در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: Journal of Veterinary Research
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: PCR-RFLP,چندشکلی,سیستم ایمنی,مجتمع عمده پذیرش بافتی,مرغ تجاری
- چکیده: زمینۀ مطالعه: ناحیه مجتمع عمده پذیرش بافتی (MHC) مرغها در صفات تولیدی، پاسخهای ایمنی، مقاومت به بیماریهای عفونی و روابط فیلوژنتیکی، دارای اهمیت زیادی است.
هدف: این تحقیق به منظور بررسی چندشکلیهای تک نوکلئوتیدی ناحیه ژنی MHC مرتبط به سیستم ایمنی در مرغهای تجاری گوشتی و تخمگذار انجام گرفت.
روشکار: در این تحقیق یکصد نمونه خون از مرغهای تجاری گوشتی و تخمگذار اخذ و DNAی ژنومی به روش شستشوی نمکی استخراج شد. چندشکلیهای آللی در جایگاههای ژنی B-L، B-F و B-Gبا استفاده از تکنیک PCR-RFLP و آنزیم Msp I بررسی شد.
نتایج: برای دو جمعیت تجاری گوشتی و تخمگذار برای جایگاه تکثیری 374 جفت بازی B-L، تنها ژنوتیپ BB اما در جایگاه ژنی 1048 جفت بازی B-F، دو ژنوتیپ CG و GG فقط در مرغهای تجاری گوشتی شناسایی شد. در این جایگاه ژنی آلل C شامل باندهای 515، 410، 75 و 47 جفت بازی و آلل G دارای باندهای 410، 302، 213، 75 و 47 جفت بازی بودند. در جایگاه ژنی 401 جفت بازی B-G، سه ژنوتیپ MM، MN و NN و دو آلل M شامل یک باند 401 جفت بازی و آلل N دارای دو باند 350 و 51 جفت بازی مورد شناسایی قرار گرفت. در کل جمعیتها، شاخص اطلاعات شانون در دو جایگاه ژنی B-F و B-G به ترتیب 45/0 و 73/0 و شاخص تثبیت به ترتیب 20/0- و 34/0 محاسبه شد. بیشترین مقدار شاخص هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای جایگاههای ژنی B-F و B-G به ترتیب 34/0 و 23/0 برآورد شد.
نتیجهگیری نهایی:با توجه به تأیید وجود چندشکلی در دو جایگاه ژنی B-F(در جمعیت مرغ تجاری گوشتی) و B-G(در جمعیتهای مرغهای تجاری گوشتی و تخمگذار)، میتوان از این جایگاهها به عنوان نشانگر ژنتیکی در برنامههای اصلاح نژادی جهت افزایش مقاومت به بیماریها استفاده کرد.- چکیده انگلیسی: BACKGROUND: Chicken major histocompatibility complex region (MHC) is important in the productive traits, immune responses, resistance to infectious diseases and phylogenetic relationships.
OBJECTIVES: This study was investigated for single nucleotide polymorphisms of MHC region related to the immune system in commercial broiler and layer chickens.
METHODS: One hundred blood samples were taken from commercial broiler and layer chickens and genomic DNA was extracted by salting out method. The allelic polymorphisms were investigated in B-L, B-F and B-G loci using PCR-RFLP and MspI enzyme.
RESULTS: For two commercial broiler and laying populations, in the 374 bp locus of B-L, only BB genotype was detected but in the 1048 bp locus of B-F, two genotypes of CG and GG were identified in broiler chickens. The C allele contained four bands of 515, 410, 75 and 47 bp, and the G allele with five bands of 410, 302, 213, 75 and 47 bp. In B-G (401 bp) locus, three genotypes of MM, MN and NN and two alleles of M with one band (401 bp) and N with two bands (350 and 51 bp) were identified. In total populations, the Shannon information index was calculated to be 0.45 and 0.73 in markers loci of B-F and B-G, and the fixation index values were -0.20 and 0.34, respectively. The highest observed heterozygosity index for B-F and B-G loci was 0.34 and 0.23, respectively.
CONCLUSIONS: Considering the confirmation of the presence of polymorphism in two loci of the B-F (in commercial broiler population) and B-G (in commercial broiler and layer populations), these sites can be used as genetic marker in breeding programs to increase resistance to diseases.- انتشار مقاله: 15-05-1398
- نویسندگان: جعفر پیش جنگ آقاجری,قدرت رحیمی میانجی,سید حسن حافظیان,محسن قلی زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: دانشکده دندانپزشکی مشهد
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: رضایتمندی بیمار,کلیدواژهها: نگهدارنده,هاولی,ریتینر فرم داده شده در خلأ
- چکیده: مقدمه: دو ریتینر (نگهدارنده) هاولی (Hawley) و فرم داده شده در خلا با نام تجاری Essix معمولاً برای ریتنشن بعد از درمان ارتودنسی به کار می روند. هدف از مطالعه حاضر مقایسه رضایتمندی بیماران از ریتینرهای Hawley و Essix بود.
مواد و روش ها: در این مطالعه بالینی، 90 بیمار 14 تا 25 ساله که تحت درمان ارتودنسی ثابت قرار گرفته بودند و نیاز به ریتینر داشتند، انتخاب و بر اساس پروتکل ریتنشن به سه گروه تقسیم شدند. در گروه اول، نگهدارنده Hawley به صورت 4 ماه تمام وقت و سپس شبانه استفاده شد. در گروه دوم(Essix4M) بیماران از نگهدارنده Essix به صورت چهار ماه تمام وقت و سپس شبانه استفاده کردند. در گروه سوم (Essix1W) بیماران از نگهدارنده Essix به صورت یک هفته تمام وقت و سپس به صورت شبانه استفاده کردند. بررسی رضایتمندی بیماران 1 هفته و 8 ماه بعد از تحویل ریتینر توسط پرسشنامه انجام شد. داده ها با نرم افزار SPSSدر سطح معنی داری 05/0 مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.
یافته ها: میزان رضایت کلی بر اساس جمع امتیاز حاصل از پرسشنامه هفته اول در گروه سوم (Essix1W) بیشتر از سایر گروه ها بود، اما تفاوت میان سه گروه معنی دار نبود (885/0P=). پس از گذشت 8 ماه از تحویل پلاک میزان رضایت کلی در گروهHawley بیشتر از سایر گروه ها بود، ولی باز هم تفاوت بین گروه ها معنی دار نبود (118/0=P).
نتیجه گیری: در رابطه با رضایتمندی بیماران تفاوت معنی داری بین دو نوع ریتینرHawley و Essix (با پروتکل های زمانی مختلف) مشاهده نشد. البته تفاوت های جزئی نشان دهنده محبوبیت کوتاه مدت پروتکل Essix1W و رضایت طولانی مدت بیماران از ریتینر Hawley بود.- چکیده انگلیسی: Introduction:Hawley and vacuum-formed retainers, the latter with the commercial trademark of “Essix”, are commonly used for retention after orthodontic treatment. The present study aimed to compare patient satisfaction with Hawley and Essix retainers.
Methods and Materials: This clinical study was conducted on 90 patients aged 14-25 years who underwent fixed orthodontic treatment and required retainers. The selected patients were divided into three groups based on the retention protocols. In the first group, Hawley retainers were used for four months full time and then night-only. The patients in the second group (Essix4M) used Essix retainers for four months full-time and then night-only. In the third group (Essix1W), the patients used Essix retainers for one week full-time and then night-only. Patient satisfaction was assessed using questionnaires one week and eight months after applying the retainers. Data analysis was performed in SPSS at the significance level of pResults:Total score of patient satisfaction based on the completed questionnaires was higher in the Essix1W group after one week of retention compared to the other groups, while the difference between the groups was not significant (P=0.885). After eight months of using the retainers, the total score of patient satisfaction was higher in the Hawley group compared to the other groups, while the difference between the groups was not considered significant in this regard (P=0.118).
Conclusion:According to the results, there was no significant difference in patient satisfaction between the Hawley and Essix groups (with different wear-time protocols). However, the insignificant differences in this regard indicated that the Essix1W protocol was more accepted at short-term intervals, whereas long-term satisfaction was higher with the Hawley retainers.- انتشار مقاله: 15-09-1397
- نویسندگان: براتعلی رمضانزاده,فرزانه احراری,زهرا سادات حسینی,محسن قلی زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: دانشکده دندانپزشکی مشهد
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: اسکار,فیبروز تحت مخاطی,تریسموس
- چکیده: مقدمه: فیبروز تحت مخاطی دهان (Oral submucos fibrosis (SMF)) یک عارضه غیر قابل برگشت، مزمن، پیش سرطانی و پیشرونده است. تظاهرات بالینی آن به صورت اسکار و فیبروز پیشرونده مخاط حفره دهان می باشد. همچنین SMF می تواند منجر به بروز عوارضی مانند احساس سوزش در دهان، عدم تحمل غذاهای تند، خشکی دهان شده و در موارد شدیدتر، تریسموس، محدودیت در میزان بازکردن دهان، اختلال در حرکت زبان، بلع، تکلم و میکروستومیا همراه آن رخ می دهد. اتیولوژی عارضه فیبروز تحت مخاطی (SMF) به طور کامل شناخته نشده است و اکثراً مولتی فاکتوریال ذکر شده است. علاوه بر آن فیبروز تحت مخاطی وضعیتی نادر در کودکان محسوب می شود و عود پس از درمان آن شایع می باشد. گزارش مورد: در مطالعه حاضر یک مورد نادر فیبروز تحت مخاطی یک طرفه با اتیولوژی نا شناخته در پسری 10 ساله به همراه روش ترکیبی خاص (دارویی/جراحی/پروتزی/ فیزیوتراپی) جهت درمان آن گزارش شده است. نتیجه گیری: تشخیص صحیح و طرح درمان مناسب در بیماران فیبروز تحت مخاطی دهان بسیار ضروری است و عامل اصلی موفقیت و دستیابی به نتایج رضایت بخش درمانی می باشد.
- چکیده انگلیسی: Introduction: Oral submucous fibrosis is considered as an irreversible, chronic, progressive, and premalignant lesion. The clinical manifestation of this lesion is presented as a fibrotic progressive scar leading to such complications as burning sensation in the mouth, spicy food intolerance, and dry mouth. Moreover, in more severe cases, this disease can lead to trismus, limitation of mouth opening, microstomia, speech disorders, as well as difficulty in moving the tongue and swallowing. The oral submucous fibrosis can have a multifactorial etiology; however, the main cause of this lesion remains obscure. This disease is considered to be a rare condition in children; however, the relapse is a common condition that occurs post-treatment. Case report: Herein, we presented a case of a 10-year-old male patient with a rare oral submucous fibrosis, with unknown etiology, who was managed with a particular combined treatment, including pharmaceutical, surgical, physiotherapeutic, and prosthetic approaches. Conclusion: The correct diagnosis and treatment planning in the patients suffering from oral submucous fibrosis are considered as essential factors to successfully achieve the desirable outcomes.
- انتشار مقاله: 16-06-1395
- نویسندگان: سهند سمیعی راد,حسین خلیفه,محسن قلی زاده,سیده سودابه فاطمی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: فرایندهای نوین در مهندسی مواد
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: خوردگی,مقاومت به سایش,عملیات حرارتی,کاربید بور,پوشش الکترولس
- چکیده: در این تحقیق به بررسی تأثیر عملیات حرارتی بر روی مقاومت به سایش پوشش الکترولس دولایه کامپوزیتی Ni-P/Ni-B-B4C پرداخته شدهاست. به این منظور، ابتدا پوشش الکترولس نیکل– فسفر با ضخامت 15 میکرون و سپس پوشش الکترولس Ni-B-B4C با ضخامت مشابه روی سطح نمونههایی از جنس فولاد Ck45 اعمال شد. جهت ارزیابی خواص پوشش دولایه Ni-P/Ni-B-B4C، پوشش های دولایه نیکل-فسفر/ نیکل- بور با ضخامت یکسان و تک لایه نیکل- بور با ضخامت30 میکرون ایجاد و با این پوشش مقایسه شدند. نقش لایه الکترولس نیکل- فسفر ایجاد شده در پوشش دولایه توسط آزمون پلاریزاسیون تافل بررسی شد. نمونههای پوشش داده شده تحت عملیات حرارتی به مدت یک ساعت در دمای 400 درجه سانتیگراد قرار گرفتند. تأثیر عملیات حرارتی بر مرفولوژی، تغییرات ساختاری و رفتار سایشی پوششها با انجام آزمونهای میکروسکوپ الکترونی روبشی، تفرق اشعه ایکس و نیز آزمون سایش پین برروی دیسک در دمای محیط مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آزمون ها نشان داد که حضور لایه الکترولس نیکل- فسفر و توزیع ذراتB4C 1در لایهNi-B باعث بهبود مقاومت به خوردگی پوشش دولایه Ni-P/Ni-B-B4C شده است. همچنین توزیع ذرات B4C درلایه Ni-B و عملیات حرارتی که باعث تغییر ساختار پوشش از نیمه آمورف به نانوکریستالی و ایجاد فاز سخت Ni3B شده است، مقاومت به سایش پوشش را افزایش داد. ایجاد پوشش الکترولس دولایه Ni-P/Ni-B-B4C روی فولاد ساده کربنی Ck45 با توجه به بهبود همزمان مقاومت به سایش و خوردگی میتواند کاربردهای این فولاد را گسترش دهد.
- چکیده انگلیسی:
- انتشار مقاله: 19-05-1394
- نویسندگان: محسن رضاقلی زاده,اعظم حیذری,احمد ساعتچی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: عدم تعادل پیوستگی,انتخاب ژنومیک,بلوچی,پویش ژنومیک,لری- بختیاری,زل
- چکیده: شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیتهای مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسیهای انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم میکند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خونگیری به عمل آمد و با استفاده از آرایههای Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازهگیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصلههای کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل بهترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزومهای اتوزوم هر نژاد، کروموزومهای 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایینتری در بررسیهای ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عاملهای مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسیهای انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایههایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.
- چکیده انگلیسی: Understanding the pattern of linkage disequilibrium (LD) in different populations provides useful information for genomic selection (GS), genome wide association studies (GWAS) and identification of genetic architecture of traits by estimating the persistence of LD phase between markers and quantitative trait loci (QTL). The aim of this research was to estimate of the extent of LD in three Iranian native sheep breeds. Therefore, 186 blood samples were taken from three sheep breeds (96 Baluchi, 45 lori-Bakhtiari and 45 Zel) and genotyped by Illumina ovine 50K SNPChip, then linkage disequilibrium in any breed were measured using r2. The results showed that the highest average values of r2 at inter marker distance of less than 10Kb were 0.392± 0.323, 0.360±0.308 and 0.340±0.306 in Baluchi, Lori-Bakhtiari and Zel, respectively. The highest average values of r2 in autosome chromosomes of each breed were obtained for chromosome 24 and 25 in Baluchi, 9 and 21 in Lori-Bakhtiari and 23 and 24 in Zel. The amount of LD reduced with increasing the distance between markers, the extent of LD was less than 0.1 at inter marker distances greater than 100Kb. The comparison of correlation coefficients LD between different breeds showed a strong persistence of LD phase between Zel and Lori-Bakhtiari breeds which is probably due to recent common ancestors between these two breeds. Generally, with increase amount of LD means that lower marker density in association studies will be required. The results of this study showed to achieve genomic prediction accuracy of 85% (assuming there is no other accuracy limiting factor) and robust GWAS results, the density of markers must be higher than 50K SNPChip.
- انتشار مقاله: 14-09-1395
- نویسندگان: سمیه بارانی,محمد مرادی شهربابک,اردشیر نجاتی جوارمی,محمد حسین مرادی,محسن قلی زاده,مجید خان سفید
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: گوسفند زل,گوسفند بلوچی,انتخاب مثبت,روش ویر و کوکرهام,ژنهای نامزد
- چکیده: نشانههای انتخاب در کل ژنگان (ژنوم)، ما را در درک سازوکارهای انتخاب و شناسایی مناطقی از ژنگان که در طی سالیان متمادی بهصورت طبیعی و یا مصنوعی انتخاب شدهاند، راهنمایی میکنند. هدف این تحقیق شناسایی نقاطی از ژنگان در گوسفندان زل و بلوچی بود که در طی سالهای مختلف بهصورت مصنوعی یا طبیعی انتخاب شدهاند. 143 رأس گوسفند بلوچی (96 رأس) و زل (47 رأس)، با استفاده از آرایههای ژنگانیIllumina ovine SNP50K BeadChip تعیین ژنوتیپ شدند. برای جستجوی نشانههای انتخاب از آزمون نااُریب FST ویر و کوکرهام (تتا) در بستۀ نرمافزاری R استفاده شد. نتایج 17 منطقۀ ژنگانی روی کروموزومهای 3، 4، 5، 7، 10، 11، 12، 13، 15، 18 و X را شناسایی کرد. تجزیهوتحلیل اطلاعات زیستی (بیوانفورماتیکی) نشان داد که برخی از این مناطق ژنگانی با ژنهای مؤثر بر صفات گسترش نظام استخوانبندی (اسکلتی) و دم، ایمنی و یاختهشناختی (سیتولوژی) یاختهای، سوختوساز (متابولیسم) قند و انرژی و تولیدمثلی مانند ژنهای RPS6KA3، HOXB9، ESPL1، AAAS، FNDC3A همپوشانی دارند. نتایج این تحقیق و جایگاههای ژنگانی شناساییشده میتواند نقش مهمی در رابطه با بررسی تأثیر انتخاب در تمایز جمعیتی دو نژاد دنبهدار بلوچی و بدون دنبۀ زل و در پی آن شناسایی مناطق ژنگانی مرتبط با صفات متمایزکنندۀ این دو نژاد داشته باشد.
- چکیده انگلیسی: Selective signatures in whole genome can help us to understand the mechanisms of selection and to identify the genomic regions that have been under natural or artificial selection during long years. The objective of this study was to identify the genomic regions that have been under artificial and natural selection in Baluchi and Zel sheep breeds. 143 sheep from Baluchi (N=96) and Zel breeds (N=47) have been genotyped using the Illumina ovine SNP50 BeadChip. Unbiased method of Weir and Cockerham’s FST (Theta) was used to detect the selection signatures in the R package. The results revealed seventeen genomic regions on 3, 4, 5, 7, 10, 11, 12, 13, 15, 18 and X chromosomes. Bioinformatics analysis demonstrated that some of these genomic regions overlapped with reported genes included in the development of the skeletal system and tail, cytology cells, immune system, sugar and energy metabolism and reproduction traits such as RPS6KA3, HOXB9, ESPL1, AAAS, FNDC3A genes. The results of the present study and the identified genomic regions can play an important role in study of the effect of the selection on population differentiation in two Baluchi fat-tailed and Zel thin-tailed breeds and subsequently, would direct us to identify the genomic regions associated with traits differentiate these breeds.
- انتشار مقاله: 05-03-1395
- نویسندگان: زینب منظری,حسن مهربانی یگانه,اردشیر نجاتی جوارمی,محمد حسین مرادی,محسن قلی زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: PCR-RFLP,بیماری,جهش,نشانگر مولکولی,اصلاح نژاد
- چکیده: در تحقیق حاضر، چندشکلی چهار جایگاه ژنی شامل TLR4، IgL، IL2 و IFNɣ، در 100 قطعه مرغ تجاری گوشتی و تخمگذار با استفاده از تکنیک PCR-RFLP و آنزیمهای برشی HphI، Sau96I و Tsp509I بررسی شدند. در جایگاه نشانگری TLR4، دو آلل C (دو باند 138 و 119 جفت بازی و G (سه باند 119، 99 و 39 جفت بازی)، در جایگاه ژنی IL2، دو آلل A (چهار باند 465، 64، 40 و 31 جفت بازی) و B (پنج باند 454، 64، 40، 31 و 11 جفت بازی)، در جایگاه ژنی IgL، دو آلل M (دو باند 173 و 161 جفت بازی و دو باند 10 جفت بازی) و N (سه باند 161، 103، 70 و دو باند 10 جفت بازی) و در جایگاه ژنی IFNγ، دو آلل E (یک باند 129 جفت بازی) و F (دو باند 90 و 39 جفت بازی) شناسایی شدند. در جایگاههای نشانگری TLR4، IL2، IgL و IFNɣ، ساختارهای جمعیتی در کل جمعیتها شامل شاخص اطلاعات شانون به ترتیب 43/0، 62/0، 68/0 و 69/0، شاخص تثبیت به ترتیب 19/0-، 37/0، 18/0- و 17/0 و شاخص هتروزیگوسیتی مشاهده شده به ترتیب 32/0، 27/0، 58/0 و 41/0 برآورد شدند. با توجه به وجود چندشکلی در این جایگاهها و در صورت مطالعهی پاسخهای ایمنی ژنوتیپهای مشاهده شده برای جایگاههای ژنی مورد مطالعه میتوان از آنها به عنوان نشانگر در برنامههای اصلاح نژاد ژنتیکی مرغها برای افزایش مقاومت به بیماریها بهره برد.
- چکیده انگلیسی: In the present study, the polymorphism of four loci including of TLR4, IL2, IgL and IFNγ, in 100 commercial broiler and layer chickens using PCR-RFLP technique and enzymes of Tsp509I, Sau96I and HphI were investigated. In TLR4 marker site, two alleles of C (two bands of 138 and 119 bp) and G (three bands of 119, 99 and 39 bp), In IL2 locus, two alleles of A (four bands of 465, 64, 40 and 31bp) and B (five bands of 454, 64, 40, 31 and 11 bp), in IgL locus, two alleles M (two bands of 173, 161 and two bands of 10 bp) and N (three bands of 161, 103,70 and two bands of 10 bp) and in IFNγ locus, two alleles E (one band of 129 bp) and F (two bands of 90 and 39 bp) were identified. In TLR4, IL2, IgL and IFNγ markers sites, the population structure of the total population including the Shannon information index 0.43, 0.62, 0.68 and 0.69, the Fixation index -0.19, 0.37, -0.18 and 0.17 and the observed heterozygosity index 0.32, 0.27, 0.58 and 0.41 were estimated, respectively. Regarding the presence of polymorphism at these sites and in the case of studying the immune responses of the observed genotypes for these sites, can be used as marker for genetic breeding programs of chickens for increase of resistance to disease.
- انتشار مقاله: 08-04-1397
- نویسندگان: جعفر پیش جنگ آقاجری,قدرت رحیمی میانجی,سید حسن حافظیان,محسن قلی زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: تغییرات ساختاری,آرایه تعیین ژنوتیپ,الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP,تنوع تعداد کپی
- چکیده: تنوع تعداد کپی (CNV)، از مهمترین تغییرات ساختاری ژنوم، به عنوان منبع مهم تنوع ژنتیکی و فنوتیپی شناخته شده است. هدف از این مطالعه بررسی مقایسهای CNV در گوسفندان نژاد بلوچی با استفاده از الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP بود. تجزیه دادهها با استفاده از آرایه تعیین ژنوتیپ SNP50K گوسفندی روی 96 گوسفند بلوچی انجام شد. پس از تشخیص CNVها، مناطق تنوع تعداد کپی (CNVRs) با استفاده از برنامه CNVRuler تعیین شدند. در مجموع تعداد 201 و 916 CNV به ترتیب با الگوریتمهای PennCNV و QuantiSNP شناسایی شد. همچنین 91 CNVR (به طول 75/18 تا 7/511 کیلو جفت باز) با الگوریتم PennCNV و 316 CNVR (به طول 7/5 تا 1280 کیلو جفت باز) با الگوریتم QuantiSNP شناسایی شد که به ترتیب در برگیرنده 46/0 و 33/1 درصد از کل ژنوم گوسفند بود. تعداد CNVهای نوع حذف در الگوریتم QuantiSNP حدود پنج برابر و در الگوریتم PennCNV حدود سه برابر بیشتر از تعداد اضافهها بود. همچنین تعداد CNVهای شناسایی شده با الگوریتم QuantiSNP حدود چهار برابر بیشتر بود. میزان 6/86 درصد (174 CNV با متوسط طول 67/122 کیلو جفت باز) از CNVهای شناسایی شده به وسیله الگوریتم PennCNV با CNVهای شناسایی شده در الگوریتم QuantiSNP مطابقت داشتند. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که استفاده از چندین الگوریتم میتواند تغییرات ساختاری ژنوم را با دقت بیشتری تشخیص دهد و منجر به درک بهتری از ژنوم گوسفند شود.
- چکیده انگلیسی: Copy number variation (CNV), one of the most important structural changes in the genome, has been known as an important source of genetic and phenotypic variations. The purpose of this study was to compare the two different algorithms in CNV detection consisting PennCNV and QuantiSNP in Baluchi sheep.Data analysis was performed using the Illumina OvineSNP50k BeadChip on 96 Baluchi sheep.After CNV calling, the copy number variation regions (CNVRs) were determined using the CNVRuler program.91 CNVRs with a length range of 18.75 up to 511.7 kbp were identified by the PennCNV algorithm, covering 0.46% of whole sheep genome.Also, 316 CNVRs with the length range of 7.5 up to 1280 kbp were obtained using QuantiSNP algorithm, covering 1.33% of whole sheep genome. The number of loss events was about five and three times more than the number of gain events for QuantiSNP and PennCNV algorithms, respectively.Also, the number of CNVs detected by QuantiSNP was about four times higherthan PennCNV.Also, 86.6% of total CNVs (174 CNVs with average length of 12.62 kb) identified by PennCNV were common with CNVs detected by QuantiSNP. In general, the results showed that the use of several algorithms could improve the accuracy for detecting the structural variation in the genome and led to a better understanding of the sheep genome.
- انتشار مقاله: 07-03-1398
- نویسندگان: کبری تقی زاده,محسن قلی زاده,محمد حسین مرادی,قدرت الله رحیمی میانجی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: تولید,گاو هلشتاین,تولیدمثل,لپتین,SIGLEC5
- چکیده: هدف از پژوهش حاضر تجزیه و تحلیل مولکولی و بیوانفورماتیکی ناحیه تنظیمی بالادستی ژنهای لپتین و SIGLEC5 در ارتباط با صفات تولیدی و تولیدمثلی در گاوهای هلشتاین استان مازندران بود. بدین منظور تعداد 300 نمونه خون به طور تصادفی تهیه و استخراج DNA انجام شد. سپس دو قطعه 252 و 406 جفت بازی به ترتیب از ناحیه تنظیمی بالادست ژنهای لپتین و SIGLEC5 با PCR تکثیر و تعیین ژنوتیپها با روش SSCP انجام شد. از هر الگوی باندی یک نمونه توالییابی شده و بررسیهای بیوانفورماتیک با نرم افزارهای BioEdit و DNASIS MAX انجام شد. جایگاه SIGLEC5 در این پژوهش تک شکل بود، اما در جایگاه لپتین چهار الگوی باندی A، B، C و D به ترتیب با فراوانیهای 25/0، 36/0، 22/0 و 17/0 مشاهده شدند. بررسی آماری نشان داد که چندشکلیهای ژن لپتین با صفت چربی شیر و وضعیت زایش ارتباط معنیدار دارد (05/0>p )، به طوری که افراد دارای الگوی باندی A بیشترین چربی شیر و افراد دارای الگوی باندی D کمترین چربی شیر را نشان دادند. همچنین افراد دارای الگوی باندی D دارای بهترین وضعیت زایش (طبیعی) بودند (05/0>p ). بررسیهای بیوانفورماتیکی به ترتیب وجود 14 و نه موتیف را در ژنهای SIGLEC5 و لپتین نشان دادند. لذا، بر اساس نتایج این پژوهش، استفاده از ژن لپتین برای بهبود صفات تولیدی و تولیدمثلی پیشنهاد میشود. علاوه بر آن، انجام مطالعات تکمیلی روی سایر نواحی ژن SIGLEC5 در ارتباط با صفات تولیدمثلی و تولیدی در گاو هلشتاین اکیداً توصیه میشود.
- چکیده انگلیسی: The aim of this study was the molecular and bioinformatics analysis of regulatory upstream region of leptin and SIGLEC5 genes in association with production and reproduction traits in Holstein cattle. For this purpose, 300 blood samples were collected randomly and DNA was extracted. Two fragments of 251 and 406 bp from regulatory upstream regions of leptin and SIGLEC5 genes were amplified by PCR and genotyping was done by SSCP method. One sample from each banding pattern was sequenced and bioinformatics analysis were done by BioEdit and DNASIS MAX softwares. The SIGLEC5 locus was monomorphic, whereas, four banding patterns of A, B, C and D with frequencies of 0.25, 0.36, 0.22 and 0.17 were observed in leptin locus, respectively. Statistical analysis showed that leptin gene polymorphism was significantly (p < /em><0.05) associated with milk lipid and status of parturition, so that cows with banding pattern A had the highest milk fat and cows with banding pattern D showed lowest milk fat. Also, cows with banding pattern D had the best status of parturition (easy birth) (p < /em><0.05). The bioinformatics analysis showed 14 and nine motifs in SIGLEC5 and leptin genes, respectively. Therefore, according to the results of this study, leptin gene can be suggested to improve production and reproduction traits. In addition, complementary studies on other regions of SIGLEC5 gene to find relations between production and reproduction traits in Holstein cattle are highly recommended.
- انتشار مقاله: 05-03-1397
- نویسندگان: مریم حسین پور کل محله,ایوب فرهادی,قدرت رحیمی میانجی,محسن قلی زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: SNP,گوسفند بلوچی,دوقلوزایی,GSEA-SNP,GWAS
- چکیده: گوسفند بلوچی یکی از نژادهای بومی ایران است که از شرق کشور منشا گرفته و با شرایط آب و هوایی آن منطقه سازگار شده است. بازده اقتصادی اصلاح نژاد گوسفند به طور واضحی با بازده تولیدمثل میشها مرتبط است. در این پژوهش، صفت دوقلوزایی به عنوان یک صفت تولیدمثلی مهم مورد بررسی قرار گرفت. جهت انجام این پژوهش از دادههای ژنوتیپی 91 راس میش بلوچی که با استفاده از ریزآرایه گوسفندی 50k شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شده بودند، جهت پویش ژنوم و شناسایی ژنهای مرتبط با دوقلوزایی استفاده شد. بدین منظور از مدل تکرارپذیری تعمیم یافته استفاده شد. در مرحله بعد، از تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی جهت شناسایی طبقات عملکردی مرتبط با دوقلوزایی استفاده شد. در این پژوهش تعداد شش نشانگر SNP واقع بر کروموزومهای 1، 3، 10، 15 و 25 شناسایی شدند که با ژنهای CTH، ANKRD13C، SRSF11، PTGER3، LDHB، LRRC40 و KCNMA1 مرتبط بودند. همچنین در تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 25 مسیر با صفت دوقلوزایی مرتبط بودند (p <0.01). از این میان، مسیر defense response نقش مهمی در فرآیند تخمکریزی دارد. عمده پروتئینهای این مسیر، اینترفرونها و اینترلوکینها هستند که با ایجاد فرآیندی مشابه التهاب سبب رهاسازی تخمک در اویداکت میشوند. مسیرهای مربوط به چسبندگی سلولی مانند cell adhesion و مسیرهای ارتباط سلولی مانند intercellular bridge و cell junction از دیگر مسیرهای معنیدار بودند. مسیر cell junction به واسطه پروتئین کانکسین CX43 سبب انتقال اثر GDF9 به سلولهای گرانولوزا میشود. نتیجه این پژوهش اولین گزارش از اثر غیر مستقیم GDF9 بر صفت دوقلوزایی در گوسفندان ایرانی است.
- چکیده انگلیسی: Baluchi sheep is one of
the indigenous sheep breeds originating from the eastern part of Iran and it is
adapted to the severe weather conditions. The economic efficiency of sheep < br />breeding is clearly related to the reproduction efficiency of the ewes. In this
study, twinning trait was studied as an important reproductive trait. To
identify the genes associated with twinning trait, genome-wide association was
done using 91 Baluchi ewes genotyped with 50k Illumina SNP chips. For this
purpose, the extended repeatability model was used. In the next step, a gene
set enrichment analysis was implemented to identify the biological pathways
associated with the twinning. Six SNP markers on chromosomes 1, 3, 10, 15 and
25 located in CTH, ANKRD13C, SRSF11, PTGER3, LDHB, LRRC40, and KCNMA1 genes
were identified. According to pathway analysis, 25 pathways were associated
with the twinning trait. Among those pathways, the defense response biological
pathway has an important role in the ovulation. Interferons and interleukins
are the main cytokine proteins in this pathway. These cytokines create a
process such as inflammation that causes oocytes releasefrom the follicle into the oviductfor transport and fertilization. Cell adhesion and
intercellular bridge pathways were other significant pathways. Cell junction pathway
via the CX43 protein can affect the transfer of GDF9 effects to
granulosa cells. To the best of our knowledge, this is the first study that
reports indirect effects of GDF9 on twinning trait in Iranian sheep.- انتشار مقاله: 11-10-1348
- نویسندگان: سید مهدی اسماعیلی فرد,سید حسن حافظیان,محسن قلی زاده,رستم عبدالهی آرپناهی
- مشاهده