در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه محیط زیست جانوری
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: میزان,صحت پیش بینی ژنومی,داده شبیه سازی
- چکیده: در سالیان گذشته بدلیل عدم شناخت روابط خویشاوندی ژنومی بین افراد جمعیت در گله تنها از روابط شجرهای برای کنترل هم خونی استفاده می شد. در پژوهش کنونی میزان پیشرفت ژنتیکی ( G)، میزان هم خونی به روش شجره و میزان هم خونی به روش لوکاس IBD برای دو روش GBLUP و TBLUP برآورد و هم چنین تاثیر آن ها بر صحت پیش بینی ژنومی به کمک داده شبیه سازی بررسی شد. یک جمعیت پایه متشکل از 1000 حیوان برای 4000 نسل به کمک نرم افزار QMsim شبیه سازی شد. تعداد ده کروموزوم و بر روی هر کروموزوم 1000 نشانگر SNP شبیه سازی و تعداد کل QTL ها بر روی ده کروموزوم 1000 عدد در نظر گرفته شد. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که میزان پیشرفت ژنتیکی در روش ارزش اصلاحی ژنومی (GBLUP) 13 درصد بیش تر نسبت به روش TBLUP برآورد شد. میزان هم خونی به روش شجره در روش GBLUP بسیار پایین تر از روش TBLUP برآورد شد هر چند که در روش هم خونی برآورد شده به کمک IBD این میزان تفاوت بسیار ناچیز بود. میزان تفاوت صحت پیش بینی ژنومی برای روشی که هم خونی به کم نشانگر برآورد شد نسبت به روش شجره، 24 واحد بیش تر به دست آمد. به طور کلی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که برآورد میزان هم خونی به کم نشانگر از صحت بیش تر برخوردار بوده و تاثیر آن بر صحت پیش بینی ژنومی معنی دار بود.
- چکیده انگلیسی: In the past, pedigree relationships were used to control and monitor inbreeding because genomic relationships among selection candidates were not available until recently. These consequences were measured by genetic gain, pedigree- and genome-based rates of inbreeding, and local inbreeding across the genome. Their effect on the accuracy of genomic predictions was also investigated using simulation data. A baseline population of 1000 animals for 4000 generations was simulated using QMsim software. The number of ten chromosomes and 1000 SNP markers on each chromosome was simulated and the total number of QTLs on ten chromosomes was 1000. The results of the present study showed that the rate of genetic improvement in the genomic breeding value (GBLUP) method was estimated to be 13 percent higher than the TBLUP method. The rate of pedigree inbreeding method in GBLUP method was much lower than TBLUP method, although in the method of inbreeding estimated by IBD this rate was very small. The difference in the accuracy of genomic prediction for the method in which inbreeding was estimated to be low marker was 24 units higher than the pedigree method. In general, the results of the present study showed that the estimate of inbreeding was less accurate and its effect on the accuracy of genomic prediction was significant.
- انتشار مقاله: 13-08-1398
- نویسندگان: یحیی محمدی,یحیی محمدی,یحیی محمدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه حقوقی انتظامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: حقوق شهروندی,مسئولیت مدنی,حقوق,مسئولیت,نقض,ضمان قهری,پلیس راهور
- چکیده: زمینه و هدف: از جمله عوامل پیشرفت و بهبود اعتماد مردم و شهروندان به پلیس، تعیین حقوق شهروندی و اجرای عدالت در سطح گسترده است، اما اینکه چه اقداماتی از سوی نیروهای پلیس راهور نقض حقوق شهروندی محسوب میشود و اینکه در صورت نقض حقوق شهروندی توسط نیروهای پلیس راهور، مسئولیت مدنی آنها چیست؟ از جمله مسائلی است که نیاز به مطالعه و بررسی بیشتر دارد.
روش: در این تحقیق از روش توصیفی-تحلیلی استفاده شده و از آنجا که دادهها در این تحقیق کمی نیست و جنبه آماری ندارند، عقل، منطق، تفکر و استدلال، معیار قرار میگیرد و مبنا در تجزیه و تحلیل دادهها، کیفی است. در این تحقیق کیفی از طریق استدلال استنتاجی، دادههای گردآوری شده، مورد ارزیابی و تجزیه و تحلیل قرار گرفته است.
یافتهها: در صورت نقض حقوق شهروندی توسط پلیس راهور، نوعی ضمان قهری به وجود میآید که تحقق این نوع مسئولیت مستلزم شرایطی است، از جمله جمع بودن ارکان ایجاد مسئولیت مدنی شامل ضرر (ورود خسارت)، فعل زیانبار و رابطۀ سببیت (بین عمل زیانبار و ضرر).
نتیجهگیری: از آنجا که طبق اصول و قواعد کلی، هیچ خسارتی نباید بدون جبران باقی بماند، در حیطه پلیس راهور نیز در صورت نقض حقوق شهروندی خارج از معافیتهایی که در نظر گرفته شده، در هر دو صورت نقض حقوق شهروندی توسط مامور یا سازمان پلیس، جبران خسارت باید صورت بگیرد.- چکیده انگلیسی: 11
- انتشار مقاله: 11-10-1348
- نویسندگان: حبیب اله پیرهادی,یحیی محمدی مقدم,یاسر قهرمانی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ارزیابی ژنومی,جمعیت مرجع,روش تک مرحلهای,صفات با وراثتپذیری پایین,صحت انتخاب
- چکیده: صفات تولیدمثل بدلیل تاثیر زیاد بر سودآوری، در صنعت پرورش گاوهای شیرده جزء صفات عملکردی محسوب میشوند. به دلیل وراثتپذیری پایین این صفات، پیشرفت ژنتیکی آنها به کندی صورت میگیرد. بنابراین، انتخاب ژنومی یک روش موثر برای افزایش پیشرفت ژنتیکی این صفات میباشد.صحت انتخاب ژنومی وابسته به عوامل زیادی از جمله، وراثتپذیری صفات، روش آماری محاسبه اثرات نشانگر تک نوکلئوتیدی SNP در جمعیت مرجع و تعداد افراد جمعیت مرجع بستگی دارد. لذا هدف از پژوهش کنونی، مقایسه صحت و اریب پیشبینیهای ژنومی برای این صفات با استفاده از روشهای تک مرحلهای و چند مرحلهای GBLUP تحت راهبردهای مختلف به کمک داده شبیهسازی شده بود. بدین منظور، ژنومی حاوی 1000، 2000 و 5000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) به طول یک سانتی مورگان شبیهسازی گردید. تعداد افراد جمعیت مرجع در سه راهبرد متفاوت به ترتیب 1000، 1500 و 2000 در نظر گرفته شد. میانگینهای صحت انتخاب تحت روشهایMS-GBLUP و SS-GBLUP به ترتیب 244/0 و 399/0 برآورد گردیدند. با افزایش تعداد افراد جمعیت مرجع از 1000 به 2000 حیوان میانگین صحت پیشبینی ژنومی در روش MS-GBLUP به ترتیب از 209/0 به 294/0 و در روش SS-GBLUP به ترتیب از 348/0 به460/0 افزایش یافت. متوسط ضریب رگرسیون برای روشهای فوق به ترتیب 12/1 و 94/0 برآورد گردید. به طور کلی، نتایج به دست آمده در پژوهش کنونی نشان دادند که که در صفات با وراثتپذیری پایین برای افزایش صحت انتخاب، استفاده از روش تکمرحلهای GBLUP به همراه افزایش تعداد افراد جمعیت مرجع به عنوان روش مناسبی برای برآورد اثرات نشانگر میباشد.
- چکیده انگلیسی: Reproductive traits are considered to be as functional traits in the dairy breeding industry due to their great impact on the profitability. Due to low heritability of reproductive traits, genetic progress in these traits is slow. Therefore, genomic selection may be considered as an effective method for increasing genetic improvement for these traits. The accuracy of genomic selection depends on the several factors such as heritability of traits, statistical method for calculating SNP marker effects in reference population and number of individuals in the reference population. The present study was aimed to compare the accuracy and bias of genomic predictions for low heritability traits using SS-GBLUP and MS-GBLUP methods under different strategies applying simulated data. For this purpose, a genome containing 1000, 2000 and 5000 single-nucleotide polymorphism with two alleles (SNP) with length of one cM was simulated. The numbers of individuals in reference population were considered to be 1000, 1500 and 2000, respectively. The mean accuracies were estimated as 0.244 and 0.399 under above methods, respectively. Also, with an increase in the numbers of individual in the reference population, from 1000 to 2000 the mean accuracy of genomic prediction under above methods were increased from 0.209 to 0.294 and from 0.348 to 0.460, respectively. The averages for regression coefficient under above methods were estimated to be 1.2 and 0.94, respectively. Our results indicated that SS-GBLUP method along with an increase in the numbers of individuals' reference population, is suggested to increase the accuracy of selection for low-heritability reproduction traits.
- انتشار مقاله: 16-07-1397
- نویسندگان: یحیی محمدی,مرتضی ستائی مختاری
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: شبیهسازی,پارامترهای پیشتنظیمی,توزیع اثرات نشانگر,صحت پیشبینی
- چکیده: انتخاب ژنومی از نشانگرهای SNP در کل سطح ژنوم برای برآورد اثرات نشانگر استفاده میکند. به کمک روشهای متفاوت آماری، ارزشهای اصلاحی ژنومی برای حیوانات تخمین زده میشود. در پژوهش کنونی مقایسه صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی مستقیم حیوان به کمک روشهای Bayes-A، B-LASSO gamma، B-LASSO beta و BGLR برای برآورد اثرات نشانگر SNP در دو مقدار وراثتپذیری 3/0 و 05/0 بررسی شد. میزان پارامترهای پیش-تنظیمی π (نسبت نشانگرهای SNP که با واریانتهای علی در عدم تعادل پیوستگی (LD) قرار دارند) برای سه راهبرد 1/0، 3/0 و 5/0 و s2 (پارامتر مقیاس میانگین پیشین) برای چهار راهبرد از 01/0، 1/0، 10 و 100 شبیهسازی و تاثیر آنها بر صحت پیشبینی ژنومی بررسی گردید. بیشترین صحت ارزش اصلاحی ژنومی مستقیم توسط Bayes-A برای وراثتپذیری3/0 به مقدار 88/0و برای وراثتپذیری 05/0 به مقدار 69/0 برآورد شدند. در وراثت-پذیری 3/0 کمترین مقدار خطای آزمایشی مربوط به روش Bayes-A (2/121( و بیشترین مقدار مربوط به روش B-LASSO (2/165) بود. بیشترین مقدار صحت مربوط به Bayes-A در π برابر 5/0 (81/0) وکمترین مقدار صحت در π برابر 1/0 (45/0) برای روش BGLR دیده شد. میزان کاهش صحت پیشبینی ژنومی با تغییر پارامتر s2 از 1/0 به سمت 10 و 100 شدت بیشتری گرفت. نتایج پژوهش کنونی نشان داد که میزان بهینه پارامتر پیشتنظیمی π برای حداکثر نمودن صحت پیشبینی ژنومی برای صفات با وراثتپذیری متوسط به بالا (3/0) از 41/0 تا 56/0 و برای صفات با وراثت-پذیری پایین(05/0) از 56/0 تا 73/0 پیشنهاد شد.
- چکیده انگلیسی: In the genomic selection, SNP markers across whole genome are used to estimate the marker effects. Genomic breeding value of animals can be predicted by different statistical methods. Genomic breeding value of animals can be predicted by different statistical methods. In the present study, accuracies of the predicted direct genomic breeding values were compared under several statistical models including Bayes A, B-LASSO gamma, B-LASSO beta and BGLR by considering two heritabilities of 0.3 and 0.05. Three values of π (0.1, 0.3, and 0.5) and four values of s2 (0.01, 0.1, 10, and 100) were simulated and correspondingly evaluated in terms of accuracy. The obtained results showed the highest accuracy of direct genomic breeding value was obtained under Bayes-A method, which were 0.88 and 0.69 for heritabilities of 0.3 and 0.05, respectively. Regression coefficients of methods for estimating the marker effects were more unbiased under heritability of 0.3 than 0.05. By considering the heritability of 0.3, the lowest and highest error were obtained under Bayes-A (121.2) and B-LASSO beta (165.2) methods, respectively. Under BGLR method, the highest and lowest accuracy of Bayes-A were obtained for π, 0.5 (0.81) and π, 0.1 (0.45). By increasing s2 parameter a decrease in the accuracy of genomic predictions was obtained. The obtained results suggested that to maximize the accuracy of the genetic prediction for traits with moderate to high heritability (0.3) optimal point of parameter π may ranged from 0.41 to 0.56 and while for traits with low heritability from 0.56 to 0.73.
- انتشار مقاله: 11-10-1398
- نویسندگان: یحیی محمدی,جواد احمدپناه,حسن بانه
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: مواد معدنی,ایمونوگلوبولین,سیستم ایمنی,فراسنجههای خونی,گاوهای پیرامون زایش
- چکیده: در این آزمایش اثر تزریق ویتامین C و مس در گاوهای دوره انتقال بر ترکیب آغوز و متابولیتهای سرم گوسالههای تازه متولد شده مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 20 رأس گاو شکم دوم و 20 رأس شکم سوم و بالاتر با میانگین وزن بدن به ترتیب 51 ± 2/603 و 53 ± 1/669 کیلوگرم انتخاب و بر اساس شکم زایش و وزن بدن به چهار گروه متعادل تقسیم شدند. تیمارهای آزمایشی شامل گروه شاهد (تزریق 7 میلیلیتر سرم فیزیولوژیک 9/0 درصد)، ویتامین C (تزریق 25 میلیگرم محلول ویتامین C به ازای هرکیلو وزن بدن)، مس (تزریق 75 میلیگرم مس در روز) و مس- ویتامین C (تزریق همزمان 25 میلیگرم ویتامین C به ازای هر کیلو وزن بدن و75 میلیگرم مس در روز) بودند. تزریقها در روزهای 40 و 20 قبل از زمان مورد انتظار زایش انجام شد. تزریق مس در مقایسه با عدم تزریق آن باعث افزایش تعداد گلبولهای قرمز و غلظت مس سرم گوسالهها شد (05/0 > P). درصد چربی، پروتئین، لاکتوز، مواد جامد بدون چربی و غلظت ایمیونوگلوبولین G در آغوز، وزن تولد گوساله، غلظت ویتامین C، آنزیم سوپراکسید دسموتاز، کلسیم، فسفر و متابولیتهای سرم گوسالهها تحت تأثیر تزریق همزمان ویتامین C و مس قرار نگرفت. تعداد نوتروفیلهای خون گوساله-های متولد شده از گاوهای دریافت کننده همزمان مس و ویتامین C در مقایسه با سایر گروهها تمایل به افزایش داشت (06/0 = P). بنابراین، تزریق همزمان ویتامین C و مس در گاوهای دوره انتقال با افزایش تعداد نوتروفیلها احتمالاً بهبود سیستم ایمنی گوسالهها را در پی خواهد داشت.
- چکیده انگلیسی: In the present study the effect of vitamin C and copper injection in transition dairy cows on colostrum composition and serum metabolites of neonatal dairy calves was examined. Twenty multiparous (second parity, with 603.2 ± 53 kg average BW) and twenty multiparous (third and fourth parity, 669.1± 51 kg average BW) selected and divided to four balanced groups based on BW abd parity. Experimental treatments consisted of control (injection of 7 ml of NaCl % 0.9), Vitamin C (injection of 25 mg vitamin C solution/kg BW), Copper (injection of 75 mg copper solution/day) and Vitamin C-Copper (simultaneous injection of 25 mg vitamin C solution/ kg BW and 75 mg copper solution/day). Solutions were injected on d 20 and 40 before of expected calving. Copper injection increased red blood cells counts and serum concentration of copper (P < 0.05) compared with not injected groups. Colostrum fat, protein, lactose, solid not fat and immunoglobulin G concentrations, calf birth weight, serum concentration of vitamin C, superoxide dismutase, calcium, phosphorus and metabolites did not affected by simultaneous injections of vitamin C and copper solutions. Blood neutrophil count in calves of cows receiving simultaneous injection of vitamin C and copper solutions tended to increase (P = 0.06) compared with other groups. In general, simultaneous injection of vitamin C and copper during the dry period had no effect on colostrum composition and blood parameters in postpartum dairy cows, but may improve immunity system of their calves by increasing blood neutrophil concentration.
- انتشار مقاله: 30-02-1398
- نویسندگان: شریف خدامرادی,فرشید فتاح نیا,هوشنگ جعفری,گلناز تأسلی,یحیی محمدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: دوره انتقال,گاو شیری,ویتامین E و سلنیوم,ویتامین B12 و آهن,وضعیت آنتیاکسیدان
- چکیده: در این مطالعه اثر تزریق ترکیب ویتامین E و سلنیوم و ترکیب ویتامین B12 وآهن بر وضعیت آنتیاکسیدانی و سلامت گاوهای شیری دوره انتقال بررسی شد. 20 رأس تلیسه و 20 رأس گاو چند شکمزا بر اساس شکم زایش و وزن بدن به 4 گروه متعادل تقسیم شدند. تیمارهای آزمایشی شامل 1) تزریق 7 میلیلیتر سرم فیزیولوژیک 9/0 درصد (شاهد)، 2) تزریق 60 میلیلیتر ویتامین E و سلنیوم، 3) تزریق 7 میلیلیتر ویتامین B12 وآهن و 4) تزریق 60 میلیلیتر ویتامین E و سلنیوم و 7 میلیلیتر ویتامین B12 وآهن بودند. تزریق محلولها در روزهای 21 و 7 پیش از زایش و 7 روز پس از زایش انجام شد. تزریق ویتامین E و سلنیوم باعث افزایش غلظت ویتامین E و کل ظرفیت آنتیاکسیدانی سرم در روز زایش و روزهای 7 و 14 پس از زایش، سلنیوم و فعالیت آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز سرم در روز زایش و 14 پس از زایش و تعداد نوتروفیلهای خون در روز زایش شد. غلظت ویتامین B12 سرم در تمام روزهای نمونهگیری، آهن و فعالیت آنزیم کاتالاز سرم در روز زایش و کل ظرفیت آنتیاکسیدانی سرم در روزهای زایش، 7 و 14 بعد از زایش در گاوهای دریافت کننده ویتامین B12 و آهن بالاتر بود. بیشترین وقوع جفتماندگی و ورم پستان در گاوهای تیمار شاهد مشاهده شد. در کل، اگرچه تزریق همزمان ترکیب ویتامین E و سلنیوم و ترکیب ویتامین B12 و آهن تاثیر معنیداری بر وضعیت آنتیاکسیدانی گاوهای شیری دوره انتقال نداشت، اما جفت ماندگی و ورم پستان در گاوهای این گروه مشاهده نشد.
- چکیده انگلیسی: In this experiment, the effect of vitamin E (VE) and selenium (Se) combination and vitamin B12 (VB12) and iron (Fe) combination injection investigated on antioxidant status and health of transition dairy cows. Twenty heifers and 20 multiparous Holstein cows were divided to 4 balanced groups accoding to parity and BW. Experimental treatments consisted of 1) injection of 7 ml of NaCl % 0.9 (Control), 2) injection of 60 ml of VE and Se, 3) injection of 7 ml of VB12 and Fe and 4) injection of 60 ml of VE and Se with 7 ml VB12 and Fe. Solutions injectied on 21 and 7 day before calving and 7 d postpartum. Injection of VE and Se increased serum VE concentration and total antioxidant capacity (TAC) at calving day and day 7 and 14 postpartum, serum Se concentration and glutathione peroxidase activity at calving day and 14 day postpartum and blood neutrophils counts at calving day. Serum VB12 concentration at all sampling times, serum Fe concentration and catalase activity at calving day and serum TAC at calving day and day 7 and 14 postpartum were higher in cows received VB12 and Fe combination. The greatest incidence of retained placenta and mastitis were observed in control group. Overally, although, simultaneous injection of VE, Se, VB12 and Fe had no significant effectat on antioxidant status of transition dairy cows, but there is no observation of retained placenta and mastitis incidence in this group.
- انتشار مقاله: 13-10-1396
- نویسندگان: سیدرضا موسوی,فرشید فتاح نیا,گلناز تاسلی,یحیی محمدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: وزن بدن,رویه حداقل مربعات غیرخطی,مدل مختلط غیرخطی
- چکیده: به منظور توصیف تغییرات منحنی رشد گوسفند نژاد عربی، برخی مدلهای آماری (از قبیل وان برتالانفی، گومپرتز، برودی، لجستیک و ریچاردز) مقایسه شدند. بدین منظور از 7008 رکورد وزن بدن (از تولد تا سن 300 روزگی) که بهصورت روزانه از 1752 رأس طی سالهای 1374 تا 1388 جمعآوری شده بود استفاده گردید. نکویی برازش هر یک از این مدلها با استفاده از معیارهای ضریب تبیین تصحیح شده، معیار اطلاعات آکایک، میانگین توان دوم خطا و انحراف از مشاهده تعیین گردید. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که مدل رشد برودی با داشتن بالاترین دقت (9778/0= R2Adj) و کمترین خطا (22/11=MSE و 000/0=Bias) بهتر از دیگر مدلهای آماری منحنی رشد همه فاکتورهای محیطی مؤثر بر وزن بدن گوسفند عربی را توصیف کرده و به دنبال آن به ترتیب مدلهای رشد وان برتالانفی، گومپرتز، ریچاردز و لجستیک قرار گرفتند. تابع برودی نشان داد که تفاوت منحنی رشد بین کلاسههای مختلف هریک از فاکتورهای محیطی جنس (نر یا ماده) و تیپ تولد (تکقلو یا دو قلو) در امتداد سن روند افزایشی دارد. بعد از انتخاب بهترین تابع توصیف، به عنوان هدف دوم پژوهش حاضر، پارامترهای رشد آن با استفاده از مدل مختلط غیرخطی (NLMIXED) نیز برآورد گردید. همه معیارهای ارزیابی مدل نشان دادند که سازگاری مدل مختلط برودی با دادهها بیشتر از مدل ثابت آن بوده و نرها نسبت به مادهها تنوع درونگروهی بیشتری (19/44 کیلوگرم در مقابل 22/27 کیلوگرم) دارند.
- چکیده انگلیسی: In order to describe the growth curve of Arabic sheep breed, some statistical models (such as Von Bertalanffy, Gompertz, Brody, Logistic and Richards) were compared. In this order from 7008 records related to body weight (from birth to 300 days of age) that have been recorded as daily from 1752 head during the years 1995 to 2009 were used. Goodness of fit for individual growth model was determined using adjusted multiple coefficient of determination, Akaike’s information criterion, mean square error and Bias. The results of the present research indicate that Brody growth model with the highest accuracy (R2Adj = 0.9778) and the lowest error (MSE = 11.22 and Bias = 0.000) could give a better fit than the other growth models and being followed by Von Bertalanffy, Gompertz, Richards and Logistic growth models, respectively. Brody function showed that the difference between the growth curve of various classes of each of the environmental factors of sex and type of birth has been increased with age. After choosing the best nonlinear fixed model, as the second aim of the present research, growth parameter estimations of this model were also obtained with nonlinear mixed model (NLMIXED). All the models evaluation criteria indicated that the Brody mixed effect model fitted the data better than the corresponding fixed effect model and the males have greater diversity within group than females (44.19 kg vs. 27.22 kg).
- انتشار مقاله: 29-02-1395
- نویسندگان: خبات خیرآبادی,یحیی محمدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ارزیابی ژنومی,جمعیت مرجع,روش تک مرحلهای,صفات با وراثتپذیری پایین,صحت انتخاب
- چکیده: صفات تولیدمثل بدلیل تاثیر زیاد بر سودآوری، در صنعت پرورش گاوهای شیرده جزء صفات عملکردی محسوب میشوند. به دلیل وراثتپذیری پایین این صفات، پیشرفت ژنتیکی آنها به کندی صورت میگیرد. بنابراین، انتخاب ژنومی یک روش موثر برای افزایش پیشرفت ژنتیکی این صفات میباشد.صحت انتخاب ژنومی وابسته به عوامل زیادی از جمله، وراثتپذیری صفات، روش آماری محاسبه اثرات نشانگر تک نوکلئوتیدی SNP در جمعیت مرجع و تعداد افراد جمعیت مرجع بستگی دارد. لذا هدف از پژوهش کنونی، مقایسه صحت و اریب پیشبینیهای ژنومی برای این صفات با استفاده از روشهای تک مرحلهای و چند مرحلهای GBLUP تحت راهبردهای مختلف به کمک داده شبیهسازی شده بود. بدین منظور، ژنومی حاوی 1000، 2000 و 5000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) به طول یک سانتی مورگان شبیهسازی گردید. تعداد افراد جمعیت مرجع در سه راهبرد متفاوت به ترتیب 1000، 1500 و 2000 در نظر گرفته شد. میانگینهای صحت انتخاب تحت روشهایMS-GBLUP و SS-GBLUP به ترتیب 244/0 و 399/0 برآورد گردیدند. با افزایش تعداد افراد جمعیت مرجع از 1000 به 2000 حیوان میانگین صحت پیشبینی ژنومی در روش MS-GBLUP به ترتیب از 209/0 به 294/0 و در روش SS-GBLUP به ترتیب از 348/0 به460/0 افزایش یافت. متوسط ضریب رگرسیون برای روشهای فوق به ترتیب 12/1 و 94/0 برآورد گردید. به طور کلی، نتایج به دست آمده در پژوهش کنونی نشان دادند که که در صفات با وراثتپذیری پایین برای افزایش صحت انتخاب، استفاده از روش تکمرحلهای GBLUP به همراه افزایش تعداد افراد جمعیت مرجع به عنوان روش مناسبی برای برآورد اثرات نشانگر میباشد.
- چکیده انگلیسی: Reproductive traits are considered to be as functional traits in the dairy breeding industry due to their great impact on the profitability. Due to low heritability of reproductive traits, genetic progress in these traits is slow. Therefore, genomic selection may be considered as an effective method for increasing genetic improvement for these traits. The accuracy of genomic selection depends on the several factors such as heritability of traits, statistical method for calculating SNP marker effects in reference population and number of individuals in the reference population. The present study was aimed to compare the accuracy and bias of genomic predictions for low heritability traits using SS-GBLUP and MS-GBLUP methods under different strategies applying simulated data. For this purpose, a genome containing 1000, 2000 and 5000 single-nucleotide polymorphism with two alleles (SNP) with length of one cM was simulated. The numbers of individuals in reference population were considered to be 1000, 1500 and 2000, respectively. The mean accuracies were estimated as 0.244 and 0.399 under above methods, respectively. Also, with an increase in the numbers of individual in the reference population, from 1000 to 2000 the mean accuracy of genomic prediction under above methods were increased from 0.209 to 0.294 and from 0.348 to 0.460, respectively. The averages for regression coefficient under above methods were estimated to be 1.2 and 0.94, respectively. Our results indicated that SS-GBLUP method along with an increase in the numbers of individuals' reference population, is suggested to increase the accuracy of selection for low-heritability reproduction traits.
- انتشار مقاله: 16-07-1397
- نویسندگان: یحیی محمدی,مرتضی ستائی مختاری
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: شبیهسازی,پارامترهای پیشتنظیمی,توزیع اثرات نشانگر,صحت پیشبینی
- چکیده: انتخاب ژنومی از نشانگرهای SNP در کل سطح ژنوم برای برآورد اثرات نشانگر استفاده میکند. به کمک روشهای متفاوت آماری، ارزشهای اصلاحی ژنومی برای حیوانات تخمین زده میشود. در پژوهش کنونی مقایسه صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی مستقیم حیوان به کمک روشهای Bayes-A، B-LASSO gamma، B-LASSO beta و BGLR برای برآورد اثرات نشانگر SNP در دو مقدار وراثتپذیری 3/0 و 05/0 بررسی شد. میزان پارامترهای پیش-تنظیمی π (نسبت نشانگرهای SNP که با واریانتهای علی در عدم تعادل پیوستگی (LD) قرار دارند) برای سه راهبرد 1/0، 3/0 و 5/0 و s2 (پارامتر مقیاس میانگین پیشین) برای چهار راهبرد از 01/0، 1/0، 10 و 100 شبیهسازی و تاثیر آنها بر صحت پیشبینی ژنومی بررسی گردید. بیشترین صحت ارزش اصلاحی ژنومی مستقیم توسط Bayes-A برای وراثتپذیری3/0 به مقدار 88/0و برای وراثتپذیری 05/0 به مقدار 69/0 برآورد شدند. در وراثت-پذیری 3/0 کمترین مقدار خطای آزمایشی مربوط به روش Bayes-A (2/121( و بیشترین مقدار مربوط به روش B-LASSO (2/165) بود. بیشترین مقدار صحت مربوط به Bayes-A در π برابر 5/0 (81/0) وکمترین مقدار صحت در π برابر 1/0 (45/0) برای روش BGLR دیده شد. میزان کاهش صحت پیشبینی ژنومی با تغییر پارامتر s2 از 1/0 به سمت 10 و 100 شدت بیشتری گرفت. نتایج پژوهش کنونی نشان داد که میزان بهینه پارامتر پیشتنظیمی π برای حداکثر نمودن صحت پیشبینی ژنومی برای صفات با وراثتپذیری متوسط به بالا (3/0) از 41/0 تا 56/0 و برای صفات با وراثت-پذیری پایین(05/0) از 56/0 تا 73/0 پیشنهاد شد.
- چکیده انگلیسی: In the genomic selection, SNP markers across whole genome are used to estimate the marker effects. Genomic breeding value of animals can be predicted by different statistical methods. Genomic breeding value of animals can be predicted by different statistical methods. In the present study, accuracies of the predicted direct genomic breeding values were compared under several statistical models including Bayes A, B-LASSO gamma, B-LASSO beta and BGLR by considering two heritabilities of 0.3 and 0.05. Three values of π (0.1, 0.3, and 0.5) and four values of s2 (0.01, 0.1, 10, and 100) were simulated and correspondingly evaluated in terms of accuracy. The obtained results showed the highest accuracy of direct genomic breeding value was obtained under Bayes-A method, which were 0.88 and 0.69 for heritabilities of 0.3 and 0.05, respectively. Regression coefficients of methods for estimating the marker effects were more unbiased under heritability of 0.3 than 0.05. By considering the heritability of 0.3, the lowest and highest error were obtained under Bayes-A (121.2) and B-LASSO beta (165.2) methods, respectively. Under BGLR method, the highest and lowest accuracy of Bayes-A were obtained for π, 0.5 (0.81) and π, 0.1 (0.45). By increasing s2 parameter a decrease in the accuracy of genomic predictions was obtained. The obtained results suggested that to maximize the accuracy of the genetic prediction for traits with moderate to high heritability (0.3) optimal point of parameter π may ranged from 0.41 to 0.56 and while for traits with low heritability from 0.56 to 0.73.
- انتشار مقاله: 11-10-1398
- نویسندگان: یحیی محمدی,جواد احمدپناه,حسن بانه
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: دوره انتقال,گاو شیری,ویتامین E و سلنیوم,ویتامین B12 و آهن,وضعیت آنتیاکسیدان
- چکیده: در این مطالعه اثر تزریق ترکیب ویتامین E و سلنیوم و ترکیب ویتامین B12 وآهن بر وضعیت آنتیاکسیدانی و سلامت گاوهای شیری دوره انتقال بررسی شد. 20 رأس تلیسه و 20 رأس گاو چند شکمزا بر اساس شکم زایش و وزن بدن به 4 گروه متعادل تقسیم شدند. تیمارهای آزمایشی شامل 1) تزریق 7 میلیلیتر سرم فیزیولوژیک 9/0 درصد (شاهد)، 2) تزریق 60 میلیلیتر ویتامین E و سلنیوم، 3) تزریق 7 میلیلیتر ویتامین B12 وآهن و 4) تزریق 60 میلیلیتر ویتامین E و سلنیوم و 7 میلیلیتر ویتامین B12 وآهن بودند. تزریق محلولها در روزهای 21 و 7 پیش از زایش و 7 روز پس از زایش انجام شد. تزریق ویتامین E و سلنیوم باعث افزایش غلظت ویتامین E و کل ظرفیت آنتیاکسیدانی سرم در روز زایش و روزهای 7 و 14 پس از زایش، سلنیوم و فعالیت آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز سرم در روز زایش و 14 پس از زایش و تعداد نوتروفیلهای خون در روز زایش شد. غلظت ویتامین B12 سرم در تمام روزهای نمونهگیری، آهن و فعالیت آنزیم کاتالاز سرم در روز زایش و کل ظرفیت آنتیاکسیدانی سرم در روزهای زایش، 7 و 14 بعد از زایش در گاوهای دریافت کننده ویتامین B12 و آهن بالاتر بود. بیشترین وقوع جفتماندگی و ورم پستان در گاوهای تیمار شاهد مشاهده شد. در کل، اگرچه تزریق همزمان ترکیب ویتامین E و سلنیوم و ترکیب ویتامین B12 و آهن تاثیر معنیداری بر وضعیت آنتیاکسیدانی گاوهای شیری دوره انتقال نداشت، اما جفت ماندگی و ورم پستان در گاوهای این گروه مشاهده نشد.
- چکیده انگلیسی: In this experiment, the effect of vitamin E (VE) and selenium (Se) combination and vitamin B12 (VB12) and iron (Fe) combination injection investigated on antioxidant status and health of transition dairy cows. Twenty heifers and 20 multiparous Holstein cows were divided to 4 balanced groups accoding to parity and BW. Experimental treatments consisted of 1) injection of 7 ml of NaCl % 0.9 (Control), 2) injection of 60 ml of VE and Se, 3) injection of 7 ml of VB12 and Fe and 4) injection of 60 ml of VE and Se with 7 ml VB12 and Fe. Solutions injectied on 21 and 7 day before calving and 7 d postpartum. Injection of VE and Se increased serum VE concentration and total antioxidant capacity (TAC) at calving day and day 7 and 14 postpartum, serum Se concentration and glutathione peroxidase activity at calving day and 14 day postpartum and blood neutrophils counts at calving day. Serum VB12 concentration at all sampling times, serum Fe concentration and catalase activity at calving day and serum TAC at calving day and day 7 and 14 postpartum were higher in cows received VB12 and Fe combination. The greatest incidence of retained placenta and mastitis were observed in control group. Overally, although, simultaneous injection of VE, Se, VB12 and Fe had no significant effectat on antioxidant status of transition dairy cows, but there is no observation of retained placenta and mastitis incidence in this group.
- انتشار مقاله: 13-10-1396
- نویسندگان: سیدرضا موسوی,فرشید فتاح نیا,گلناز تاسلی,یحیی محمدی
- مشاهده