در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم گیاهان زراعی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: میزان اطلاعات چندشکلی,شاخص نشانگر,تجزیۀ تابع تشخیص,تجزیۀ واریانس مولکولی
- چکیده: گونۀ Aegilops triuncialis L. دامنۀ توزیع وسیعی از شرق اطلس تا نزدیک غرب و مرکز آسیا دارد؛ بنابراین بررسی تنوع ژنتیکی این گونه در این نواحی اهمیت اصلاحی و تکاملی بسزایی دارد. در این راستا تنوع ژنتیکی 40 توده از گونۀ Ae.triuncialis، جمعآوری شده از مناطق غربی ایران بررسی شد. پس از استخراج DNA و یکسانسازی غلظت آنها، پنج نمونه از هر توده بهصورت بالک درآمد و تنوع ژنتیکی با روش ISSR-PCR بررسی شد. با استفاده از 11 آغازگر و 118 نوار چندشکل بهدست آمد که از بین آغازگرها، گونۀ UBC817 با 16 نوار و آغازگرهای UBC811 و UBC823 با 14 نوار بیشترین و آغازگر UBC825 با 4 نوار کمترین تعداد نوار چندشکل را تشکیل دادند. اطلاعات چندشکلی نشانگرها بین 23/0 تا 40/0 و شاخص نشانگری از 1/1 تا 6/4 متغیر بود. تجزیۀ بردارهای اصلی نشان داد که دو مؤلفۀ اول درمجموع 72/23 درصد از واریانس کل را توجیه کردند. تجزیۀ خوشهای براساس ماتریس فقدان تشابه شاخص سوکال و الگوریتمNeighbor Joining (NJ)، 40 تودۀ بررسیشده را در سه گروه طبقهبندی کرد که هر گروه بهترتیب شامل 13، 9 و 18 توده بود. درستی گروهبندی حاصل از تجزیۀ خوشهای با تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر با 95 درصد تأیید شد.
- چکیده انگلیسی: West part of Iran is considered as one of the center of diversity for Aegilops triunsialis, therefore, study of its genetic diversity in this area is extremely important regarding evolution of this plant. The genetic variation among 40 accessions of Ae.triunsialis collected from west of Iran were studied using 12 ISSR markers. DNA was extracted, concentrations adjusted and five samples from each accession were bulked. Totally, 118 polymorphic bands were produced using 12 primers that UBC817 primer with 16 and then UBC811 and UBC823 with 14 bands had the maximum number, while UBC825 with 4 bands had minimum polymorphic bands. The PIC value varied from 0.23 to 0.40 and the MI value between 1.1 and 4.6. Principal Coordinates Analysis showed that the first two could explain the total variation of 23.72 percent. Cluster analysis using Neighbor Joining, placed the 40 accessions in three clusters that each contain 13, 9, and 18 members, respectively. Discriminate Function via Fisher's linear confirmed the validity of clustering analysis result (95%).
- انتشار مقاله: 05-11-1391
- نویسندگان: طاهره فتحی,محمد مهدی سوهانی,حبیب اله سمیع زاده لاهیجی,علی اشرف مهرابی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم گیاهان زراعی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: برنج,تنش سرما,تظاهر افتراقی,پروتئین¬های کارکردی,اسمولیت¬ها
- چکیده: تنش سرمای ابتدای فصل بطور معمول سبب آسیب گیاهان برنج در کشت زود هنگام شمال کشور است. در این تحقیق تظاهر چهار ژن OsP5CS2، OsTTP1، OsCOINو OsLti6a در گیاهچههای 14 روزه دو ژنوتیپ برنج متحمل به سرما PR و رقم حساس هاشمی، تحت تنش سرما (5 درجه به مدت 24 ساعت) با استفاده از روش تظاهر افتراقی بررسی شد. نرم افزار Total Lab (Ver 1.10) برای کمیت سنجی محصولات PCR حاصل از تکثیر ژنهای اختصاصی بکار رفت و برای بررسی تفاوت معنی داری بیان ژنها از آزمون ویلکاکسون نرمافزار SPSS.ver.18 استفاده شد. ژنهای مختلف، الگوی بیان متفاوتی را در ژنوتیپ متحمل و رقم حساس، تحت تیمار دمایی نشان دادند. سطح بیان ژنهای OsP5CS2و OsLti6a در ژنوتیپ PR افزایش و در هاشمی کاهش معنی داری نشان داد. دو ژن دیگر یعنی OsTTP1و OsCOIN در ژنوتیپ PR به طور معنی داری افزایش بیان داشتند اما، سطح بیان قابل ردیابی در هاشمی نداشتند. بنابراین نتایج نشان داد که بیان ژنهای مورد مطالعه، در پاسخ به تنش سرما تغییر کرده و بر این اساس احتمالاًًً تغییر بیان این ژنها میتوانند در پروژههای اصلاحی تحمل به سرما برنج موثر باشند.
- چکیده انگلیسی: Cold stress during the beginning of the season usually causes damage to rice plants in the north of Iran. In this study, the expression of four genes namely OsP5CS2, OsTTP1, OsCOIN and OsLti6a, was studied in 14-day-old seedlings of a cold tolerance PR genotype and a cold sensitive Hashemi variety during cold stress (5°C for 24h) by means of Differential Display method. PCR products were quantified using Total Lab (Ver 1.10) software and significant differences in gene expression were determined using Wilcoxon Test of SPSS.ver.18 software. Different genes displayed diverse expression patterns in tolerant and susceptible plants under cold stress condition. The expression level of OsP5CS2 and OsLti6a genes increased in PR and suppressed significantly in Hashemi genotypes. Two other genes, OsTPP1 and OsCOIN, were significantly up-regulated in PR, but did not have detectable expression in Hashemi. The results suggest that the expression of studied genes changes in response to cold stress and so probably the expression changes of these genes could be applicable in breeding projects in order to develop rice cold tolerance.
- انتشار مقاله: 26-06-1391
- نویسندگان: خزر ادریسی مریان,حبیب الله سمیع زاده لاهیجی,محمد مهدی سوهانی,سید حسن حسنی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: بیان ژن,آنالیز فیلوژنتیکی,بیوانفورماتیک,نوکلئوزوم
- چکیده: در یوکاریوتها DNA ژنومی در ترکیب با پروتئینهای هیستونی کروماتین را ایجاد میکند. چپرونهای هیستونی از طریق تغییر دسترسی به DNA بر میزان رونویسی ژنها تأثیر میگذارند. بر خلاف مخمر و جانوران، در مورد چپرونهای هیستونی گیاهی اطلاعات کمی وجود دارد. در این رابطه، خانواده nucleosome assembly protein (NAP) در تمام یوکاریوتها حفاظت شده بوده و جزء جدایی ناپذیر در پایداری، حفظ و پویایی کرماتین یوکاریوتی میباشد. این پروتئین ها در انتقال هیستونها به هسته، تشکیل نوکلئوزوم و القاء سیالیت کروماتین نقش داشته و لذا رونویسی بسیاری از ژنها را تحت تأثیر قرار میدهد. در این مطالعه با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی، 6 ژن شبه NAP (ZmNPL1 تا ZmNAPL6) در ذرت شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که این ژنهای NAPL همانند ژنهای NAPL آرابیدوپسیس و برنج به دو زیر گروه تقسیم شده و رابطه تکاملی نزدیکتری با ژنهای NAPL برنج داشتند. این ژنها دارای 3 تا 11 اینترون بوده و بر روی 5 کروموزوم از 10 کروموزوم ذرت قرار گرفتهاند. آنالیز بیانی بر پایه ریزآرایه نشان دهنده تنظیم دقیق رونویسی ژنهای ZmNAPL در طول نمو ذرت میباشد. این امر حاکی از نقش مهم این ژنها در برنامه ریزی مرتبط با فرآیندهای نموی ذرت بود. این مطالعه اولین گزارش در مورد شناسایی و بررسی روابط تکاملی، ساختاری و بیانی ژنهای NAPL ذرت بوده و نتایج بدست آمده از آن اطلاعات پایه برای تحقیقات آتی در مورد کارکرد ژن-های NAPL ذرت را مهیا میسازد.
- چکیده انگلیسی: In eukaryotes cells, genomic DNA in combination with histone proteins is formed the chromatin. Histone chaperones affect the gene transcription via altering in DNA accessibility. In contrast to their animal and yeast counterparts, not much is known about plant histone chaperones. Nucleosome assembly protein (NAP) family histone chaperones are conserved throughout eukaryotic genomics. NAP is an integral component in the establishment, maintenance, and dynamics of eukaryotic chromatin. They transfer histones into the nucleus, assemble nucleosomes, and promote chromatin fluidity, thereby, affecting the transcription of many genes. In this study, by applying some bioinformatics analysis approaches, six putative NAP genes (ZmNAPL1–ZmNAPL6) were identified in maize (Zea mays) using the released maize genomic sequences. Phylogenetic analysis showed that these ZmNAPLs are classified into two subgroups as found in Arabidopsis and rice. Moreover, it was found that maize NAPL proteins are more closely related to rice. The ZmNAPL genes contained three to eleven introns and were distributed across 5 out of 20 chromosomes in maize. Microarray-based expression analysis of ZmNAPLs showed that there is a tight transcriptional regulation on ZmNAPL genes during the plant development in maize suggesting that they may play a role in genetic reprogramming in association with the developmental process. This study is the first report about NAPL gene family in maize and obtained results provide basic information for future research on the functions of NAPL genes in maize.
- انتشار مقاله: 07-03-1396
- نویسندگان: امین عابدی عابدی,رضا شیرزادیان خرم آباد,محمد مهدی سوهانی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: آنالیز فیلوژنتیکی,آنالیز بیان,خانواده ژنی,مضاعفشدگی,مطالعات In Silico
- چکیده: استریکتوسیدین سینتاز آنزیم کلیدی مسیر بیوسنتزی ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی است. پروتئینهای داری دمین Str_synth در گیاهان، باکتریها، حشرات و پستانداران شناسایی شدهاند و به علت نامشخص بودن نقش کارکردی آنها شبه استریکتوسیدین سینتاز نامیده میشوند. با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم آرابیدوپسیس و برنج، ژنهای شبه استریکتوسیدین سینتاز در این گیاهان نیز شناسایی شد. با این حال اطلاعات کافی در مورد ساختار ژن، تاریخچه تکاملی، نحوه گسترش و نقش کارکردی خانواده ژنی SSL برنج وجود ندارد. در این مطالعه بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی 23 ژن SSL در ژنوم برنج شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی پروتئینهای SSL برنج و آرابیدوپسیس مشخص کرد که این ژنها در چهار گروه قرار میگیرند و مسیر تکاملی این خانواده در برنج و آرابیدوپسیس متفاوت است. ژنهای OsSSL دارای صفر تا پنج اینترون بوده و در 10 کروموزوم از 12 کروموزوم برنج با تراکم متفاوت قرار داشته و مضاعفشدگی پشت سر هم عامل اصلی گسترش این خانواده ژنی است. آنالیز پیشبر نشان داد که چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنشها و هورمونها در ناحیه تنظیمی وجود دارد که نشان دهنده نقش این ژنها در پاسخ به تنشها می-باشد. آنالیز بیان ژنهای OsSSL بر اساس دادههای ریزآرایه نشان داد که تعداد اندکی از این ژنها در بافتها و نیز تنشهای غیر زیستی بیان بالایی دارند. این مطالعه اولین گزارش در مورد خانواده ژنی SSL در برنج بوده و میتواند یک چهارچوب برای بررسی کارکردهای بیولوژیکی ژنهای SSL در برنج و گیاهان دیگر فراهم میکند.
- چکیده انگلیسی: Strictosidine synthase is a key enzyme in the monoterpenoid indole alkaloids biosynthesis pathway. Proteins with Str_synth domain have been identified in plants, bacteria, insects and even mammalians and called Strictosidine synthase-like due to unknown functional roles. With the Arabidopsis and rice genome sequence completed, SSL genes were also identified in these plants. However, little is known about evolutionary path, gene structure, expansion and function of SSL family in rice. In this study, through bioinformatic analysis, a total of 23 SSL genes were identified in rice genome. A phylogenetic analysis of the SSL genes in rice and Arabidopsis clarified that these genes could be divided into four different groups and the evolutionary paths are different in rice and Arabidopsis. The OsSSL genes contained zero to five introns and were distributed across 10 out of 12 chromosomes at different densities and tandem duplication was a major cause in expanding this family. Promoter analysis showed the presence of several cis-regulatory elements related to stress and hormone response in regulatory region, indicating probable their role in stress response. Microarray-based expression analysis of OsSSL genes indicated that a few number of these genes were widely expressed in various tissues and also in response to some abiotic stresses. This study is the first report about SSL gene family in rice and provides a framework for further analysis of the biological functions of SSL genes in either rice or other crops.
- انتشار مقاله: 11-09-1395
- نویسندگان: امین عابدی,رضا شیرزادیان خرم آباد,محمد مهدی سوهانی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: گلایسین بتائین,کولین,غوطهورسازی گل آذین,فسفو اتانول آمین N-متیل ترانسفراز (PEAMT)
- چکیده: یکی از مکانسیمهای مقاومت گیاهان به تنشهای غیرزیستی تولید محلول سازگار گلایسین بتائین است. کولین پیشساز این متابولیت مهم و همچنین یک ترکیب اصلی در حفظ یکپارچگی و سیگنالینگ غشای سلولی است. در گیاهان مهمترین مرحله تولید کولین را آنزیم سیتوپلاسمی فسفو اتانول آمین N-متیل ترانسفراز (PEAMT; EC 2.1.1.103) کاتالیز میکند. در این مطالعه ژن PEAMT از یک رقم محلی گیاه اسفناج (Spinacia oleracea Iranian landrace) با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر و در داخل وکتور کلونینگ (pJET) همسانه سازی شد. به منظور فرابیان ژن PEAMT ، سازه ژنیPBI121GUS-9:PEAMT ساخته و در نهایت به باکتری Agrobacterium سویه GV3101(PMP90) منتقل شد. تراریزش گیاهان با استفاده از روش غوطهورسازی گل آذین انجام و آنالیز اولیه گیاهان تراریخت احتمالی با جوانهزنی بذور در محیط انتخابی حاوی آنتی بیوتیک کانامایسین بررسی شد. گیاهچههای مقاوم به کانامایسین در سطح مولکولی با استفاده از روش PCR غربالگری و تراریختی گیاهان در سطح رونوشتبرداری با RT-PCR تایید شد. متعاقباً بررسیهای فنوتیپی گیاهان تراریخت حاوی ژن PEAMT در شرایط تنش شوری نشان داد که طول ریشه اصلی گیاهان تراریخت از مقدار آن در گیاهان شاهد به طور معنیداری طویلتر، ریشههای فرعی گستردهتر و رشد رویشی بهتری داشتهاند. اندازهگیری متابولیت گلایسینبتائین و آنزیم پراکسیداز نیز نشان داد که گیاهان تراریخته دارای محتوای گلایسینبتائین بیشتر و فعالیت آنزیم پراکسیدازی بالاتری نسبت به گیاهان شاهد داشتهاند.
- چکیده انگلیسی: One of the plant resistant mechanisms to abiotic stresses is production of a compatible solute named glycine betaine. Choline is the precursor of this important metabolite and it is also essential compound for the structural integrity and signaling of cell membrane. In plants, the most important step of choline production is catalyzed by cytoplasmic phosphoethanolamine N-methyltransferase (PEAMT ; EC 2.1.1.103) enzyme. In this study, PEAMT gene from spinach (Spinacia oleracea Iranian landrace) was amplified using specific primers and cloned into an intermediate cloning vector (pJET). In order to overexpression of PEAMT gene, the construct of PBI121GUS-9:PEAMT was made and finally was transferred to the Agrobacterium tumefaciens GV3101 (PMP90). Floral dip method was used for transformation and initial analysis of putative transgenic plants was tested in selective medium containing kanamycin. Then resistant seedlings at the molecular level were evaluated using PCR and RT-PCR methods. Results confirmed plant transformation in the level of transcription. Subsequently, The phenotypic analysis under salt stress showed that the main root length of transgenic plants was significantly longer than control nontransgenics. In adition, glycinebetaine contents and peroxidase activity were significantly higher in transgenic compare to non-transgenics control plants.
- انتشار مقاله: 19-05-1395
- نویسندگان: سمیه اللهی,محمد مهدی سوهانی,حسن حسنی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: "Agrobacterium tumefaciens","استوسرینگون","ژنهای بیماریزا",Oryza sativa L. var. indica
- چکیده: ترانسفورماسیون ژنتیکی برنج با استفاده از اگروباکتریوم (Agrobacterium tumefaciens) رویکردی مطلوب، ضروری و قدرتمند برای انتقال ژن به گیاهان زراعی میباشد. در این پژوهش به منظور ترانسفورماسیون گیاهان برنج از روش in planta استفاده شد. بر این اساس، بذور برنج به مدت دو روز خیسانده شدند و سپس سمت مریستم انتهایی بذر که جنین بالغ برنج وجود دارد در مراحل اولیه جوانهزنی با سوزن آغشته به محلول اگروباکتریوم زخم زنی و تلقیح -شد. آزمایش با دو سویهی اگروباکتریوم ( EHA105و LBA4404) حاوی پلاسمید pCAMBIAl105.1R، سه غلظت استوسیرینگون (Mμ200، 100 و 0)، سه رقم برنج (هاشمی، حسنی و غریب) و دو روش وکیوم و بدون وکیوم به صورت فاکتوریل و در قالب طرح کاملاً تصادفی در سه تکرار انجام شد. کارایی ترانسفورماسیون با استفاده از آزمون مقاومت بافتهای برگی به آنتیبیوتیک هایگرومایسین، آزمون بافت شیمیایی GUS و واکنش PCR با حداقل سه ژن مختلف بررسی شد. در نهایت، سویهی EHA105 در رقم هاشمی، با حضور Mμ100 استوسرینگون همراه با استفاده از وکیوم بالاترین کارایی ترانسفورماسیون (46/37%) را نشان دادند. پایداری ترانسژن در نسل بعد بررسی و بدین منظور 60 گیاه از نسل T1نیز با استفاده از سه تست اشاره شده آزمون و ترانسفورماسیون بودن 21% آنها تأیید شد.
- چکیده انگلیسی: Agrobacterium-mediated transformation technique is a powerful and essential tool for genetic transformation and transgenic rice plant production. In this study an in planta transformation method was used for rice plants transformation. Therefore, rice seeds were socked for two days and the mature rice embryos was inoculated by means of an Agrobacterium coated needle. An experiment with factorial design including two strains of Agrobacterium tumefaciens (EHA105 and LBA4404) harboring pCAMBIAl105.1R, three levels of Acetosyringone (0, 100 and 200 Mµ), three cultivars of rice (Hashemi, Hasani and Gharib) and two treatments of vacuum and no vacuum operation was carried out in a Completely Randomized Design with three replications. Integration of the transgene into the genome of putative transgenic rice plants were confirmed using resistance of leaf tissues to Hygromycin, the histiochemical GUS assay and PCR with at least three different genes. Accordingly, EHA105 strain and Hashemi cultivar in the presence of 100µM acetosyringone using vacuum in a vir genes induction medium had a significant transformation efficiency (37.46%). The success of transformation was further confirmed by analysis of T1 generation with 21% transgenic.
- انتشار مقاله: 01-01-1391
- نویسندگان: صدیقه نصررمزی,محمد مهدی سوهانی,سید حسن حسنی,جعفر اصغری
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: Real-time PCR,in planta,فرابیان,غوطهوری گل آذین
- چکیده: استریکتوسیدین سینتاز یک آنزیم کلیدی مسییر بیوسنتز ایندول الکالوئیدهای مونوترپنی میباشد. آرابیدوپسیس قادر به تولید ترکیبات آلکالوئیدی نیست اما، ژنهایی مشابه استریکتوسیدین سینتاز در آن شناسایی شده است. ژن SSL6 از اعضاء خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز آرابیدوپسیس میباشد که در این تحقیق پاسخ ژن آن به تیمار شوری بصورت کمی بررسی و سپس در گیاه آرابیدوپسیس فرابیان شد. بمنظور تولید موتانت فرابیان ژن SSL6 RNA کل استخراج و رشته اول cDNA با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن ساخته شد. کلون سازی ابتدایی در ناقل pJET انجام و متعاقبا به سازه فرابیانی گیاهی (pPZPY:SSL6) منتقل شد. در ترانسفورماسیون آرابیدوپسیس از اگروباکتریوم نژاد GV3101(PMP90) و تکنیک غوطهوری گلآذین استفاده شد. آنالیز گیاهان تراریخت احتمالی در ابتدا با کشت بذرهای حاصل از گیاهان تلقیح شده بر روی محیط گزینشی حاوی آنتی بیوتیک جنتامایسین و گزینش گیاهچههای مقاوم انجام شد. در ادامه گیاهان تراریخت احتمالی در طی واکنش PCR با پرایمرهای اختصاصی ژن SSL6 با تولید الگوهای باندی متفاوت در الکتروفورز در مقایسه با گیاهان وحشی و همچنین پرایمرهای اختصاصی ژن مارکر جنتامایسین جداسازی شدند. میزان افزایش بیان ژن انتقال یافته نسبت به گیاه مادری با واکنش Real-Time PCR بر روی گیاهان نسل T2 انجام و نتایج نشان داد افزایش بیان ژن SSL6 در گیاهان تراریخته به طور قابل ملاحظهای بالاتر از گیاه مادری بوده است. تعدادی لاین تراریخت حاوی یک نسخه تراژن از طریق تفرق صفت مقاومت به آنتیبیوتیک جنتامایسین در محیط کشت انتخابی در نسل T2 و T3 انتخاب شدند. بررسی کمی بیان ژن SSL6 در گیاهان وحشی Col-0 نیز نشان داد که تنش شوری موجب افزایش معنیدار بیان ژن، شش ساعت پس از اعمال تیمار شد.
- چکیده انگلیسی: The monoterpenoids comprise a family of structurally and pharmaceutically diverse alkaloids. Strictosidine synthase is a key enzyme in monoterpenoid indole alkaloid biosynthesis pathway. In spite of the apparent lack of complex alkaloids in Arabidopsis, a gene family called Strictosidine synthase like (SSL) has been found in the genome. SSL6, a member of SSL family, has been induced significantly by various stresses and signaling molecules. An overexpressed mutant is a powerful tool for functional characterization of an unknown gene. In view of that, SSL6 overexpressed mutant have been generated in order to study the possible role of the gene in Arabidopsis defense against biotic and abiotic stresses. The open reading frame from SSL6 was amplified and cloned into intermediate pJET vector before subcloning into pPZPY122 plant vector. Plant transformation was made by floral dip method using Agrobacterium tumefaciens strain GV3101 (PMP90). The putative transgenic plants were isolated on selective MS medium containing gentamycin. Transgene integration was further analyzed by PCR using SSL6 and gentamycin resistance gene specific primers. The transcription level of SSL6 in the T2 plants was measured using q-PCR and indicated an overexpression in transgenic compared to wild type Col-0 plants. Segregation ratio of plants in T2 and T3 generation on selection medium proved that some of the genotypes contain single T-DNA insert. The SSL6 Expression level in response to salt stress was measured in Col-0 and indicated an up-regulation of the gene 3, 6 and 12 hrs after treatment.
- انتشار مقاله: 09-09-1394
- نویسندگان: امین عابدی,محمد مهدی سوهانی,رضا شیرزادیان
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: بیوانفورماتیک,ریزآرایه,بررسی فیلوژنتیکی,پیش بر
- چکیده: پروتئینهای خانواده آنتیپورتر یون کلسیم/کاتیون (CaCA) نقش حیاتی در هموستازی یون کلسیم دارند که یک رویداد مهم در طول نمو و پاسخ دفاعی گیاه است. در مطالعه حاضر با استفاده از دادههای بانکهای اطلاعاتی مرتبط، 14 ژن CaCAs در ژنوم ذرت شناسایی و براساس سازماندهی ساختاری و ارتباط تکاملی آنها با پروتئینهای شناساییشده به سه گروه CAX، CCX و MHX طبقهبندی شدند. بیشتر پروتئینهای ZmCaCA دارای دو دمین Na_Ca_ex بودند. تمامی ژنهای شناساییشده دارای حداقل یک موتیف کارکردی بوده و ساختار ژنی هر زیر گروه CaCA بسیار حفاظت شده است. در پیشبینی مولکول-های miRNA واکنشگر نسبت به ژنهای CaCA در ذرت 33 نوع miRNA متفاوت شناسایی شد که در تنظیم بیان پس از رونویسی 13 ژن CaCAs از طریق برش mRNA یا ممانعت از ترجمه دخالت دارند. علاوه بر این، چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنشها و هورمونها در پیشبر این ژنها شناسایی شد. بیان متغیر اکثر ژنهای ZmCaCA در مراحل مختلف رشد و نمو، نقش مشخص آنها در نمو ذرت را نشان می-دهد. همچنین القاء بیان این ژنها در پاسخ به تنشهای غیر زیستی (سرما، شوری، خشکی) کارکرد دفاعی ژنهای ZmCaCA را مشخص نمود. بیشترین افزایش و کاهش بیان ژن مربوط به ژنهای CAX است. نتایج این مطالعه اطلاعات پایه در مورد روابط فیلوژنی و کارکردهای احتمالی ژنهای CaCA ذرت را برای پژوهشهای آتی فراهم میسازد.
- چکیده انگلیسی: The Ca2+/cation antiporters (CaCA) superfamily proteins play vital function in Ca2+ ion homeostasis, which is an important event during development and defense response. In the present study, using related database, 14 CaCA genes were identified in the maize genome and classified according to their structural organization and evolutionary association with the identified CAX, CCX and MHX proteins. Most of the ZmCaCA proteins had two Na_Ca_ex domains. All of the identified genes had at least one functional motif and gene structure of each CaCA subgroup is highly conserved. In the prediction of reactive miRNAs relative to CaCA genes in maize, 33 different miRNA variants were identified that regulate the expression of 13 CaCA genes through cleavage or inhibition of translation. In addition, several cis-acting regulatory elements in ZmCaCA genes were found to be related to hormones stress responses. The variable expression of most ZmCaCA genes at different stages of development indicates their distinct role in development. Expression of these genes in abiotic stresses (cold, salt, and drought) indicates their role in stress response. The greatest high expression and down regulation of gene expression is related to CAX genes. The results of this study provide basic data about phylogeny and putative function of these genes for future studies on the role of CaCA genes in maize.
- انتشار مقاله: 15-01-1399
- نویسندگان: بهناز کرمی لاکه,محمد مهدی سوهانی,امین عابدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: بیوانفورماتیک,ریزآرایه,بررسی فیلوژنتیکی,پیش بر
- چکیده: پروتئینهای خانواده آنتیپورتر یون کلسیم/کاتیون (CaCA) نقش حیاتی در هموستازی یون کلسیم دارند که یک رویداد مهم در طول نمو و پاسخ دفاعی گیاه است. در مطالعه حاضر با استفاده از دادههای بانکهای اطلاعاتی مرتبط، 14 ژن CaCAs در ژنوم ذرت شناسایی و براساس سازماندهی ساختاری و ارتباط تکاملی آنها با پروتئینهای شناساییشده به سه گروه CAX، CCX و MHX طبقهبندی شدند. بیشتر پروتئینهای ZmCaCA دارای دو دمین Na_Ca_ex بودند. تمامی ژنهای شناساییشده دارای حداقل یک موتیف کارکردی بوده و ساختار ژنی هر زیر گروه CaCA بسیار حفاظت شده است. در پیشبینی مولکول-های miRNA واکنشگر نسبت به ژنهای CaCA در ذرت 33 نوع miRNA متفاوت شناسایی شد که در تنظیم بیان پس از رونویسی 13 ژن CaCAs از طریق برش mRNA یا ممانعت از ترجمه دخالت دارند. علاوه بر این، چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنشها و هورمونها در پیشبر این ژنها شناسایی شد. بیان متغیر اکثر ژنهای ZmCaCA در مراحل مختلف رشد و نمو، نقش مشخص آنها در نمو ذرت را نشان می-دهد. همچنین القاء بیان این ژنها در پاسخ به تنشهای غیر زیستی (سرما، شوری، خشکی) کارکرد دفاعی ژنهای ZmCaCA را مشخص نمود. بیشترین افزایش و کاهش بیان ژن مربوط به ژنهای CAX است. نتایج این مطالعه اطلاعات پایه در مورد روابط فیلوژنی و کارکردهای احتمالی ژنهای CaCA ذرت را برای پژوهشهای آتی فراهم میسازد.
- چکیده انگلیسی: The Ca2+/cation antiporters (CaCA) superfamily proteins play vital function in Ca2+ ion homeostasis, which is an important event during development and defense response. In the present study, using related database, 14 CaCA genes were identified in the maize genome and classified according to their structural organization and evolutionary association with the identified CAX, CCX and MHX proteins. Most of the ZmCaCA proteins had two Na_Ca_ex domains. All of the identified genes had at least one functional motif and gene structure of each CaCA subgroup is highly conserved. In the prediction of reactive miRNAs relative to CaCA genes in maize, 33 different miRNA variants were identified that regulate the expression of 13 CaCA genes through cleavage or inhibition of translation. In addition, several cis-acting regulatory elements in ZmCaCA genes were found to be related to hormones stress responses. The variable expression of most ZmCaCA genes at different stages of development indicates their distinct role in development. Expression of these genes in abiotic stresses (cold, salt, and drought) indicates their role in stress response. The greatest high expression and down regulation of gene expression is related to CAX genes. The results of this study provide basic data about phylogeny and putative function of these genes for future studies on the role of CaCA genes in maize.
- انتشار مقاله: 15-01-1399
- نویسندگان: بهناز کرمی لاکه,محمد مهدی سوهانی,امین عابدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: بیان ژن,آنالیز فیلوژنتیکی,بیوانفورماتیک,نوکلئوزوم
- چکیده: در یوکاریوتها DNA ژنومی در ترکیب با پروتئینهای هیستونی کروماتین را ایجاد میکند. چپرونهای هیستونی از طریق تغییر دسترسی به DNA بر میزان رونویسی ژنها تأثیر میگذارند. بر خلاف مخمر و جانوران، در مورد چپرونهای هیستونی گیاهی اطلاعات کمی وجود دارد. در این رابطه، خانواده nucleosome assembly protein (NAP) در تمام یوکاریوتها حفاظت شده بوده و جزء جدایی ناپذیر در پایداری، حفظ و پویایی کرماتین یوکاریوتی میباشد. این پروتئین ها در انتقال هیستونها به هسته، تشکیل نوکلئوزوم و القاء سیالیت کروماتین نقش داشته و لذا رونویسی بسیاری از ژنها را تحت تأثیر قرار میدهد. در این مطالعه با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی، 6 ژن شبه NAP (ZmNPL1 تا ZmNAPL6) در ذرت شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که این ژنهای NAPL همانند ژنهای NAPL آرابیدوپسیس و برنج به دو زیر گروه تقسیم شده و رابطه تکاملی نزدیکتری با ژنهای NAPL برنج داشتند. این ژنها دارای 3 تا 11 اینترون بوده و بر روی 5 کروموزوم از 10 کروموزوم ذرت قرار گرفتهاند. آنالیز بیانی بر پایه ریزآرایه نشان دهنده تنظیم دقیق رونویسی ژنهای ZmNAPL در طول نمو ذرت میباشد. این امر حاکی از نقش مهم این ژنها در برنامه ریزی مرتبط با فرآیندهای نموی ذرت بود. این مطالعه اولین گزارش در مورد شناسایی و بررسی روابط تکاملی، ساختاری و بیانی ژنهای NAPL ذرت بوده و نتایج بدست آمده از آن اطلاعات پایه برای تحقیقات آتی در مورد کارکرد ژن-های NAPL ذرت را مهیا میسازد.
- چکیده انگلیسی: In eukaryotes cells, genomic DNA in combination with histone proteins is formed the chromatin. Histone chaperones affect the gene transcription via altering in DNA accessibility. In contrast to their animal and yeast counterparts, not much is known about plant histone chaperones. Nucleosome assembly protein (NAP) family histone chaperones are conserved throughout eukaryotic genomics. NAP is an integral component in the establishment, maintenance, and dynamics of eukaryotic chromatin. They transfer histones into the nucleus, assemble nucleosomes, and promote chromatin fluidity, thereby, affecting the transcription of many genes. In this study, by applying some bioinformatics analysis approaches, six putative NAP genes (ZmNAPL1–ZmNAPL6) were identified in maize (Zea mays) using the released maize genomic sequences. Phylogenetic analysis showed that these ZmNAPLs are classified into two subgroups as found in Arabidopsis and rice. Moreover, it was found that maize NAPL proteins are more closely related to rice. The ZmNAPL genes contained three to eleven introns and were distributed across 5 out of 20 chromosomes in maize. Microarray-based expression analysis of ZmNAPLs showed that there is a tight transcriptional regulation on ZmNAPL genes during the plant development in maize suggesting that they may play a role in genetic reprogramming in association with the developmental process. This study is the first report about NAPL gene family in maize and obtained results provide basic information for future research on the functions of NAPL genes in maize.
- انتشار مقاله: 07-03-1396
- نویسندگان: امین عابدی عابدی,رضا شیرزادیان خرم آباد,محمد مهدی سوهانی
- مشاهده