در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: نشانههای انتخاب,نژاد اسب کرد,اسب عرب ایرانی,XP-EHH
- چکیده: اسبهای عرب به داشتن عملکرد خوب در مسابقههای استقامتی، پرش و زیبایی شهرت دارند. اسبهای کرد بومی منطقههای کوهستانی غرب ایران، مناسب مسابقههای چوگان هستند. اسبهای کرد، قد کوتاهتر و وزن سنگینتری نسبت به اسبهای عرب دارند. در این بررسی آمارۀ XP-EHH که مبتنی بر نامتعادلی پیوستگی ژنی (لینکاژی) است برای شناسایی قطعههای کروموزومی تحت انتخاب در ژنگان (ژنوم) اسبهای کرد و عرب ایرانی استفاده شد. برای این منظور، از نمونۀ خون و مو 38 اسب عرب و 58 اسب کرد DNA ژنگانی استخراج شد. همۀ نمونهها DNA توسط آرایۀ Axiom MNEC670 تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. پس از پالایش دادهها آمارۀ XP-EHH محاسبه شد. در اسبهای عرب 51 جایگاه (85 ژن) و در اسبهای کرد 7 جایگاه (13 ژن) تحت انتخاب شناسایی شد. نواحی تحت انتخاب در اسبهای عرب با مسیرهای درگیر در سامانۀ ایمنی، تشکیل پروتئین شیر، رشد و نمو و سوختوساز (متابولیسم) ماهیچه، بینایی، شبکۀ عصبی و اندازۀ بدن مرتبط بودند درحالیکه در اسبهای کرد با مسیر گیرندۀ جفتشونده با پروتئین G، رشد و بلوغ فیبرهای ماهیچه، تنظیم خون بندآوری (هموستازی) اکسیژن یاختهای، رنگدانهسازی در پوست و مو ارتباط داشتند.
- چکیده انگلیسی: The Arab horses are famous for endurance riding, jumping and beauty. Kurdish horses are native to hilly regions of west of Iran and they are suitable for Polo tournament. Kurdish horses are shorter and heavier than Arabian horses. In this study, we use the linkage disequilibrium-based method, XP-EHH statistic, for Identification of regions that have undergone selection in the genome of Arabian and Kurdish horses. For this purpose, genomic DNA from blood and hair samples from 38 Arabian and 58 Kurdish horses were extracted. All DNA samples genotyped by the Axiom MNEC670 array. After data pruning, XP-EHH statistic was calculated. We identified 51 genomic regions (85 genes) in Iranian Arab horses and 7 genomic regions (13 genes) in Kurdish horses showing signatures of selection. We found positively selected genomic regions in the Iranian Arab horses associated with immune system related pathways, milk protein formation, muscle growth and development, vision, nervous system and body size whereas in the Kurdish horses associated with G protein–coupled receptors, growth and maturation of muscle fibers, cellular oxygen homeostasis and skin and hair pigmentation.
- انتشار مقاله: 09-03-1397
- نویسندگان: صابر محمد مقصودی,حسن مهربانی یگانه,اردشیر نجاتی جوارمی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: PCR,تعیین جنسیت,روش مولکولی,ژنCHD,قناری
- چکیده: هدف از این تحقیق استفاده از پر بهعنوان روشی ساده، سریع، کمهزینه، بدون خطر و ایمن و مطمئن برای تعیین جنسیت قناری در اوایل تولد، برای کمک به برنامههای اصلاح نژادی و پرورش این پرنده است. شکل ظاهری جنس نر و مادۀ بسیاری از پرندگان از جمله قناری تا حدودی همانند هم بوده و تشخیص جنسیت آنها بسیار دشوار است. با استفاده از این روش مولکولی بر پایۀ اختلاف طول ژن Chromo-helicase-DNA(CHD) در کروموزومهای جنسی Z و W و با بهکارگیری روش PCR میتوان در بدو تولد جنسیت پرنده را تشخیص داد. در این بررسی از خون و پر140 قطعه قناری از ده نژاد مختلف نمونهگیری و استخراج DNA انجام شد. لازم به یادآوری است در آغاز پنج جفت آغازگر برای انجام PCR طراحی و درنهایت یک جفت آغازگر اختصاصی بر پایۀ دقت تشخیص جنسیت تأیید و استفاده شد. نتایج نشاندهندۀ افزونش قطعۀ DNAبه طول 252 جفت باز در جنس نر (ZZ) و دو قطعه به طولهای 252 و 309 جفت باز (تفاوت 57 جفت بازی) در جنس ماده (ZW) بود. توالییابی DNA این دو قطعه انجام شد و برای نخستین بار توالی این دو قطعه از ژن CHD در گونۀ قناری به نامهای CHDZ-1 و CHDW-1 با شمارههای شناسایی MG679825.1 و MG679826.1 در سایت NCBI ثبت شد. با توجه به نتایج، میتوان از این روش، که برای نخستین بار با استفاده از توالیDNA ژن CHD قناری به دست آمد بهعنوان روشی کاربردی و مطمئن برای تعیین جنسیت قناری استفاده کرد.
- چکیده انگلیسی: The aim of this research was to utilize a simple, rapid, cheap and safe method for sex determination of newly born canaries through feather to help accurately breeding this bird. The external morphology of males and females of many birds such as canary are fairly similar to each other, Therefore, determining their sexes is very difficult. The different length of CHD (chromo-helicase-DNA-binding) gene in Z and W chromosomes can recignized by using molecular technique based and PCR method, for the sex determination of young birds. In this study, blood and feathers samples of 140 canaries from 10 different breeds were used and their DNA were extracted. It should be mentioned that for PCR, at first 5 primers designed and finally 1 specific primer were confirmed and used. The results showed that the amplification of a fragment with the length of 252 bp for males (ZZ) and two fragments with the lengths of 252 and 309 bp for female (ZW). The bands had a length difference of 57 bp. The DNA sequencing of these two fragments was done for the first time, the sequence of these two fragments of the CHD gene in canary species was submitted and accepted in the NCBI site under the names of CHDZ-1 and CHDW-1 with the accession numbers of MG679825.1 and MG679826.1.
- انتشار مقاله: 07-11-1396
- نویسندگان: حمیدرضا عبداللهی,حسن مهربانی یگانه,حسین مرادی شهربابک
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: الگوهای تک متغیره و چند متغیره,روشهای دورۀ زمانی,معیار خطای پیشبینی
- چکیده: در این مطالعه با استفاده از مدلهای اقتصادسنجی تک متغیره و چند متغیره روشهای دورۀ زمانی، قیمتهای سالانه از سال 1394 تا 1399 برای ایران و از سال2014 تا 2020 برای جهان پیشبینی شد. دادههای مربوط به قیمت گوشت مرغ، ذرت، کنجالۀ سویاو میزان تولید کشور ایران از سال 1369-1393 از وزارت جهاد کشاورزی، شرکت امور پشتیبانی دام و بانک مرکزی جمهوری اسلامی تهیه و دادههای جهانی از FAO STAT برای سال 1961-2013 تهیه شدند. مناسبترین مدل برای برازش و پیشبینی قیمت گوشت مرغ در ایران مدل خودتوضیح میانگین متحرک ARMAX (3,5) با خطای پیشبینی درون و برون نمونهای 12/2 و 7/4 درصد و در جهان، مدل خودتوضیح میانگین متحرک ARMA (1,13) با خطای پیشبینی درون و برون نمونهای 34/4 و 91/3 درصد بر پایۀ معیار میانگین درصد قدر مطلق خطست. همچنین نتایج برآورد الگوهای تصحیح خطای چند معادلهای (VECM) نشان داده است، یک واحد افزایش در نسبت قیمت ذرت به سویا و میزان تولید گوشت در ایران به ترتیب باعث افزایشی 59/7 و 29/3 درصدی در قیمت گوشت مرغ ایران و یک واحد افزایش در قیمت جهانی ذرت، سویا و میزان تولید جهانی گوشت مرغ به ترتیب باعث افزایشی 31/0، 46/0 و 64/0 درصدی در قیمت جهانی گوشت مرغ میشود.
- چکیده انگلیسی: At this study, with using from univariate and multivariate Econometrics Models of time series techniques, the annual prices from 2015 to 2020 for Iran and from 2014 to 2020 for world was predicted. The Iran data related to the chicken price, corn price, soybean meal price and chicken production rate from 1990 to 2014 were provided from Ministry of Agriculture Iran, State Livestock Affairs Logistics (S.L.A.L) Inc. and Central Bank of the Islamic Republic of Iran and the world data were provided from FAO STAT for the year 1961-2013. The most appropriate model for fitness and prediction of chicken meat in Iran is the autoregressive moving average model (ARMAX (3,5)), with the in-sample and out of sample of predicting error are 2.12 and 4.7 percent and in world, autoregressive moving average model (ARMA (1,13)) with the in-sample and out of sample of predicting error are 4.34 and 3.91 percent, according to mean absolute percent error criterion. Also the results of vector error correction models (VECM) estimation have shown one unit increasing in the ratio of the price of corn to soy and the amount of meat production in Iran, can increase 7.59 and 3.29 percent in Iran chicken meat and one unit increasing in world price of corn and the amount of world production of chicken meat can cause increase equal 0.31, 0.46 and 0.64 percent in chicken meat world price.
- انتشار مقاله: 11-07-1396
- نویسندگان: صدیقه بهادری,حسن مهربانی یگانه,مجتبی زاغری,حامد رفیعی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: تنوع ژنتیکی,نشانههای انتخاب,نژاد اسب عرب,نژاد اسب کرد
- چکیده: اسب عرب از قدیمیترین نژادهای اسب جهان است. این نژاد عملکرد بسیار خوبی در مسابقات استقامتی و بهطورکلی عملکرد ورزشی داشته و در تشکیل برخی نژادهای مهم جهان نقش داشته است. در مقابل، اسب کرد که بیشتر در زمینهای ناهموار و مناطق کوهستانی زندگی میکند، مناسب سواری در مناطق کوهستانی و مسابقات چوگان است. برای بررسی ساختار جمعیت و شناسایی قطعههای کروموزمی تحت انتخاب در این دو جمعیت، از 38 اسب عرب و 58 اسب کرد نمونۀ خون و مو گرفته شد. نمونهها پس از استخراج DNA، توسط 670K Axiom Equine Genotyping Array تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. تحلیل مؤلفههای اصلی (PCA) روی دادههای بهدستآمده از تعیین نژادگان انجام شد؛ سپس آمارۀ Fst برای هر SNP محاسبه و برای جلوگیری از اثر تنوع تصادفی ذاتی Fst محاسبهشده برای تک SNP، آنها در طول هر کروموزوم همگن شدند. نتایج بهدستآمده از تحلیل مؤلفههای اصلی این دو جمعیت نشان داد اسبهای عرب ایرانی نسبت به اسبهای کرد تنوع ژنتیکی بالاتری دارند. در این تحقیق، نشانههای انتخاب در شش جایگاه ژنگانی (ژنومی) شناسایی شد که بالاترین میزان آمارۀ Fst در کروموزم شماره 8 مشاهده شد. حاشیهنویسی جایگاههای تحت انتخاب منجر به شناسایی ژنهایی همانند ژنهای CaMKK2، ATP2A2 و MLXIP شد، که بهاحتمال با عملکرد در مسابقات استقامتی و بهطورکلی عملکرد ورزشی در اسبها مرتبط هستند و برای بررسیهای بیشتر پیشنهاد میشوند.
- چکیده انگلیسی: The Arab horse breed is one of the most ancient horse breeds. Arabian horses are famous for endurance riding and flat racing. Moreover, this breed has contributed to the formation of some of the most important horse breeds in the world. Kurdish horses are found in rough terrain and hilly regions and they are suitable for riding in hilly areas and Polo tournament. To investigate the population structure and to find the signatures of selection in the genome of Arabian and Kurdish horses, blood and hair samples from 38 Arabian and 58 Kurdish horses were taken and genotyped using the 670K Axiom Equine Genotyping Array. Principal component analysis (PCA) was carried out on the genotypic data and Fst statistic for each SNP was calculated. Fst values were smoothed over each chromosome. PCA showed that the Arabian horse population is more genetically diverse than the Kurdish horses. We identified six genomic regions showing signatures of selection. The strongest signal of selection was found in ECA8. Annotation of the regions of the genome that showed selection signatures revealed candidate genese.g. CaMKK2, MLXIP and ATP2A2 that may involve in endurance riding and racing. These genes for further studies are proposed.
- انتشار مقاله: 14-08-1396
- نویسندگان: صابر محمد مقصودی,حسن مهربانی یگانه,اردشیر نجاتی جوارمی,نوید یوسفی مشعوف
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ریختشناسی,چندشکلی,اسب کرد,ریزماهواره,آلل
- چکیده: در این تحقیق با استفاده از شش نشانگر ریزماهواره (HMS07, HMS03, HMS02, HMS06, ASB02, ASB23) تنوع ژنتیکی درون جمعیت 52 نمونه اسب کرد اصیل که از استانهای کردستان، کرمانشاه، ایلام، آذربایجان غربی، اصفهان، کرمان و همدان بهطور تصادفی نمونهگیری شدهاند، بررسی شد. از نمونۀ خونهای گرفتهشده DNA به روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) برای افزونش قطعههای شش جایگاه ریزماهواره با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی بهصورت استاندارد انجام شد. آنگاه محصولات PCRشش جایگاه روی ژل اکریل آمید 8 درصد، الکتروفورز و رنگآمیزی شد. جایگاهها در جمعیت مورد بررسی، چندشکلی بالایی را نشان دادند. شمار آللهای مشاهدهشده و آللهای مؤثر و میزان ناخالصی (هتروزیگوسیتی) مورد انتظار و مشاهدهشده و شاخص شانون برای همۀ جایگاهها محاسبه شد. نتایج این تحقیق نشان داد، شمار آللهای شش جایگاه مورد بررسی، از 4 تا 10 آلل متغیر بودند. بیشترین آلل در جایگاه HMS07 (ده آلل) و کمترین آلل در جایگاه HMS02 (چهار آلل) مشاهده شد. با توجه به نتایج مشاهدهشده، جایگاههای ریزماهوارۀ مورد استفاده چندشکلی بالایی در جمعیت اسب کرد داشتند و میتوان از چندشکلی بالای آنها در بررسیهای بعدی، بهویژه در بررسیهای ژنتیک جمعیت استفاده کرد. آللها و دامنههای آللی جدید در اسب کرد، گویای تفاوت ساختاری جمعیتی آنها با دیگر نژادهای اسب مورد بررسی در تحقیقات دیگر مانند اسب ترکمن و عرب است.
- چکیده انگلیسی: In this research genetic variation using 6 microsatellite loci (HMS07, HMS03, HMS02, HMS06, ASB02, ASB23) was studied in Iranian Kurdish horse population .Whole blood samples were randomly collected from 52 horses in Kurdistan, Kermanshah, Elam, Western Azerbaijan, Esfahan, Kerman and Hamadan regions. DNA was extracted from blood samples. Polymerase chain reaction (PCR) was used for amplification of 6 microsatellite loci using pairs of standard specific primers. Then, the PCR products assessed with 8% silver-staining acrylamide gel and electrophoresed. All microsatellites loci were polymorphic. The number of alleles observed and expected hetrozygosities were calculated with Shannon Index. The largest and smallest number of alleles were observed in HMS07 locus (10 alleles) and HMS02 (4 alleles) respectively. Our results confirmed the high efficiency of microsatellite markers for assessing population structure in Iranian native horses.
- انتشار مقاله: 14-05-1396
- نویسندگان: مطهره اعلا امجدی,حسن مهربانی یگانه,مصطفی صادقی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: گوسفند زل,گوسفند بلوچی,انتخاب مثبت,روش ویر و کوکرهام,ژنهای نامزد
- چکیده: نشانههای انتخاب در کل ژنگان (ژنوم)، ما را در درک سازوکارهای انتخاب و شناسایی مناطقی از ژنگان که در طی سالیان متمادی بهصورت طبیعی و یا مصنوعی انتخاب شدهاند، راهنمایی میکنند. هدف این تحقیق شناسایی نقاطی از ژنگان در گوسفندان زل و بلوچی بود که در طی سالهای مختلف بهصورت مصنوعی یا طبیعی انتخاب شدهاند. 143 رأس گوسفند بلوچی (96 رأس) و زل (47 رأس)، با استفاده از آرایههای ژنگانیIllumina ovine SNP50K BeadChip تعیین ژنوتیپ شدند. برای جستجوی نشانههای انتخاب از آزمون نااُریب FST ویر و کوکرهام (تتا) در بستۀ نرمافزاری R استفاده شد. نتایج 17 منطقۀ ژنگانی روی کروموزومهای 3، 4، 5، 7، 10، 11، 12، 13، 15، 18 و X را شناسایی کرد. تجزیهوتحلیل اطلاعات زیستی (بیوانفورماتیکی) نشان داد که برخی از این مناطق ژنگانی با ژنهای مؤثر بر صفات گسترش نظام استخوانبندی (اسکلتی) و دم، ایمنی و یاختهشناختی (سیتولوژی) یاختهای، سوختوساز (متابولیسم) قند و انرژی و تولیدمثلی مانند ژنهای RPS6KA3، HOXB9، ESPL1، AAAS، FNDC3A همپوشانی دارند. نتایج این تحقیق و جایگاههای ژنگانی شناساییشده میتواند نقش مهمی در رابطه با بررسی تأثیر انتخاب در تمایز جمعیتی دو نژاد دنبهدار بلوچی و بدون دنبۀ زل و در پی آن شناسایی مناطق ژنگانی مرتبط با صفات متمایزکنندۀ این دو نژاد داشته باشد.
- چکیده انگلیسی: Selective signatures in whole genome can help us to understand the mechanisms of selection and to identify the genomic regions that have been under natural or artificial selection during long years. The objective of this study was to identify the genomic regions that have been under artificial and natural selection in Baluchi and Zel sheep breeds. 143 sheep from Baluchi (N=96) and Zel breeds (N=47) have been genotyped using the Illumina ovine SNP50 BeadChip. Unbiased method of Weir and Cockerham’s FST (Theta) was used to detect the selection signatures in the R package. The results revealed seventeen genomic regions on 3, 4, 5, 7, 10, 11, 12, 13, 15, 18 and X chromosomes. Bioinformatics analysis demonstrated that some of these genomic regions overlapped with reported genes included in the development of the skeletal system and tail, cytology cells, immune system, sugar and energy metabolism and reproduction traits such as RPS6KA3, HOXB9, ESPL1, AAAS, FNDC3A genes. The results of the present study and the identified genomic regions can play an important role in study of the effect of the selection on population differentiation in two Baluchi fat-tailed and Zel thin-tailed breeds and subsequently, would direct us to identify the genomic regions associated with traits differentiate these breeds.
- انتشار مقاله: 05-03-1395
- نویسندگان: زینب منظری,حسن مهربانی یگانه,اردشیر نجاتی جوارمی,محمد حسین مرادی,محسن قلی زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ورم پستان,استافیلوکوکوس آرئوس,BoLA-DRB3,افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی
- چکیده: هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل)های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوسالۀ آمیختۀ هلشتاین-شاروله، 60 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات مادۀ هلشتاین، 46 گوسالۀ ناشی از آمیزش حیوانات مادۀ هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله و 86 گوسالۀ هلشتاین بودند. همۀ حیوانات در هنگام آزمایش همسن و همۀ تلیسهها غیر آبستن بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3 روش توالییابی مستقیم استفاده شد. با استفاده از رویۀ REML و مدلهای خطی مختلط همراهی همردیفهای ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاختههای تکهستهای خون محیطی ارزیابی شد. افزون بر تأثیر ژن BoLA-DRB3، عاملهای ثابت گروه ژنتیکی و جنس و عامل تصادفی پدر نیز در مدل گنجانده شد. در این پژوهش، 27 همردیف برای ژن BoLA-DRB3 دیده شد. نتایج نشان داد همردیفهای DRB3*0101 و DRB3*0902 با شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس همراهی دارند (05/0P<). یافتههای این پژوهش میتواند برای شناخت سازوکار زیستشناختی (بیولوژیکی) پاسخ ایمنی میزبان علیه استافیلوکوکوس آرئوس سودمند باشد.
- چکیده انگلیسی: The aim of this study was to investigate the association of bovine leukocyte antigen-DRB3 alleles with peripheral blood mononuclear cell (PBMC) proliferation in response to Staphylococcus aureus. The animals included in this study (n=347) were approximately of same age and comprised of F2 Holstein-Friesian ´ Charolais (n = 155), Holstein-Friesian backcross (F0 Holstein-Friesian dams crossed with unrelated F1 sires, n = 60), Charolais backcross (F1 dams crossed with F0 Charolais sire, n=46) and pure Holstein-Friesian (n = 86). A sequence-based typing method was used in order to determine the genotype of the animals at BoLA-DRB3 locus and a linear mixed model was used to evaluate the association of bovine leukocyte antigen-DRB3 alleles with peripheral blood mononuclear cell (PBMC) proliferation. Beside the BoLA-DRB3 alleles, fixed effects of genetic group and gender and random effect of sires were included into the statistical model. In this research, 27 alleles were found for BoLA-DRB3 gene. The results showed that alleles BoLA-DRB3*0101 and BoLA-DRB3*0902 significantly affected on the stimulation index of S. aureus–induced peripheral blood mononuclear cell proliferation (P<0.05). The results may be useful for investigating the biological mechanism of immune response against S. aureus.
- انتشار مقاله: 30-01-1395
- نویسندگان: هادی آتشی,محمد مرادی شهربابک,حسن مهربانی یگانه,سید رضا میرایی آشتیانی,قدرت الله رحیمی میانجی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: مقاومت ژنتیکی,پلیمورفیسم,جنون گاوی,سیستانی,گلپایگانی,PRNP
- چکیده: در مطالعات سالهای اخیر، ارتباط بین چندشکلی ناحیۀ پروموتور (حذف و درج 23 جفت بازی) و اینترون 1 (حذف و درج 12 جفت بازی) ژن PRNP (ژن کدکنندۀ پروتئین پریون) و حساسیت به جنون گاوی اثبات شده است. درج این جایگاهها مقاومت به جنون گاوی کلاسیک را در گاوها افزایش میدهد، در حالیکه حذف این جایگاهها باعث حساسیت بیشتر به جنون گاوی میشود. در این مطالعه فراوانیهای آللی، ژنوتیپی، و هاپلوتیپی چندشکلیهای ناحیۀ پروموتور و ناحیۀ اینترون 1 ژن PRNP در 3 نژاد هلشتاین ایران (50=n)، گلپایگانی (62=n)، و سیستانی (60=n) برآورد شد. استحصال DNA به روش استخراج نمکی تغییرشکلیافته انجام شد. ژنهای مورد نظر با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر، و جایگاههای ذکرشده روی ژل پلیآکریلآمید تعیین ژنوتیپ شدند. دادههای آللی به روش دقیق فیشر و دادههای ژنوتیپی و هاپلوتیپی به روش مربع کای آزمون شدند. نتایج این تحقیق نشان داد هر 3 نژاد برای هر کدام از جایگاهها بهصورت مستقل در تعادل هاردی-واینبرگ بودند. فراوانیهای آللی و ژنوتیپی هاپلوتیپی پلیمورفیسم حذف و درج 12 جفت بازی و 23 جفت بازی بین نژادهای مطالعهشده و گاوهای سالم و مبتلای آلمانی مقایسه شد. براساس یافتههای این تحقیق این نتیجه حاصل شد که گاوهای گلپایگانی، از گاوهای سالم و مبتلای آلمانی مقاومت بیشتری در برابر جنون گاوی دارند.
- چکیده انگلیسی: In recent years, the relationship between insertion and deletion (indel) polymorphisms in promoter region (23 bp) and intron 1 (12 bp) of PRNP gene (Prion protein coding gene) and their relationship to susceptibility of classical bovine spongiform encephalopathy (BSE) have been reported. Insertions of these two polymorphisms increase resistance to classical BSE, while the deletions of these two polymorphisms cause more susceptibility to classical BSE. In this study DNA of Iranian Holstein (n=50), Golpayegani (n=62) and Sistani (n=60) was extracted by modified salting out method. The genes were amplified using specific primers and the genotypes were detected on polyacrylamide gels. Allelic data were tested by Exact Fisher test and genotypic and haplotypic data were tested using Chi-square test. The results showed that considering locus of three mentioned breeds were in Hardy-Weinberg equilibrium. The allelic, genotypic and haplotypic frequencies of the polymorphism of the mentioned genes were estimated in three Iranian cattle breeds and were compared among breeds under this study and the healthy and BSE-affected group of the German cattle (described by Sander et al., 2004). According to the results of this study, if these two regions are the only regions affecting on the classical BSE, Golpayegani cattle have more resistant than healthy and BSE-affected of German cattle.
- انتشار مقاله: 15-10-1389
- نویسندگان: صابر محمد مقصودی,سید رضا میرائی آشتیانی,حسن مهربانی یگانه,محمد حسین بنابازی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: ورم پستان,استافیلوکوکوس آرئوس,ازدیاد سلول های تک هسته ای خون محیطی
- چکیده: در این تحقیق، رابطه¬یبین اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR با ازدیاد سلول¬های تک¬هسته¬ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس و فایتوهماگلوتنین بررسی شد. واحدهای آزمایشی شامل 86 گوساله¬ی هلشتاین، 155 گوساله¬ی دورگ (F2) هلشتاین و شاروله، 60 گوساله¬ی (R1)حاصل از آمیزش حیوانات نر هلشتاین- شاروله با حیوانات ماده هلشتاین و 46 گوساله¬ی (R1) حاصل از آمیزش حیوانات ماده هلشتاین- شاروله با حیوانات نر شاروله بودند. حیوانات در هنگام آزمایش هم¬سن و غیر آبستن (تلیسه¬ها) بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3، روش توالی¬یابی مستقیم استفاده شد، و برای تعیین توالی اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR از اطلاعات توالی اسیدهای آمینه¬ی ملکول¬BoLA-DR، ارایه شده در آخرین کارگاه آموزشی BoLA استفاده شد. از یک مدل خطی مختلط برای ارزیابی اثر اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پپتیدی ملکول BoLA-DR بر صفات مورد مطالعه، استفاده شد. نتایج نشان داد اسیدهای آمینه موجود در جایگاه 28ام ملکولBoLA-DR بر شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس تاثیر دارد(P < 0.05).
- چکیده انگلیسی: Potential relationships between amino acid motifs in the antigen binding groove of various alleles of the bovine major histocompatibility complex DR (BoLA-DR) molecule and Peripheral Blood Mononuclear Cell (PBMC) proliferation, in response to S. aureus and phytohemaglutinin, were investigated. The animals included in the study were approximately of the same age and comprised of pure Holstein-Friesian (n = 86), F2 Holstein-Friesian Charolais (n = 155), Holstein-Friesian backcross (F0 Holstein-Friesian dams crossed with unrelated F1 sires, n = 60), Charolais backcross (F1 dams crossed with F0Charolais sire, n = 46). To determine BoLA-DRB3 alleles of the animals, a sequence-based typing method was employed. The amino acid sequence data encode various BoLA-DRB3 alleles, presented at the latest BoLA workshop, were utilized to determine the residues involved in the formation of the pockets in the antigen binding groove of various alleles of the BoLA-DR molecules. A linear mixed model was utilized to evaluate the potential relationships between amino acid motifs in the antigen-binding groove of various alleles of BoLA-DR molecule and PBMC proliferation.
- انتشار مقاله: 12-09-1391
- نویسندگان: هادی آتشی,محمد مرادی شهربابک,حسن مهربانی یگانه,سید رضا میرایی آشتیانی,قدرت اله رحیمی میانجی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: همبستگی ژنتیکی,بلدرچین ژاپنی,صفات لاشه,پاسخ به انتخاب,وزن سینه
- چکیده: این مطالعه به منظور بررسی اثر انتخاب کوتاه مدت بر صفات مرتبط با رشد شامل وزن بدن و وزن سینه در سن 4 هفتگی در بلدرچین ژاپنی انجام شد. برای این منظور یک لاین بر اساس ارزشهای اصلاحی برای وزن بدن (لاین 1) و لاین دیگر بر اساس میانگین رکوردهای خانوادگی برای وزن سینه (لاین 2) به طور تصادفی از یک جمعیت پایه انتخاب شدند. در لاین 1 در هر نسل 39 پرنده نر و 78 پرنده ماده به عنوان جایگزین استفاده شد. تعداد جایگزین های انتخابی در لاین 2 به دلیل کوچک شدن اندازه جمعیت کمتر بود. رکوردها طی دو هچ متوالی جمع آوری و پاسخهای انتخاب برای 3 نسل محاسبه شدند. مقدار افزایش وزن بدن در سن 4 هفتگی در لاین 1 در نسل 2 ، 3 و 4 به ترتیب برابر 4/14، 6/12 و 1/8 گرم بود. پاسخهای همبسته برای وزن سینه 4 هفتگی در این لاین در نسل 2 ، 3 و 4 به ترتیب برابر 1/4، 6/3 و 2/3 گرم بود. در لاین 2 انتخاب مستقیم برای وزن سینه منجر به بهبودی معادل 0/4، 5/3 و 7/2 گرم به ترتیب برای نسل 2، 3 و 4 شد. پاسخهای همبسته برای وزن بدن در این لاین به ترتیب برابر 5/14، 0/13 و 4/7 گرم برای نسل 2، 3 و 4 بود. تفاوت معنی داری برای وزن بدن و وزن لاشه بین دو جنس و نسل 2 به بعد وجود داشت (P<0.01) ولی این تفاوت برای مؤلفه های درصدی لاشه معنی دار نبود. پرنده های ماده اوزان بیشتری از پرنده های نر داشتند. انتخاب لاین ها برای وزن بدن و سینه در سن 4 هفتگی ضریب تبدیل غذایی را به ترتیب 16/0 و 19/0 واحد طی دوره انتخاب بهبود داد. همبستگی های ژنتیکی و فنوتیپی بین وزن بدن و سینه در لاین 1 به ترتیب برابر 12/0±90/0 و 06/0±73/0 و در لاین 2 به ترتیب برابر 06/0±85/0 و 02/0±82/0 بود. نتایج حاصل از این آزمایش انتخاب بین خانوادگی را برای افزایش وزن سینه پیشنهاد نمی کند، زیرا پاسخ همبسته حاصل برای وزن سینه، ناشی از انتخاب بر اساس وزن بدن بیشتر از انتخاب مستقیم بین خانوادگی (2/30 در مقابل 0/28 درصد) و همچنین رکوردگیری آن آسان و هزینه های اصلاحی کمتر است، لذا انتخاب بر اساس وزن بدن به دلیل همبستگی ژنتیکی زیاد با وزن سینه (90/0-85/0)، می-تواند به عنوان یک معیار انتخاب برای بهبود صفات لاشه استفاده شود.
- چکیده انگلیسی: The current study was conducted to investigate the effect of short-term selection in Japanese quail for its 4-week body and breast weights. Two selected lines, one for selection of body weight based upon in. breeding values (line 1) and another for breast weight based on between family selections (line 2) were randomly selected from a base population. In each generation, 39 sire and 78 dam-birds were taken as parents in each line and for the next generation. The number of selected replacements in line 2 was less due to decreasing population size. Data were collected over 2 consecutive hatches for 4 generations and selections responses determined for 3 generations. The levels of improvement of 4-week body weights in line 1 were recorded 14.4, 12.6 and 8.1 grams respectively for the 3 generations. Correlated response to breast weight in line 1 was 4.1, 3.6, and 3.2 grams in generations 2, 3, and 4, respectively. Directed selection from 4-week breast weight in line 2 led to improvements of: 4.0, 3.5 and 2.7 grams in generations 2, 3 and 4, respectively. Also, correlated responses for body weight in this line were recorded as: 14.5, 13.0 and 7.4 grams in generations 2, 3 and 4, respectively. There were significant differences in body weight and carcass traits between sexes and also in generations 2 and upward (P<0.01) but not for percentage components of carcass. Higher figures were obtained for femals than for males. Selection for 4-week body weights in line 1 and 4-week breast weights in line 2 improved Feed Conversion Ratios (FCR) for about 0.16 and 0.19 units over the selected periods, respectively. Genetic and phenotypic correlations between body and breast weights in line 1 were 0.90±0.12 and 0.73±0.06 and for line 2 they were: 0.85±0.06 and 0.82±0.02, respectively. Results obtained from this study do not support the in-between family selection as a tool to increase breast weight selection as based on body weight, due to its high genetic correlation with body weight (0.85-0.90), can be employed as a proper selection criterion for improving carcass traits, including breast weight.
- انتشار مقاله: 11-10-1348
- نویسندگان: مجید خالداری,عباس پاکدل,حسن مهربانی یگانه,اردشیر نجاتی جوارمی
- مشاهده