در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: ماشین بینایی و پردازش تصویر
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نهاننگاری,نگاشت آشوبناک,کانتورلت,مقادیر تکین
- چکیده: هدف اصلی این مقاله ارائهی یک الگوریتم نهان نگاری در حوزه کانتورلت است که در آن نهان نگاره از طریق الگوریتم آشوبناک در ضرایب کانتورلت انتخابی درج میشود. ایدهی اصلی این روش درج داده در زیر باندهایی است که مقاومت بالا به همراه گسترش طیفی بهتر نسبت به سایر زیر باندها داشته باشد. روش پیشنهادی در این مقاله که مبتنی بر تبدیل کانتورلت است، روشی سریع و مقاوم در برابر انواع حملات متداول نهان نگاری از قبیل فشرده سازی، افزودن نویز، عبور از فیلتر و تغییر اندازه تصویر ارائه میدهد. نتایج تجربی، برتری عملکرد آن نسبت به روش مشابه در حوزهی موجک و برخی نتایج حاصله از کارهای انجام شده در حوزه کانتورلت را نشان میدهد
- چکیده انگلیسی: This paper presents a new image watermarking method in Contourlet domain, where watermark is embedded through quantum chaotic map in the selected Contourlet coefficients of the cover image. The main idea of this method is data embedding in selected sub bands, providing higher resiliency through better spectrum spreading compared to other sub bands. The proposed method leads to higher imperceptibility and robustness against several common watermarking attacks such as compression, adding noise, filtering and scaling. It has been observed that, in comparison with other Contourlet based and wavelet based methods, the proposed method is thanks to its capability in directional selectivity.
- انتشار مقاله: 17-11-1396
- نویسندگان: لیلا الله یاری,سعید سهرابی,اسماعیل نجفی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: توالییابی ژنوم,چندریختیهای تک نوکلئوتیدی,حذف و اضافه کوچک,تنوع جمعیت
- چکیده: شناسایی تنوعات ساختاری مسئول تفاوتهای فنوتیپی در حیوانات اهلی از نظر اقتصادی اهمیت ویژه ای دارد. یکی از دقیق ترین و جدیدترین رویکردهای مورد استفاده در شناسایی این تنوعات، استفاده از تکنیک های توالی یابی نسل جدید است. در پژوهش حاضر، ژنوم مرغ بومی فارس به منظور شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوتاه، با استفاده از داده های توالییابی کل ژنوم مورد بررسی قرار گرفت. نمونه های مورد بررسی توسط سیستم توالی یابی شرکت ایلومینا (Hiseq 2000) مورد تعیین توالی قرار گرفت. پس از بررسی کیفیت داده ها توسط نرم افزار FastQC، همردیفی توالی های کوتاه با ژنوم مرجع با برنامه BWA انجام و سپس چند ریختیهای تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک به کمک برنامه GATK مشخص شدند. درصد همردیفی توالیهای کوتاه با ژنوم مرجع بالای 99 درصد بود. در این مطالعه 8858153 چند ریختی تک نوکلئوتیدی و 895378 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که کمترین مقدار آن در ناحیه اگزونی مشاهده شد. نتایج نشان داد چندریختیهای تکنوکلئوتیدی هتروزیگوس فراوانی بیشتری نسبت به چند ریختی های هموزیگوس دارند که این نشاندهنده تنوع زیاد جمعیت مورد بررسی است. همچنین باتوجه به پیشینه چند هزارساله اهلی شدن مرغ در ایران، میتوان انتظار داشت که تطابق پذیری با محیط در جمعیت مورد مطالعه اتفاق افتاده باشد و در نتیجه، تغییرات ژنومی در جهت سازگاری با محیط باعث ایجاد تنوع در جمعیت شده است.
- چکیده انگلیسی: One of the most important approaches in animal breeding is identification of structural variations responsible for economical important traits. Next generation sequencing technologies are provided accurate tools for this purpose. In the present study, Fars province native poultry genome was analyzed using genome sequencing approach. Paired-end sequencing of the whole genome was conducted by Illumina Company in China. Data quality was determined by FastQC software. Short reads of sequences were mapped with the reference genome with the BWA program. Single nucleotide polymorphisms and small deletions and insertions were identified with the GATK program. The short sequences were compared with the reference genome of over 99% and with the mean depth of the X8 coverage. In this study, 8858153 single nucleotide polymorphisms and 895378 small deletions and insertions were identified with the lowest counts in the exon region. Since the results of identifying the variants showed that the most frequent variant is related to single nucleotide polynomials، in this study, heterozygous loci were higher than homozygous loci indicating the high diversity of the population under study. Given the history of several thousand years of chicken domestication in Iran, one can expect that adaptation to the environment has occurred in the population studied. As a result of genomic changes in order to adapt to the environment, it has created a diversity in the population.
- انتشار مقاله: 26-01-1397
- نویسندگان: طاهره اسکندری,علی اسماعیلی زاده کشکوئیه,محمدرضا محمدآبادی,سعید سهرابی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: عدم تقارن,بلدرچین ژاپنی,جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات کمی
- چکیده: عدم تقارن که نشاندهنده استرس ژنتیکی یا محیطی در موجودات است، میتواند در ناپایداری تکاملی حیوانات نقش داشته باشد. ثابت شده است که این عدم تقارن میتواند عامل رشد کندتر، باروری کمتر و بقای محدودتر موجودات باشد. مطالعه حاضر بهمنظور شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر این عدم تقارن در استخوان متاتارسوس بلدرچین ژاپنی صورت گرفت. بدین منظور از یک طرح سه نسلی F2 حاصل از تلاقی متقابل دوسویه متفاوت بلدرچین ژاپنی (تخمگذار یا سفید و گوشتی یا وحشی) و تشکیل نسل دوم استفاده گردید. با تلاقی 34 پرنده از نسل دوم با یکدیگر، 422 پرنده نسل سوم ایجاد شد. رکوردهای فنوتیپی مربوط به وزن و طول استخوانهای مربوط به 403 پرنده ثبت شدند. 414 قطعه از پرندگان هر سه نسل (383 قطعه از نسل سوم) برای هشت نشانگر ریزماهواره تعیین ژنوتیپ شدند. دادههای حاصل با استفاده از روش نقشه یابی درون فاصلهای آنالیز شده و QTL مربوط به 12 صفت شناسایی شد. در این تحقیق، شش جایگاه ژنی در فواصل 59، 70، 134، 156، 164 و 184 سانتی مورگان روی کروموزوم شماره یک شناسایی شد. واریانس ناشی از جایگاههای شناسایی شده، 37/0 تا 29/5 درصد از واریانس فنوتیپی صفات موردنظر را شامل میشد.
- چکیده انگلیسی: Asymmetry is an indicator of genetic and environmental stressors in organisms and plays an important role in developmental instability. It is suggested that symmetrical individuals do generally have faster growth, higher fecundity, and better survival. To identify Quantitative trait loci affecting some asymmetric traits in Japanese quail, a three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild and white. Eight pairs of white (S) and wild (W) birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. All of the animals from three generations (453 birds) were genotyped for eight microsatellite markers on chromosome 1. Bone length measured by a digital caliper and bone weighed with an accuracy of 0.1 g. QTL analysis was conducted applying the line-cross model and the least-squares interval mapping approach. Among 12 examined traits, 6 QTL were identified in 59, 70, 134, 156, 164, and 184 cM on chromosome 1. Variance of detected QTL was ranged from 0.37 to 5.29%.
- انتشار مقاله: 14-11-1395
- نویسندگان: سعید سهرابی,علی اسماعیلی زاده,محمدرضا محمد آبادی,حسن مرادیان,احسان نصیری فر,رسول خدابخشزاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانگرهای ریزماهواره,بلدرچین ژاپنی,طرح F2,جایگاه صفات کمی
- چکیده: هدف از انجام این پژوهش شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با وزن و نسبت اندام های داخلی بدن روی کروموزوم شماره 1 در یک جمعیت F2 بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور یک جمعیت سه نسلی از تلاقی دوجانبه دو سویه سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی) بلدرچین ژاپنی ایجاد شد. 8 جفت بلدرچین سفید و وحشی تلاقی داده شد و تعداد 34 پرنده F1 تولید شد. از تلاقی پرندگان F1 تعداد 422 پرنده F2 تولید شد. رکوردهای فنوتیپی مربوط به وزن ارگانهای مختلف پرندگان نسل F2 ثبت شدند. تمامی پرندگان مربوط به هر سه نسل (472) برای 8 نشانگر ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم 1 تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز QTL به روش مکانیابی درون فاصلهای مبتنی بر رگرسیون انجام گردید. پس از آنالیز، QTL های معنیداری برای وزن پیش معده، وزن غده یوروپیجیال، وزن بورسفابریسیوس، وزن سنگدان، درصد پیشمعده نسبت به وزن لاشه، درصد روده، درصد غده یوروپیجیال و درصد بورسفابریسیوس شناسایی گردید. واریانس QTL برآورد شده در پژوهش حاضر برای QTL های با اثر افزایشی در محدوده 29/7 – 06/4 درصد، برای QTL های با اثر غلبه در محدوده 65/4 – 96/1 درصد و برای QTL های با اثر ایمپرینتینگ در محدوده 25/6 – 7/2 درصد بود. نتایج حاصل از این پژوهش نشان می دهد که جایگاههای ژنی مؤثری بر وزن و درصد ارگانهای داخلی بدن روی کروموزوم 1 بلدرچین وجود دارد ولی برای درک بهتر ساختار ژنتیکی این صفات به مطالعات بیشتری نیاز است
- چکیده انگلیسی: The purpose of this study was to identify genomic regions affecting weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in an F2 population of Japanese quail. A three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild (meat type) and white (layer type). Eight pairs of white and wild birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. Phenotypic data including weight of organs were collected on F2 birds. All of the animals from three generations (472 birds) were genotyped for eight microsatellite markers on chromosome 1. QTL analysis was performed with least square regression interval mapping method fitting three various statistical models. Significant QTL were identified for pre-stomach weight, uropygial gland weight, bursa of fabricius weight, gizzard weight, percentage of pre-stomach, percentage of intestine, percentage of uropygial gland and percentage of bursa of fabricius. The proportion of the F2 phenotypic variation explained by the significant additive, dominance and imprinted QTL effects ranged from 4.06 to 7.29%, 1.96 to 4.65% and 2.7 to 6.25%, respectively. The results of this study show that there are quantitative trait loci associated with weight and percentage of internal organs on chromosome 1 in Japanese quail, but more studies are needed to better understand genetic structure of these traits.
- انتشار مقاله: 07-02-1392
- نویسندگان: حسن مرادیان,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,محمد رضا محمد آبادی,سعید سهرابی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانگر ریزماهواره,بلدرچین ژاپنی,نقشهیابی QTL,ایمپرینتینگ
- چکیده: برای مکانیابی جایگاههای صفات کمّی (QTL) مؤثر بر صفات لاشه و اندامهای داخلی کروموزوم شمارۀ دو بلدرچین ژاپنی، با استفاده از تلاقی متقابل دو سویۀ پرندۀ سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی)، پرندگان نسل F1 ایجاد شدند. 422 پرندۀ نسل F2 حاصل از تلاقی تصادفی پرندگان نسل F1 در پایان دورۀ 35 روزۀ پرورش کشتار شدند و رکوردبرداری فنوتیپی صفات مربوط به لاشه انجام گرفت و نمونههای خون آنها برای تعیین ژنوتیپ چهار نشانگر ریزماهواره واقع روی کروموزوم دو جمعآوری شد. دادههای مربوط به تعیین ژنوتیپ و رکوردبرداری فنوتیپی با روش نقشهیابی درون فاصلهای مبتنی بر تابعیت و با استفاده از 3 مدل آماری متفاوت مورد تجزیه و تحلیل QTL قرار گرفتند و در مجموع 15 جایگاه معنادار مربوط به این صفات شناسایی شدند. در مدل اول تمامی صفات با اثر غلبه معنادار شدند. در مدل دوم تمامی صفات نزدیک نشانگر GUJ0084 قرار داشتند و اغلب صفات QTLهای معناداری با اثرات غلبه و ایمپرینتینگ داشتند. در مدل سوم نیز بیشتر صفات در جنس ماده و با اثر غلبه معنادار شدند. نتایج این پژوهش نقش توارث غیر مندلی (ایمپرینتینگ ژنومی) و اثرات پلیوتروپی و تکژنی را روی بعضی صفات نشان میدهد.
- چکیده انگلیسی: The aim of present research was to locate genomic loci (QTL) on chromosome 2. Itis associated with the carcass traits in Japanese quail. The F1 population was created by using reciprocal crosses between two strains of white birds (layer) and wild (broiler) birds. The F2 birds (422 birds) were derived by random mating of the F1 birds. All of the F2 birds were slaughtered at 35 days of age and recorded for carcass traits. Blood samples were collected at slaughtering time to genotype for four microsatellite markers on chromosome 2. Genotypic and phenotypic data were analyzed for QTL mapping with interval mapping method based on regression applying three different genetic models. A total number of 15 loci was found to be significantly associated with carcass traits. In the first model all traits with dominance effect were significant. The second model often had significant QTL with dominance and imprinting effects and all the traits were closest to the GUJ0084 marker. When it comes to the third model, most of the traits were significant in the female with dominance effect. Results of this study showed the role of Non-Mendelian inheritance (genomic imprinting) and pleiotropy as well as single gene effects in some traits.
- انتشار مقاله: 02-06-1393
- نویسندگان: احسان نصیری فر,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,حسن مرادیان,سعید سهرابی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانگر ریزماهواره,بلدرچین ژاپنی,سرعت رشد نسبت کلیبر,جایگاه صفات کمی (QTL)
- چکیده: این تحقیق با هدف شناسایی جایگاههای صفات کمی (QTL) موثر بر سرعت رشد و نسبت کلیبر روی کروموزوم شماره 5 بلدرچین ژاپنی با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره انجام شد. آزمایش در قالب یک طرح سه نسلی با استفاده از تلاقی دو جانبه دو سویه سفید و وحشی اجرا شد. از میان پرندگان نسل دوم 34 پرنده بطور تصادفی انتخاب و با تلاقی بین آنها 422 پرنده نسل سوم ایجاد شدند. رکوردهای فنوتیپی مربوط به میانگین افزایش وزن روزانه و نسبت کلیبر روی پرندگان نسل F2 ثبت شدند. تمامی 472 پرنده مربوط به هر سه نسل برای نشانگرهای ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم شماره 5 تعیین ژنوتیپ شدند. برای آنالیز جایگاه صفات کمی، روش مکانیابی درون فاصلهای مبتنی بر رگرسیون در 5 مدل مختلف آماری مورد استفاده قرار گرفت. نتایج بیانگر وجود جایگاههای صفات کمی معنیداری با اثر افزایشی برای صفات میانگین افزایش وزن روزانه از یک روزگی تا یک هفتگی در موقعیت 21 سانتی مورگانی و نسبت کلیبر سه تا چهار هفتگی در موقعیت 18 سانتیمورگانی بود. اثرات غلبه و ایمپرینتینگ جایگاه صفات کمی بر هیچکدام از صفات مورد مطالعه معنیدار نبود. واریانس افزایشی جایگاههای صفات کمی شناسایی شده برای صفات مختلف در محدوده 1/1 تا 6/3 بود. با برازش مدلهای آماری مختلف، برای صفات میانگین افزایش وزن روزانه و نسبت کلیبر جایگاههای صفات کمی معنیدار با اثرات مختلف شناسایی شد.
- چکیده انگلیسی: This research carried out to identify effective quantitative trait loci in growth rate and Keliber ratio on chromosome 5 of Japanese quail by microsatellite markers. A three-generation resource population was developed by using two distinct Japanese quail strains, wild and white, to map quantitative trait loci underlying growth rate and Kleiber ratio. Eight pairs of white (S) and wild (W) birds were crossed reciprocally and 34 F1 birds were produced. The F1 birds were intercrossed to generate 422 F2 offspring. All of the animals from three generations (472 birds) were genotyped for three microsatellite markers on chromosome 5. Phenotypic data including average daily again and Kleiber ratio were collected on F2 birds. QTL analysis was performed using least squares regression interval mapping method fitting five various statistical models. Significant additive QTL were identified for average daily gain from hatch to one week of age and Kleiber ratio between 3 to 4 weeks of age. Dominance and imprinting QTL effects were not significant. The F2 phenotypic variance explained by the detected additive QTL effects ranged from 1.1 to 3.6 for different traits Significant QTLs identified by doing various statically types for average daily gain and keliber ratio with various effect.
- انتشار مقاله: 02-06-1394
- نویسندگان: محبوبه ایرانمنش,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,محمدرضا محمدآبادی,سعید سهرابی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تحقیقات تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: اثرات مادری,خصوصیات لاشه,بلدرچین ژاپنی,صفات رشد,تلاقی دو جانبه
- چکیده: هدف از انجام این تحقیق بررسی میزان اثرات دو جانبه در نسل دوم حاصل از تلاقی دو سویه بلدرچین ژاپنی بود. از تلاقی دو طرفه دو سویه سفید (S) و وحشی (W) تعداد 31 پرنده نسل اول (F1) شامل 17 نتاج (SW) حاصل از تلاقی نر سفید × ماده وحشی و 14 نتاج (WS) حاصل از تلاقی نر وحشی × ماده سفید تولید شدند. از تلاقی نرهای SW با مادههای WS تعداد 157 پرندهF2 (SWWS) و از تلاقی نرهای WS با مادههای SW تعداد 238 پرندهF2 (WSSW) تولید شدند. پرندگان SWWS و WSSW در هنگام هچ (W0) و به طور هفتگی تا سن 5 هفتگی (W5) توزین شدند و در این سن پس از کشتار صفات مرتبط با لاشه آنها ثبت شد. مدل آماری مورد استفاده برای تجزیه و تحلیل دادهها شامل اثرات ثابت جنس، نوبت هچ، تلاقی دو جانبه و اثرات تصادفی پدر، مادر داخل پدر و اثرات باقیمانده بود. پرندگان SWWS در مقایسه با پرندگان WSSW دارای وزن زنده (2/14 گرم در سن پنج هفتگی) و وزن لاشه (4/10 گرم) بیشتری بودند (01/0P<). واریانس ناشی از اثر تلاقی دو جانبه بین 3 تا 19 درصد به ترتیب برای وزن یک هفتگی و وزن در هنگام هچ و 9/0 تا 1/16 درصد به ترتیب برای وزن کل چربی قابل جداکردن لاشه و وزن لاشه سرد بود. میزان اثرات دو جانبه برای صفات مورد مطالعه در دو جنس نر و ماده تفاوت معنیداری نداشت (05/0<P). بر اساس نتایج این تحقیق، اثرات تلاقی دو جانبه مشاهده شده در نسل دوم حاصل از تلاقی دو سویه بلدرچین ژاپنی احتمالاً ناشی از اثر مادری یا اختلافات DNA میتوکندریایی است.
- چکیده انگلیسی: The objective of this study was to evaluate the effects of reciprocal crosses in the F2 generation of an intercross between two strains of Japanese quails. White (S) and wild (W) Japanese quail strains were crossed reciprocally and 31 F1 birds were generated. The white male × wild female and wild male × white female reciprocal crosses produced 17 SW and 14 WS progenies in F1 generation, respectively. The SW males were intercrossed to WS females, and WS males were intercrossed to SW females producing 157 SWWS and WSSW F2 offspring, respectively, in five consecutive hatches. Body weights of the SWWS and WSSW F2 birds at hatch and weekly weights until five weeks of age and carcass traits were recorded. The statistical model included the fixed effects of sex, hatch, reciprocal cross and random effects of sire, dam within sire and the residuals. The SWWS F2 progeny were heavier at 35 days of age (14.2 g) and produced heavier carcass (10.4 g) than the WSSW birds (P<0.01). The proportion of the F2 phenotypic variance explained by the reciprocal cross for live weights ranged between 3.0 to 19.0% (for W1 and W0, respectively) while the proportion of the variance due to the effect of reciprocal cross for carcass traits ranged from 0.9 to 16.1% for carcass fatness and cold carcass weight, respectively. The magnitude of the reciprocal cross substitution effects was similar in both males and females (P>0.05). The results suggested that the reciprocal cross effects observed in the F2 population derived from crossing of the two Japanese quail strains is likely due to the maternal effects or differences in the mitochondrial DNA.
- انتشار مقاله: 28-03-1394
- نویسندگان: حسن مرادیان,علی اسمعیلی زاده کشکوئیه,سعید سهرابی شعبجره,احسان نصیری فر
- مشاهده