در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: گاو هلشتاین,ترانسکریپتوم,چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP),توجیه واریانس ژنتیکی,باقیمانده مصرف خوراک (RFI)
- چکیده: چندشکلیهای تک نوکلئوتیدی ( SNP) امروزه به مهمترین و کارآمدترین ابزار به نژادی تبدیل شدهاند. مطالعات پویش کل ژنوم و انتخاب ژنومی دو کاربرد مهم در اصلاح نژاد دام هستند که هر دو مبتنی بر تعیین ژنوتیپ تعداد بسیار زیادی از این جایگاهها هستند. بدین منظور آرایه های با تراکم بالا از این نشانگرها در صنعت گاو شیری ارایه شده اند. از آنجاییکه ترانسکریپتوم تنها حاصل رونویسی بخشهایی از ژنوم است که رمزگر بوده و در نهایت به یک فرآورده پروتئینی ترجمه و بیان می شوند، احتمالا SNP های موجود در این مناطق نیز بهتر می توانند ارزش اصلاحی ژنومی را برآورد کنند. بر اساس این فرضیه، با استفاده از بسته نرم افزاری samtools، فهرستی از SNPها بر روی توالی ترانسکریپتوم نمونه ای از جمعیت گاو ماده هلشتاین آمریکا کشف و سهم آنها در توجیه واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک ((RFI در جمعیتی از تلیسه های هلشتاین استرالیایی ارزیابی شد. این ترانسکریپتوم با همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو تشکیل شد. در مجموع، یک فهرست شامل 53478 نشانگر SNP بر روی توالی ترانسکریپتوم جمعیت مورد مطالعه کشف شد که بیشتر آنها در طراحی آرایههای SNP ایلومینا در نظر گرفته نشدهاند. فهرست یافت شده با آرایه با تراکم بالا ایلومینا تنها 6336 نشانگر مشترک داشت. این فهرست مشترک نتوانست سهم بیشتری از واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک را توجیه نماید. پیشنهاد می شود جایگاههای کشف شده در پیش بینیهای مبتنی بر توالی کل ژنوم به کار برده شوند تا بهتر ارزیابی گردند.
- چکیده انگلیسی: In recent years, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) has been the most important and efficient tool in animal breeding. Genome-wide Association Studies (GWAS) and Genome-enabled predictions (genomic selection) are two major applications of SNPs in animal genetics and breeding that both relay on genotyping a lot of SNPs. Some high dense (HD) SNP arrays have been applied particularly in dairy cattle for this purpose. Since transcriptome is resulted only from transcription of coding genomic regions and finally expressed into a protein, the SNPs located on transcriptome may estimate breeding values well. Based on this hypothesis, SNP discovery was done on a transcriptome assembled from aligning and mapping of RNA-Seq reads on bovine reference genome for an US Holstein cow population by samtools package. Then, the contribution of the discovered SNPs in explanation of genetic variance for Residual Feed Intake (RFI) trait in Australian Holstein was evaluated based on variance components analysis. It was discovered 53478 SNPs that the most weren’t on the current Illumina bovine SNP arrays. Only 6336 discovered SNPs were shared with Illumina bovine HD array. This reduced SNP panel was low dense and therefore could not capture genetic variance of RFI larger than Illumina bovine high dense SNP Chip. It's suggested to applying the discovered SNPs on transcritome in genomic predictions based on whole genome sequencing with no limitations for the number of shred loci with the current Illumina SNP arrays.
- انتشار مقاله: 13-12-1394
- نویسندگان: محمدحسین بناءبازی,اردشیر نجاتی جوارمی,ایخیده ایمیومورین,مصطفی قادری زفره ای,سید رضا میرایی آشتیانی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: گاو هلشتاین,ترانسکریپتوم,چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP),توجیه واریانس ژنتیکی,باقیمانده مصرف خوراک (RFI)
- چکیده: چندشکلیهای تک نوکلئوتیدی ( SNP) امروزه به مهمترین و کارآمدترین ابزار به نژادی تبدیل شدهاند. مطالعات پویش کل ژنوم و انتخاب ژنومی دو کاربرد مهم در اصلاح نژاد دام هستند که هر دو مبتنی بر تعیین ژنوتیپ تعداد بسیار زیادی از این جایگاهها هستند. بدین منظور آرایه های با تراکم بالا از این نشانگرها در صنعت گاو شیری ارایه شده اند. از آنجاییکه ترانسکریپتوم تنها حاصل رونویسی بخشهایی از ژنوم است که رمزگر بوده و در نهایت به یک فرآورده پروتئینی ترجمه و بیان می شوند، احتمالا SNP های موجود در این مناطق نیز بهتر می توانند ارزش اصلاحی ژنومی را برآورد کنند. بر اساس این فرضیه، با استفاده از بسته نرم افزاری samtools، فهرستی از SNPها بر روی توالی ترانسکریپتوم نمونه ای از جمعیت گاو ماده هلشتاین آمریکا کشف و سهم آنها در توجیه واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک ((RFI در جمعیتی از تلیسه های هلشتاین استرالیایی ارزیابی شد. این ترانسکریپتوم با همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو تشکیل شد. در مجموع، یک فهرست شامل 53478 نشانگر SNP بر روی توالی ترانسکریپتوم جمعیت مورد مطالعه کشف شد که بیشتر آنها در طراحی آرایههای SNP ایلومینا در نظر گرفته نشدهاند. فهرست یافت شده با آرایه با تراکم بالا ایلومینا تنها 6336 نشانگر مشترک داشت. این فهرست مشترک نتوانست سهم بیشتری از واریانس ژنتیکی صفت باقیمانده مصرف خوراک را توجیه نماید. پیشنهاد می شود جایگاههای کشف شده در پیش بینیهای مبتنی بر توالی کل ژنوم به کار برده شوند تا بهتر ارزیابی گردند.
- چکیده انگلیسی: In recent years, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) has been the most important and efficient tool in animal breeding. Genome-wide Association Studies (GWAS) and Genome-enabled predictions (genomic selection) are two major applications of SNPs in animal genetics and breeding that both relay on genotyping a lot of SNPs. Some high dense (HD) SNP arrays have been applied particularly in dairy cattle for this purpose. Since transcriptome is resulted only from transcription of coding genomic regions and finally expressed into a protein, the SNPs located on transcriptome may estimate breeding values well. Based on this hypothesis, SNP discovery was done on a transcriptome assembled from aligning and mapping of RNA-Seq reads on bovine reference genome for an US Holstein cow population by samtools package. Then, the contribution of the discovered SNPs in explanation of genetic variance for Residual Feed Intake (RFI) trait in Australian Holstein was evaluated based on variance components analysis. It was discovered 53478 SNPs that the most weren’t on the current Illumina bovine SNP arrays. Only 6336 discovered SNPs were shared with Illumina bovine HD array. This reduced SNP panel was low dense and therefore could not capture genetic variance of RFI larger than Illumina bovine high dense SNP Chip. It's suggested to applying the discovered SNPs on transcritome in genomic predictions based on whole genome sequencing with no limitations for the number of shred loci with the current Illumina SNP arrays.
- انتشار مقاله: 13-12-1394
- نویسندگان: محمدحسین بناءبازی,اردشیر نجاتی جوارمی,ایخیده ایمیومورین,مصطفی قادری زفره ای,سید رضا میرایی آشتیانی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: حاشیهنویسی ژنومی,ریزآرایه DNA,زیستنشانگر,سایتوکینها
- چکیده: ورم پستان یکی از بیماریهای عفونی غدد پستانی در گاوهای شیری است که در چند دهه اخیر، به عنوان یکی از مهمترین بیماریهایی که منجر به ضرر اقتصادی در صنعت گاو شیری میشود، مورد توجه زیادی قرار گرفته است. وراثتپذیری ورم پستان پایین است و لذا مدیریت اصلاح نژادی آن کار سختی به شمار میرود. با توجه به اهمیت بیماری ورم پستان در مدیریت واحدهای پرورش گاو شیری و ساز و کار مولکولی پیچیده درگیر در این بیماری، استخراج شبکه بین زیستنشانگرهای ترانسکریپتومی ورم پستان با استفاده از دادههای امیکس موجود در گونههایی مثل انسان، که حاشیهنویسی ژنومی قابل اعتمادی دارند، معقول به نظر میرسد. در این پژوهش با استفاده از برازش یک مدل خطی مشابه روی هر ژن یک آزمایش ریزآرایه DNA انجام شده ناشی از استافیلوکوکوس اورئوس بر پستان گاو شیری، فهرستی از ژنهای متفاوت بیان شده یا زیستنشانگرهای ترانسکریپتومی گاوی بهدست آمدند. نتایج نشان داد ژنهای رمز کننده سایتوکینها و کایموکینهای CXCL5، CCL2،CXCL2 ، CXCL3، CXCL8 و SAA3 در اثر ورم پستان ناشی از استافیلوکوکوس اورئوس، بیان متفاوتی داشتند. در این پژوهش با نگاشت مجموعه ژنهای متفاوت بیان شده روی ژنوم انسان، ژنهای ارتولوگ انسان و گاو بهدست آمدند. شبکه زیستنشانگری بهدست آمده از ژنهای ارتولوگ انسان نشان داد که نشانگر APP (Amyloid beta precursor protein) بیشترین درجه ارتباط را با سایر نشانگرهای ترانسکریپتومی دارد. به نظر میرسد از نتایج این پژوهش بتوان در برنامههای اصلاح نژادی و تهیه دارو برای درمان ورم پستان استفاده نمود.
- چکیده انگلیسی: Mastitis, as one of the most economically important cost-driven diseases in dairy cow industry, is an inflammation-driven disease of the bovine mammary gland that in recent decades has casted lots of attention. Mastitis has low heritability; therefore, it is a cumbersome job to manage it from animal breeding point of view. Considering the management of mastitis in dairy farms production and the nature of complex molecular mechanisms involving in this disease, extracting mastitis's transcriptomic biomarkers network using OMICS data due to some well-annotated genomes like human genome, sounds to be entirely compelling. In this research, by fitting a linear model on each gene of a Staphylococcus aureus governed DNA microarray experiment performed in dairy cow udder, a list of differentially expressed genes or biomarkers were obtained. It was dissected that genes encoding cytokines and chemokine's e.g. CXCL5, CCL2 ,CXCL2, CXCL3, CXCL8 shown differentially expressed pattern in staphylococcus aureus driven dairy’s cow mastitis. Biomarker network due to human genome orthologous genes indicated that APP (amyloid beta precursor protein) gene or biomarker shown the maximum degree of connection with other biological transcriptomic biomarkers. The results of this study can be used in breeding programs and drug-targeting studies to cure mastitis.
- انتشار مقاله: 28-12-1395
- نویسندگان: مصطفی قادری زفره ای,فریبا ارجمند,فرهاد صمدیان,مهرداد معمار
- مشاهده