform. The ITS and partial regions of the 28S-D1/D2 and Tub2 were amplified using universal and specific primers and sequenced. Obtained sequences were compared with index sequences belonging to the type strains in GenBank by BLASTn algorithm and phylogenetic analysis (maximum likelihood algorithm). The species of Colletotrichum gloeosporioides, C. karstii, C. musae, C. nymphaeae, and C. truncatum were identified along with their morphological study. In phylogenetic tree constructed based on the ITS and Tub2 combined dataset, Colletotrichum isolates under study were clustered with type strain of each species and formed monophyletic clades with 96–99% bootstrap support.
- انتشار مقاله: 03-04-1397
- نویسندگان: Kobra Heidari,Reza Farokhinejad,Mehdi Mehrabi-Koushki
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: Rostaniha
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: maize,morphology,Cowpea ,Molecular phylogeny,Bottlebrush
- چکیده: در مطالعه حاضر، هشت جدایه از جنس Curvularia، جداسازی شده از گیاهان لوبیا چشمبلبلی، ذرت و شیشهشور در استان خوزستان، براساس روش مبتنی بر فیلوژنی مولکولی و ریختشناسی شناسایی شدند. زیستتوده میسلیومی جدایهها، تولید شده در محیط مایع سیب زمینی-دکستروز، به وسیله کاغذ صافی جمعآوری و خشک-انجمادی شد. توده DNA با استفاده از یک روش مبتنی بر فنل و کلروفرم استخراج شد. بخشهایی از نواحی rDNA هستهای و gpd با استفاده از آغازگرهای مناسب تکثیر و سپس توالییابی شدند. توالیهای ITS و gpd مربوط به جدایههای تحت تحقیق با توالیهای معتبر مربوط به سویههای تیپ در بانک ژن با استفاده از الگوریتم BLASTn و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی (مبتنی بر دو ناحیه ژنومی) مورد مقایسه قرار گرفتند. بر این اساس، جدایهها در سطح گونه شناسایی و گونههایC. americana، C. muehlenbeckiae و C.verruculosa را شامل شدند. لذا، این نخستین گزارش دو گونه C. americana و C. muehlenbeckiae در ایران میباشد. به علاوه، این مطالعه برای هر سه گونه مورد بررسی میزبان جدیدی گزارش میکند و مشخصات ریختشناسی و مولکولی بیشتری برای گونه C.verruculosa ارایه میدهد.
- چکیده انگلیسی: In present study, eight isolates of the genus Curvularia, recovered from plants of the cowpea, maize and bottlebrush in Khuzestan province, were identified based on molecular phylogeny in combination with morphology. The mycelial biomass of the isolates, produced in potato-dextrose-Broth, were collected by passing through filter papers and freeze-dried. DNA was extracted using a phenol- and chloroform-based method. The partial regions of nrDNA and gpd were amplified using the appropriate primers and then sequenced. The consensus ITS and gpd sequences of the isolates under survey were compared to reference sequences of the type strains in GenBank by BLASTn algorithm and two-loci phylogenetic analysis. Accordingly, the isolates were identified at species level as follow: Curvularia americana, C. muehlenbeckiae,and C.verruculosa. To our knowledge, this is the first record of both the C. americana and C. muehlenbeckiae in Iran. Moreover, this study reports new hosts for all three species with further morphological and molecular characterization of C.verruculosa species as well.
- انتشار مقاله: 27-08-1397
- نویسندگان: Sahar Janbozorgi,Mehdi Mehrabi-Koushki,Reza Farokhinejad
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: Rostaniha
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: Phylogenetic analysis,morphology,Strains,sequences
- چکیده: تحقیق حاضر به منظور شناسایی گونه های Colletotrichum همراه علایم آنتراکنوز در برخی گیاهان در استان خوزستان، با استفاده از روشهای مبتنی بر ریختشناسی و تجزیه و تحلیل مولکولی انجام شد. طی سالهای 96-1395، 40 نمونه برگ و میوه دارای علایم آنتراکنوز از گیاهان توتفرنگی، پرتقال، لیموترش، موز، یونجه و نارنج جمعآوری شد که براساس بررسیهای ریختشناسی، 12 جدایه آنها، از جنس Colletotrichum بودند. از این جدایهها، زیستتوده میسیلیومی در محیط PDB تهیه و خشکانجمادی انجام شد. استخراج DNA
با استفاده از یک روش آلی مبتنی بر فنل و کلروفرم انجام شد و سپس، ناحیه ITS و بخشهایی از نواحی 28S-D1/D2 وTub2با استفاده
از آغازگرهای عمومی و اختصاصی تکثیر و توالییابی شدند. توالیهای حاصله با توالیهای مربوط به استرینهای تیپ در بانک ژن با استفاده از الگوریتم BLASTn و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی (الگوریتم درستنمایی بیشینه) مورد مقایسه قرار گرفتند. گونههای
Colletotrichum gloeosporioides،C. karstii، C. musae، C. nymphaeae و C. truncatum شناسایی و ریختشناسی آنها بررسی شد.
در درخت فیلوژنتیکی مبتنی بر توالیهای ترکیبی، دو ناحیه ژنی ITS و Tub2، جدایههای Colletotrichum تحت مطالعه با استرینهای معتبر از هر گونه خوشهبندی شدند و کلادهایی معتبر با ارزش بوتاستراپ 99-96 درصد ایجاد کردند.
- چکیده انگلیسی: Anthracnose is a general term for sunken lesions and blights on stems, leaves and fruits which causes economic damage to agricultural products. This study, conducted to identify Colletotrichum species associated with anthracnose symptoms on some plants in Khuzestan province (Iran) using morphological and molecular methods. During 2016–17, 40 leaf and fruit samples showing anthracnose symptoms (from alfalfa, banana, sour lemon, orange and strawberry) were collected and surveyed for morphological study. Accordingly, 12 isolates of the genus Colletotrichum were obtained. Mycelial biomass of the isolates were produced in PDB and freeze-dried. DNA was extracted using an organic method based on phenol and chloroform. The ITS and partial regions of the 28S-D1/D2 and Tub2 were amplified using universal and specific primers and sequenced. Obtained sequences were compared with index sequences belonging to the type strains in GenBank by BLASTn algorithm and phylogenetic analysis (maximum likelihood algorithm). The species of Colletotrichum gloeosporioides, C. karstii, C. musae, C. nymphaeae, and C. truncatum were identified along with their morphological study. In phylogenetic tree constructed based on the ITS and Tub2 combined dataset, Colletotrichum isolates under study were clustered with type strain of each species and formed monophyletic clades with 96–99% bootstrap support.
- انتشار مقاله: 03-04-1397
- نویسندگان: Kobra Heidari,Reza Farokhinejad,Mehdi Mehrabi-Koushki
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: oral cancer,Biomarker,Protein-protein interaction,hub-bottleneck,Cluster
- چکیده:
- چکیده انگلیسی: Background: Oral cancer is a frequently encountered neoplasm of the head and neck region, being the eight most
common type of human malignancy worldwide. Despite improvement in its control, morbidity and mortality rates have
improved little in the past decades. Therefore, prevention and/or early detection are a high priority. Proteomics with
network analysis have emerged as a powerful tool to identify important proteins associated with cancer development
and progression that can be potential targets for early diagnosis. In the present study, network- based protein- protein
interactions (PPI) for oral cancer were identified and then analyzed for use as key proteins/potential biomarkers.
Material and Methods: Gene expression data in articles which focused on saliva proteomics of oral cancer were
collected and 74 candidate genes or proteins were extracted. Related protein networks of differentially expressed proteins
were explored and visualized using cytoscape software. Further PPI analysis was performed by Molecular Complex
Detection (MCODE) and BiNGO methods. Results: Network analysis of genes/proteins related to oral cancer identified
kininogen-1, angiotensinogen, annexin A1, IL-8, IgG heavy variable and constant chains, CRP, collagen alpha-1 and
fibronectin as 9 hub-bottleneck proteins. In addition, based on clustering with the MCODE tool, vitronectin, collagen
alpha-2, IL-8 and integrin alpha-v were established as 5 distinct seed proteins. Conclusion: A hub-bottleneck protein
panel may offer a potential /candidate biomarker pattern for diagnosis and treatment of oral cancer disease. Further
investigation and validation of these proteins are warranted.- انتشار مقاله: 28-09-1396
- نویسندگان: Nasrin Amiri Dash Atan,Mehdi Koushki,Mostafa Rezaei Tavirani,Nayeb Ali Ahmadi
- مشاهده