در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: PCR-SSCP,چند شکلی,اسکراپی,گوسفندان نژاد بومی,ژن پروتئین پرایون
- چکیده: اسکراپی یا بیماری انسفالوپاتی های اسفنجی شکل قابل انتقال (TSE) یک بیماری عفونی کشنده گوسفند و بز است که روی سیستم عصبی مرکزی حیوان تاثیر می گذارد. در این پژوهش، از 300 راس گوسفند نژاد بومی قزل، ماکویی و هرکی نمونه های خون جمع آوری و با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی یک قطعه 173 جفت بازی از اگزون سه ژن پروتئین پرایون تکثیر شد. با استفاده از تکنیک PCR-SSCP الگوی باندی برای هر یک از نمونه ها در جمعیت مورد مطالعه شناسایی و بعد از توالی یابی چند شکلی های مشاهده شده در کدون های 136، 154 و 171 آنالیز و مقایسه آن بین نژادهای مختلف انجام گرفت. در این مطالعه دو هاپلوتایپ ARR و ARQ شناسایی شد که بیشترین فراوانی مربوط به هاپلوتایپ حساس به اسکراپی (ARQ) بود. بیش از 98 درصد نمونه ها با داشتن ژنوتیپ ARQ/ARQ در دسته گوسفندان با مقاومت پائین نسبت به این بیماری قرار گرفتند. سه چند شکلی جدید L178, E147و L173برای اولین بار در جهان در این مطالعه مشاهده شد. مقایسه فراوانی هاپلو ژنوتیپی بین نژاد های ماکویی- قزل و ماکویی- هرکی از نظر آماری معنی دار بود (05/0P<). اطلاعات بدست آمده در این پژوهش شاید بتواند برای برنامه های اصلاحی جهت کنترل این بیماری در جمعیت گوسفندان ایران موثر باشد.
- چکیده انگلیسی: Scrapie or transmissible spongiform encephalopathy (TSE), is an infectious fatal disease of sheep and goats which affects the central nervous system. In the present study, 300 blood samples were collected from three breeds of Iranian indigenous Ghezel, Harki and Makoei sheep breeds. A DNA fragment with the length of 173 bp from exon 3 of PrP gene was amplified with specific primer pairs. The banding pattern of each sample in the study population was identified by means of PCR-SSCP. Then, after sequencing, comparison and analysis of the observed polymorphism between different breeds were performed at codons: 136, 154 and 171. In the present study, tow haplotypes of ARR and ARQ were identified and the wild type scrapie-susceptible ARQ was the most frequent haplotype. In this study more than 98% of animals were with the genotype ARQ/ARQ which was classified as low resistance to this disease. Three novel alleles (L178, E147 and L173) were observed for the first time in this study. The comparison of genotype frequency between Makoei-Ghezel and Makoei-Harki sheep breeds were statistically significant (P<0.05).The data from the current study may help to establish a breeding program for controlling of scrapie in Iranian sheep population.
- انتشار مقاله: 11-05-1394
- نویسندگان: وحید دانش,سید حسن حافظیان,قدرت اله رحیمی میانجی,ایوب فرهادی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: PCR-RFLP,مرغ تخم گذار,مرغ گوشتی,چند شکلی,مرغ بومی,فسفوانول پیروات کربوکسی کیناز
- چکیده: فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز، اولین مرحله واکنش را در چرخه گلوکونئوژنز کاتالیز میکند. دو فرم ایزوزیمی از این آنزیم، شامل فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز سیتوپلاسمی و فسفو انول پیروات کربوکسی کیناز میتوکندریایی (PEPCK-M) وجود دارد که در سیتوپلاسم و میتوکندری حضور دارند. پژوهش حاضر برای مقایسه چند شکلیهای آللی در جایگاه ژنی PEPCK-M در سویههای مرغ تجاری گوشتی، تخمگذار و مرغهای مولد از ایستگاه اصلاح نژاد مرغ بومی مازندران انجام گرفته است. نمونههای خون به طور تصادفی از 150 قطعه مرغ از این سه جمعیت جمعآوری و استخراجDNA باروش نمکی بهینه یافته انجام شد. یک قطعهی 401 جفت بازی از اگزون 9 ژن PEPCK-Mتکثیر و سپس جهت تعیین ژنوتیپ، محصولات PCR با آنزیم برشی AccI مورد تیمار آنزیمی قرار گرفتند. فراوانی هر یک از آللهای AccI– وAccI+ بهترتیب در مرغ بومی مازندران برابر با 73/0 و 27/0، در مرغ گوشتی برابر با 6/0 و 4/0 و در مرغ تخمگذار برابر با 85/0 و 15/0 محاسبه شد. دو ژنوتیپ AccI-/- و AccI+/- با فراوانی هر یک به ترتیب 46/0 و 54/0 در جمعیت مرغ بومی مازندران، 2/0 و 8/0 در جمعیت مرغ گوشتی و 7/0 و 3/0 در جمعیت مرغ تخمگذار مشاهده شد. مقایسه فراوانی ژنی بین جمعیت مرغهای بومی مازندران با مرغهای گوشتی و تخم گذار اختلاف معنیداری نداشت، اما این اختلاف در بین جمعیت مرغهای گوشتی و تخم گذار از لحاظ آماری معنیدار بود (P<0.05). همچنین مقایسه فراوانی ژنوتیپی بین هر سه جمعیت از لحاظ آماری اختلاف معنیداری را نشان داد(P<0.05) . در نمونههاى مورد مطالعه ژنوتیپ AccI+/+ مشاهده نشد. اختلاف در توزیع ژنوتیپی ممکن است در نتیجه اختلاف در استراتژیهای انتخاب استفاده شده در این جوامع باشد. ﺑﺎ ﺗﻮﺟﻪ ﺑﻪ اینکه ژن PEPCK-M در جمعیتهای مورد بررسی دارای ﭼﻨﺪﺷﮑﻠﯽ ﻗﺎﺑﻞ ملاحظهای ﻣﯽﺑﺎﺷﺪ ﻣﯽﺗﻮان از آن در ﺑﺮﻧﺎﻣﻪﻫﺎی اﻧﺘﺨﺎب و اﺻﻼح ﻧﮋادی آﯾﻨﺪه اﺳﺘﻔﺎده ﻧﻤﻮد
- چکیده انگلیسی: Phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK) catalyzes the first step of the gluconeogenesis cycle. There are two isozymes forms of this enzyme, cytosolic phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK-C) and mitochondrial phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK-M) which present in mitochondria and cytoplasm Current research has been conducted to identify the allelic polymorphism in the PEPCK-M gene in breeder hens of native fowls and commercial broiler and layer chickens. Blood samples were collected randomly from 150 birds of three strains and DNA was extracted using modified salting out method. A fragment of 401 bp in length was amplified from exon 9 of PEPCK-M gene. For genotyping of each sample the PCR products were digested by AccI restriction enzyme. The frequency of AccI- and AccI+ allele was estimated at 0.73 and 0.27 in native fowls population, 0.6 and 0.4 in broiler and 0.85 and 0.15 in layer lines, respectively. Two genotypes of AccI -/- and AccI -/+ were observed with the frequency of 0.46 and 0.54 in native fowls, 0.20 and 0.80 in broiler line and 0.70 and 0.30 in commercial layer line, respectively. The comparison of allelic frequency showed no statistical differences between native fowls population with broiler and layer lines, but this results indicated significantly differences between broiler and layer lines (P<0.05).The comparison of genotypic frequency showed that there were significant differences between three populations (P<0.05). No any AccI +/+genotype was detected in the genotyped samples. The difference in genotypic distribution may be as a consequence of different selection strategies used in these populations.
- انتشار مقاله: 25-02-1392
- نویسندگان: زهره یوسفی,قدرت رحیمی میانجی,زربخت انصاری
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: SSCP,RFLP,GDF9,FSHR,نژاد زل
- چکیده: گیرنده های دو هورمون محرک فولیکولی (FSHR) و فاکتور مؤثر بر رشد و تمایز (GDF9) از پروتئین های کلیدی و مؤثر در کنترل فرآیند تولید مثلی در پستانداران محسوب می شوند. در این پژوهش چند شکلی در دو جایگاه ژنی مذکور و ارتباط آن ها با صفت چند قلو زایی در 150 راس از میش های نژاد زل بررسی شد. نمونه های خون به صورت تصادفی و از ورید وداج تهیه شد. در بررسی جایگاه ژنی FSHR به کمک تکنیک PCR-RFLP دو آلل A و B با فراوانی هر یک به ترتیب برابر با 33/93 و 67/6 درصد بود. در این جایگاه ژنی، دو ژنوتیپ AA و BB با فراوانی هر یک به ترتیب برابر با 33/93 و 67/6 درصد مشاهده اما ژنوتیپ هتروزایگوت AB در هیچ یک از نمونههای مورد بررسی مشاهده نشد. اثر ژنوتیپ های مختلف ژنFSHR بر صفت چند قلوزایی یا تعداد بره در هر زایش معنی داری نبود. جهت ردیابی چند شکلی در جایگاه ژنی GDF9 از دو تکنیک PCR-RFLP وPCR-SSCP استفاده شد. نتایج نشان داد که نمونههای مورد بررسی در جایگاه ژنی GDF9 یک شکل بوده و همه افراد ژنوتیپ هموزیگوت وحشی AA را نشان دادند. با توجه به نتایج این تحقیق و نتایج قبلی مرتبط به بررسی ژن های عمده دیگر در گوسفند زل به نظر میرسد که ژن های معمول و کاندید بزرگ اثر بره زایی در این نژاد مؤثر نبوده و لذا باید در جستجوی ژن و یا ژن های دیگری در گوسفندان این نژاد بود.
- چکیده انگلیسی: Follicle stimulating hormone receptor (FSHR) and growth differentiation factor 9 (GDF9) both are the most important proteins that affect reproduction process in mammalian. Polymorphism in these genes and their possible relationship with twining trait in Zel (n=150) sheep are investigated in the present study. Blood samples were collected randomly via vein puncture. PCR-RFLP technique for FSHR marker site showed two A and B alleles with the frequency of 93.33 and 6.67 and two genotypes of AA and BB with the frequency of 93.33 and 6.67, respectively. However, the heterozygote AB genotype was not observed in studied samples. There was no significant association between FSHR marker site and twining (lambing per parity). Detection of genetic variation of GDF9 was carried out by PCR-RFLP and PCR-SSCP technique, respectively. All studied samples had similar banding pattern in both genetic markers and showed wild type homozygote AA genotype. Our finding in Zel breed in the present study along with pervious investigations on other major genes, It can be concluded that the common and major gene affecting reproduction trait are not present in Zel sheep. Therefore, further study is necessary to find a functional gene(s) in this breed.
- انتشار مقاله: 21-06-1391
- نویسندگان: نورالدین مرادی,نرگس نظیفی,قدرت رحیمی میانجی,زربخت انصاری پیرسرانی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: Journal of Veterinary Research
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: PCR-RFLP,چندشکلی,سیستم ایمنی,مجتمع عمده پذیرش بافتی,مرغ تجاری
- چکیده: زمینۀ مطالعه: ناحیه مجتمع عمده پذیرش بافتی (MHC) مرغها در صفات تولیدی، پاسخهای ایمنی، مقاومت به بیماریهای عفونی و روابط فیلوژنتیکی، دارای اهمیت زیادی است.
هدف: این تحقیق به منظور بررسی چندشکلیهای تک نوکلئوتیدی ناحیه ژنی MHC مرتبط به سیستم ایمنی در مرغهای تجاری گوشتی و تخمگذار انجام گرفت.
روشکار: در این تحقیق یکصد نمونه خون از مرغهای تجاری گوشتی و تخمگذار اخذ و DNAی ژنومی به روش شستشوی نمکی استخراج شد. چندشکلیهای آللی در جایگاههای ژنی B-L، B-F و B-Gبا استفاده از تکنیک PCR-RFLP و آنزیم Msp I بررسی شد.
نتایج: برای دو جمعیت تجاری گوشتی و تخمگذار برای جایگاه تکثیری 374 جفت بازی B-L، تنها ژنوتیپ BB اما در جایگاه ژنی 1048 جفت بازی B-F، دو ژنوتیپ CG و GG فقط در مرغهای تجاری گوشتی شناسایی شد. در این جایگاه ژنی آلل C شامل باندهای 515، 410، 75 و 47 جفت بازی و آلل G دارای باندهای 410، 302، 213، 75 و 47 جفت بازی بودند. در جایگاه ژنی 401 جفت بازی B-G، سه ژنوتیپ MM، MN و NN و دو آلل M شامل یک باند 401 جفت بازی و آلل N دارای دو باند 350 و 51 جفت بازی مورد شناسایی قرار گرفت. در کل جمعیتها، شاخص اطلاعات شانون در دو جایگاه ژنی B-F و B-G به ترتیب 45/0 و 73/0 و شاخص تثبیت به ترتیب 20/0- و 34/0 محاسبه شد. بیشترین مقدار شاخص هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای جایگاههای ژنی B-F و B-G به ترتیب 34/0 و 23/0 برآورد شد.
نتیجهگیری نهایی:با توجه به تأیید وجود چندشکلی در دو جایگاه ژنی B-F(در جمعیت مرغ تجاری گوشتی) و B-G(در جمعیتهای مرغهای تجاری گوشتی و تخمگذار)، میتوان از این جایگاهها به عنوان نشانگر ژنتیکی در برنامههای اصلاح نژادی جهت افزایش مقاومت به بیماریها استفاده کرد.- چکیده انگلیسی: BACKGROUND: Chicken major histocompatibility complex region (MHC) is important in the productive traits, immune responses, resistance to infectious diseases and phylogenetic relationships.
OBJECTIVES: This study was investigated for single nucleotide polymorphisms of MHC region related to the immune system in commercial broiler and layer chickens.
METHODS: One hundred blood samples were taken from commercial broiler and layer chickens and genomic DNA was extracted by salting out method. The allelic polymorphisms were investigated in B-L, B-F and B-G loci using PCR-RFLP and MspI enzyme.
RESULTS: For two commercial broiler and laying populations, in the 374 bp locus of B-L, only BB genotype was detected but in the 1048 bp locus of B-F, two genotypes of CG and GG were identified in broiler chickens. The C allele contained four bands of 515, 410, 75 and 47 bp, and the G allele with five bands of 410, 302, 213, 75 and 47 bp. In B-G (401 bp) locus, three genotypes of MM, MN and NN and two alleles of M with one band (401 bp) and N with two bands (350 and 51 bp) were identified. In total populations, the Shannon information index was calculated to be 0.45 and 0.73 in markers loci of B-F and B-G, and the fixation index values were -0.20 and 0.34, respectively. The highest observed heterozygosity index for B-F and B-G loci was 0.34 and 0.23, respectively.
CONCLUSIONS: Considering the confirmation of the presence of polymorphism in two loci of the B-F (in commercial broiler population) and B-G (in commercial broiler and layer populations), these sites can be used as genetic marker in breeding programs to increase resistance to diseases.- انتشار مقاله: 15-05-1398
- نویسندگان: جعفر پیش جنگ آقاجری,قدرت رحیمی میانجی,سید حسن حافظیان,محسن قلی زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله دامپزشکی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: بیان ژن,آنفلوانزا,ژن RASGRP3,پاسخ التهابی,پی سی آر کمی
- چکیده: ژن RASGRP3 یکی از ژنهایی است که اثرگذاری آن بر پیامد آلودگی آنفلوانزا در میزبان بسیار محتمل است. این ژن پاسخ التهابی را کاهش داده و در واقع آستانهای برای ممانعت از پاسخ التهابی شدید که منجر به آسیب بافتهای میزبان میشود، تنظیم مینماید. به منظور بررسی دخالت این ژن در پاسخ میزبان به آنفلوانزا از آنالیز دادههای ترنسکریپتوم موجود در پایگاههای دادهای و سپس PCR کمی استفاده نمودیم. در این راستا از سه مطالعهی مرتبط با بیان ژنهای میزبان در پاسخ به آنفلوانزا استفاده شد تا تغییرات بیان ژن مورد نظر در حالت آلودگی نسبت به حالت سلامت، مورد بررسی قرار گیرد. سپس بر روی نمونههای آلوده شده با سویهی H5N1، PCR کمی انجام گردید. آنالیز دادههای ترنسکریپتوم در نرمافزار R و با استفاده از پکیج MetaDE و روش آماری Fisher، تفاوت بیان ژن RASGRP3 را با احتمال بسیار بالا تأیید نمود. نتایج Real-time PCR نشان داد که این ژن در پاسخ به سویهی H5N1 به طور معنیداری کاهش بیان یافت. این نتایج نشان میدهد ژن RASGRP3 از ژنهای کاندید قوی در مکانیزم تنظیمی پاسخ میزبان به آنفلوانزاست که میتواند با دخالت در مکانیزم دفاعی میزبان منجر به تنظیم شدت پاسخ به آلودگی شده و بر پیامد آلودگی و بقای پرنده پس از جدال با ویروس اثر بگذارد.
- چکیده انگلیسی: RasGRP3 is one of the genes which are probably effective in the outcome of influenza infection. This gene reduces the inflammatory response and sets a threshold to decrease intensive response which usually causes harm to host tissues. In order to evaluate the role of this gene in the host response to Influenza infection, we analyzed transcriptomic data available in data banks and then performed Real-time PCR. We used 3 transcriptomic experiments to study the gene expression changes through infection compared to control groups. Then, we performed Real-time PCR on H5N1 infected samples. Transcriptomic data analysis using R software and MetaDE package via Fisher statistical method confirmed the differential expression of RasGRP3 significantly. Real-time PCR results indicated that RasGRP3 was down regulated in response to H5N1, significantly. The results show that RasGRP3 is one of the strong candidate genes in host regulatory mechanisms against Influenza infection which can set the intensity of host response through regulating the defensive system and can also affect the outcome of infection and survival.
- انتشار مقاله: 23-07-1397
- نویسندگان: مونا صالحی نسب,قدرت الله رحیمی میانجی,اسماعیل ابراهیمی,سید علی غفوری
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: کشاورزی (منتشر نمی شود)
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: تابع هزینه,ارزش اقتصادی,تابع سود,مرغ بومی,ارزش ژنوتیپی کل
- چکیده: با استفاده از اطلاعات موجود در مرکز مطالعه و تکثیر مرغ بومی مازندران و مطالعه عوامل مؤثر بر هزینه ها و در آمدهای مربوط به پرورش مرغ بومی، یک مدل ریاضی طراحی گردید و پارامترها و ارزش اقتصادی صفات برآورد شد. آنگاه حساسیت مدل نسبت به تغییرات هر یک از پارامترهای مدل محاسبه شد. مدل مورد مطالعه در این تحقیق رامی توان با اندکی تغییر، در برنامه های اصلاح نژاد مرغ بومی درسایر نقاط کشور نیز استفاده نمود. حساسیت مدل طراحی شده را می توان با تغییر پارامترها در دامنه مورد قبول آزمایش کرد و با استفاده از پارامترهای برآورد شده در هر زمان، ارزشهای اقتصادی مناسب را برآورد کرد. با استفاده از مدل طراحی شده ضرایب 36/3، 72/91، 07/52 و 1/74- به ترتیب برای صفات وزن بدن در هشت هفتگی، تعداد تخم مرغ در سه ماه اول تولید، وزن تخم مرغ و سنّ بلوغ جنسی حاصل شد.
- چکیده انگلیسی: Using the available information from Mazandaran native fowl breeding center as well as studying costs and revenues of poultry, effective factors on profit and the parameters which required to design a model were studied. Sensitivity of the model to changes of each parameter in the model tested. The model of this study can be used in similar breeding plans in other provinces after minor changes in cost and income. Sensitivity of the model may be tested by varying the parameters in the accepted ranges. Using the estimated parameters, suitable economic values in different times can be estimated. The values of 3.36, 91.72, 52.07 and -74.1 were obtained respectively for 8 week-body weight, the number of eggs in first three months of production, egg weight and age at sexual maturity.
- انتشار مقاله: 11-10-1348
- نویسندگان: حسین رضا کیانی منش,اردشیر نجاتی جوارمی,قدرت اله رحیمی میانجی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ورم پستان,نشانههای انتخاب,آزمون تتا,گاو هلشتاین آلمانی
- چکیده: اهلیسازی و انتخاب بهشدت در ویژگیهای ظاهری و رفتاری حیوانهای اهلی امروزی تغییر ایجاد کرده است. در این مسیر انتخابهای انجامشده توسط انسان نشانههای قابل شناسایی را در ژنگان (ژنوم) گاوهای امروزی به جا گذاشته که آشکارسازی این نشانهها میتواند به اصلاح و بهبود ژنتیکی صفات مهم اقتصادی در این دامها کمک کند. امروزه بیماری ورم پستان یکی از مهمترین چالشهای اقتصادی در صنعت گاو شیری است که بهطور عمده به دلیل انتخاب گسترده در دهههای اخیر برای افزایش تولید شیر به وجود آمده است. در این تحقیق با هدف شناسایی مناطق ژنگانی مرتبط با ورم پستان، از اطلاعات طرح ملی گاو شیری هلشتاین آلمان استفاده شد. نمونهها با استفاده از آرایههای Illumina Bovine 50K SNP تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. 133 راًس دام بیمار و 133 راًس دام سالم بر پایۀ اطلاعات ثبتشده در رابطه با ابتلا به ورم پستان در نخستین دورۀ شیردهی برای جستجوی نشانههای انتخاب با استفاده از آمارۀ تمایز جمعیتی تتا انتخاب شدند. با در نظر گرفتن صدک 9/99 کل ارزشهای تتا، ده ناحیۀ ژنگانی روی کروموزومهای 1 (2 ناحیه)، 3، 5، 6، 14 (2 ناحیه)، 21 (2 ناحیه) و 28 شناسایی شد. بررسیهای بیشتر دادههای زیستی (بیوانفورماتیکی) نشان داد، ژنهای موجود در این مناطق با سامانۀ ایمنی و بیماریهای خود ایمنی، شبکۀ عصبی، انواع سرطان از جمله سرطان پستان و تولید شیر مرتبط هستند. در مجموع، نتایج این تحقیق میتواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی درزمینۀ شناسایی مناطق ژنگانی و درنتیجه ژنهای مرتبط با ورم پستان در گاو شیری فراهم آورد.
- چکیده انگلیسی: Domestication and selection has changed behavioral and phenotypic characteristics in modern domestic animals significantly. The selection of animals by humans left detectable signatures on the genome of modern cattle. The identification of these signals can help us to improve the genetic characteristics of economically important traits in cattle. Nowadays, mastitis is one of the main economically important diseases in dairy cattle that mostly caused by intense selection for milk production in recent decades. In this study the genomic regions associated with mastitis, the genomic data of national project in Germany Holstein dairy cattle was used to identify. The samples were genotyped using Illumina Bovine 50K SNP. 133 case and 133 control cows were chosen for investigating of selection signatures using Theta (θ) population differentiation statistics. With 99.90 percentile threshold of the obtained Theta (θ) values, 10 genomic regions on chromosomes 1 (2 regions), 3, 5, 6, 14 (2 regions), 21 (2 regions) and 28 were identified. Further investigation using bioinformatics tools showed these genomic regions overlapped with the genes associated with immune system, autoimmune diseases, different type of cancers expressly breast cancer and milk production. In conclusion, the results of this study may provide an important source to facilitate the identification of genomic regions and then, the genes affecting mastitis in dairy cows.
- انتشار مقاله: 29-06-1396
- نویسندگان: بیتا عباسی مشایی,قدرت رحیمی میانجی,اردشیر نجاتی جوارمی,محمد حسین مرادی,سون کونیگ
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ورم پستان,استافیلوکوکوس آرئوس,BoLA-DRB3,افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی
- چکیده: هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل)های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوسالۀ آمیختۀ هلشتاین-شاروله، 60 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات مادۀ هلشتاین، 46 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات مادۀ هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله و 86 گوسالۀ هلشتاین بودند. همۀ حیوانات در هنگام آزمایش همسن و همۀ تلیسهها غیر آبستن بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3 روش توالییابی مستقیم استفاده شد. با استفاده از رویۀ REML و مدلهای خطی مختلط همراهی همردیفهای ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی ارزیابی شد. افزون بر تأثیر ژن BoLA-DRB3، عاملهای ثابت گروه ژنتیکی و جنس و عامل تصادفی پدر نیز در مدل گنجانده شد. در این پژوهش، 27 همردیف برای ژن BoLA-DRB3 دیده شد. نتایج نشان داد همردیفهای DRB3*0101 و DRB3*0902 با شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس همراهی دارند (05/0P<). یافتههای این پژوهش میتواند برای شناخت سازوکار زیستشناختی (بیولوژیکی) پاسخ ایمنی میزبان علیه استافیلوکوکوس آرئوس سودمند باشد.
- چکیده انگلیسی: The aim of this study was to investigate the association of bovine leukocyte antigen-DRB3 alleles with peripheral blood mononuclear cell (PBMC) proliferation in response to Staphylococcus aureus. The animals included in this study (n=347) were approximately of same age and comprised of F2 Holstein-Friesian ´ Charolais (n = 155), Holstein-Friesian backcross (F0 Holstein-Friesian dams crossed with unrelated F1 sires, n = 60), Charolais backcross (F1 dams crossed with F0 Charolais sire, n=46) and pure Holstein-Friesian (n = 86). A sequence-based typing method was used in order to determine the genotype of the animals at BoLA-DRB3 locus and a linear mixed model was used to evaluate the association of bovine leukocyte antigen-DRB3 alleles with peripheral blood mononuclear cell (PBMC) proliferation. Beside the BoLA-DRB3 alleles, fixed effects of genetic group and gender and random effect of sires were included into the statistical model. In this research, 27 alleles were found for BoLA-DRB3 gene. The results showed that alleles BoLA-DRB3*0101 and BoLA-DRB3*0902 significantly affected on the stimulation index of S. aureus–induced peripheral blood mononuclear cell proliferation (P<0.05). The results may be useful for investigating the biological mechanism of immune response against S. aureus.
- انتشار مقاله: 30-01-1395
- نویسندگان: هادی آتشی,محمد مرادی شهربابک,حسن مهربانی یگانه,سید رضا میرایی آشتیانی,قدرت الله رحیمی میانجی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ورم پستان,استافیلوکوکوس آرئوس,ازدیاد سلول های تک هسته ای خون محیطی
- چکیده: در این تحقیق، رابطه¬یبین اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول¬های تک¬هسته¬ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس و فایتوهماگلوتنین بررسی شد. واحدهای آزمایشی شامل 86 گوساله¬ی هلشتاین، 155 گوساله¬ی دورگ (F2) هلشتاین و شاروله، 60 گوساله¬ی (R1)حاصل از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات ماده هلشتاین و 46 گوساله¬ی (R1) حاصل از آمیزش حیوانات ماده هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله بودند. حیوانات در هنگام آزمایش هم¬سن و غیر آبستن (تلیسه¬ها) بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3، روش توالی¬یابی مستقیم استفاده شد، و برای تعیین توالی اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR از اطلاعات توالی اسیدهای آمینه¬ی ملکول¬BoLA-DR، ارایه شده در آخرین کارگاه آموزشی BoLA استفاده شد. از یک مدل خطی مختلط برای ارزیابی اثر اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR بر صفات مورد مطالعه، استفاده شد. نتایج نشان داد اسیدهای آمینه موجود در جایگاه 28ام ملکولBoLA-DR بر شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس تاثیر دارد(P < 0.05).
- چکیده انگلیسی: Potential relationships between amino acid motifs in the antigen binding groove of various alleles of the bovine major histocompatibility complex DR (BoLA-DR) molecule and Peripheral Blood Mononuclear Cell (PBMC) proliferation, in response to S. aureus and phytohemaglutinin, were investigated. The animals included in the study were approximately of the same age and comprised of pure Holstein-Friesian (n = 86), F2 Holstein-Friesian Charolais (n = 155), Holstein-Friesian backcross (F0 Holstein-Friesian dams crossed with unrelated F1 sires, n = 60), Charolais backcross (F1 dams crossed with F0Charolais sire, n = 46). To determine BoLA-DRB3 alleles of the animals, a sequence-based typing method was employed. The amino acid sequence data encode various BoLA-DRB3 alleles, presented at the latest BoLA workshop, were utilized to determine the residues involved in the formation of the pockets in the antigen binding groove of various alleles of the BoLA-DR molecules. A linear mixed model was utilized to evaluate the potential relationships between amino acid motifs in the antigen-binding groove of various alleles of BoLA-DR molecule and PBMC proliferation.
- انتشار مقاله: 12-09-1391
- نویسندگان: هادی آتشی,محمد مرادی شهربابک,حسن مهربانی یگانه,سید رضا میرایی آشتیانی,قدرت اله رحیمی میانجی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: PCR-RFLP,بیماری,جهش,نشانگر مولکولی,اصلاح نژاد
- چکیده: در تحقیق حاضر، چندشکلی چهار جایگاه ژنی شامل TLR4، IgL، IL2 و IFNɣ، در 100 قطعه مرغ تجاری گوشتی و تخمگذار با استفاده از تکنیک PCR-RFLP و آنزیمهای برشی HphI، Sau96I و Tsp509I بررسی شدند. در جایگاه نشانگری TLR4، دو آلل C (دو باند 138 و 119 جفت بازی و G (سه باند 119، 99 و 39 جفت بازی)، در جایگاه ژنی IL2، دو آلل A (چهار باند 465، 64، 40 و 31 جفت بازی) و B (پنج باند 454، 64، 40، 31 و 11 جفت بازی)، در جایگاه ژنی IgL، دو آلل M (دو باند 173 و 161 جفت بازی و دو باند 10 جفت بازی) و N (سه باند 161، 103، 70 و دو باند 10 جفت بازی) و در جایگاه ژنی IFNγ، دو آلل E (یک باند 129 جفت بازی) و F (دو باند 90 و 39 جفت بازی) شناسایی شدند. در جایگاههای نشانگری TLR4، IL2، IgL و IFNɣ، ساختارهای جمعیتی در کل جمعیتها شامل شاخص اطلاعات شانون به ترتیب 43/0، 62/0، 68/0 و 69/0، شاخص تثبیت به ترتیب 19/0-، 37/0، 18/0- و 17/0 و شاخص هتروزیگوسیتی مشاهده شده به ترتیب 32/0، 27/0، 58/0 و 41/0 برآورد شدند. با توجه به وجود چندشکلی در این جایگاهها و در صورت مطالعهی پاسخهای ایمنی ژنوتیپهای مشاهده شده برای جایگاههای ژنی مورد مطالعه میتوان از آنها به عنوان نشانگر در برنامههای اصلاح نژاد ژنتیکی مرغها برای افزایش مقاومت به بیماریها بهره برد.
- چکیده انگلیسی: In the present study, the polymorphism of four loci including of TLR4, IL2, IgL and IFNγ, in 100 commercial broiler and layer chickens using PCR-RFLP technique and enzymes of Tsp509I, Sau96I and HphI were investigated. In TLR4 marker site, two alleles of C (two bands of 138 and 119 bp) and G (three bands of 119, 99 and 39 bp), In IL2 locus, two alleles of A (four bands of 465, 64, 40 and 31bp) and B (five bands of 454, 64, 40, 31 and 11 bp), in IgL locus, two alleles M (two bands of 173, 161 and two bands of 10 bp) and N (three bands of 161, 103,70 and two bands of 10 bp) and in IFNγ locus, two alleles E (one band of 129 bp) and F (two bands of 90 and 39 bp) were identified. In TLR4, IL2, IgL and IFNγ markers sites, the population structure of the total population including the Shannon information index 0.43, 0.62, 0.68 and 0.69, the Fixation index -0.19, 0.37, -0.18 and 0.17 and the observed heterozygosity index 0.32, 0.27, 0.58 and 0.41 were estimated, respectively. Regarding the presence of polymorphism at these sites and in the case of studying the immune responses of the observed genotypes for these sites, can be used as marker for genetic breeding programs of chickens for increase of resistance to disease.
- انتشار مقاله: 08-04-1397
- نویسندگان: جعفر پیش جنگ آقاجری,قدرت رحیمی میانجی,سید حسن حافظیان,محسن قلی زاده
- مشاهده