در هنگام جستجو کلمه در قسمت عنوان میتوانید کلمات مورد جستجو را با کاراکتر (-) جدا کنید.
کاربرد نوع شرط:
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: چالش ابعاد,کاهش نشانگرها,صحت ارزیابیهای ژنومیک,معماری ژنتیک صفت
- چکیده: افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تأثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک روشهای پارامتری پرداخته است. بدین منظور، برای هر فرد ژنومی متشکل از 10000 نشانگر تکنوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم (هریک به طول 100 سانتیمورگان) شبیهسازی شد. در این پژوهش توزیعهای متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال یا گاما)، سطوح مختلف وراثتپذیری صفت (05/0، 25/0، 45/0 یا 65/0) و تعداد متفاوت جایگاههای ژنی (QTL؛ 100 یا 500) به عنوان فرضیات شبیهسازی در نظر گرفته شد. سپس در یک سناریوی انتخاب 10 یا 20 درصد نشانگرها بهطور تصادفی انتخاب شدند؛ بهطوریکه برای هر یک از جمعیتهای موجود سه ماتریس نشانگری با ابعاد مختلف (همة نشانگرها، 10 یا 20 درصد نشانگرها) تعریف گردید. مطابق یافتههای پژوهش حاضر، بهطورکلی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک به ترتیب تحت اثر میزان وراثتپذیری صفت، فاصلة نسل از جمعیت مرجع، تراکم نشانگرها، توزیع و تعداد QTLها و مدل آماری قرار داشت (p < 0.001). بهطوریکه در هر سه توزیع آثار ژنی و با هر فُرم ساختار نشانگری (کاهش یا عدم کاهش تراکم نشانگرها) مشاهده شد که در نتیجة کاهش وراثتپذیری صفت و یا افزایش فاصله از جمعیت مرجع میزان صحت پیشبینیها به طور چشمگیری تقلیل یافت (p < 0.05). بررسی اثر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیشبینی ژنومی صفات با معماری ژنتیکی متفاوت نشان داد که جز در مورد صفات با وراثتپذیری پائین (05/0) و تعداد زیاد QTL (500) با توزیع ژنی گاما، بهطورکلی کاهش تراکم نشانگری بهطور معنیداری منجر به اُفت صحت پیشبینیهای ژنومیک روشهای پارامتری خواهد شد (p < 0.05).
- چکیده انگلیسی: The higher number of markers (p) to the number of observations (n) is the first challenge (i.e., course of dimensionality; p>>n) in genomic selection. Therefore with aim to reduce the course of dimensionality, the effect of reduce markers density on the accuracy of genomic prediction breeding values of parametric methods investigated. In this order a genome consisted of 10000 bi-allelic single nucleotide polymorphism (SNP) over 10 chromosomes, with 100 cM length each, was simulated. In this research, the different gene distributions (i.e., uniform, Gaussian and gamma), different levels of heritability (0.05, 0.25, 0.45 or 0.65) and number of quantitative trait loci (QTL; 100 or 500) were considered as assumption of simulation. Then in a selection scenario only 10% of the markers and in the other scenario 20% of the markers were selected (randomly), so that for each of the population three different marker matrices with different dimension (all, 10% and 20% of markers) were defined. According to the finding of this research, in order of preference the accuracy of genomic breeding values is influenced by the trait inheritance, the distance with the reference population, the marker density, the distribution and the number of QTLs and statistical models (p <0.001). So that in all three genetic effects distribution and with each form of the marker structure (selection or without selection of markers) it was observed that the accuracy of predictions declined significantly (p <0.05) as a result of reduction of heritability or with increasing distance from the reference population. The effect of reduce markers density on the genomic prediction accuracy of traits with different genetic architecture showed that except for traits with low heritability (0.05) and high number of QTL (500) and allele effects drown from a gamma distribution, in general reduction of marker density resulted to decrease accuracy of genomic predictions (p <0.05).
- انتشار مقاله: 25-06-1396
- نویسندگان: خبات خیرآبادی,جمال فیاضی,هدایت اله روشنفکر,رستم عبداللهی ارپناهی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: عوامل محیطی,روند ژنتیکی,صفات رشد,گوسفند عربی
- چکیده: در این پژوهش اثر عوامل محیطی تاثیرگذار و روندهای ژنتیکی و فنوتیپی برای صفات وزن بدن در سنین مختلف گوسفندان عربی برآورد گردید. بدین منظور از تعداد 11365 رکورد وزن تولد، 6930 رکورد وزن شیرگیری، 3275 رکورد وزن 6ماهگی، 2043 رکورد ورن نه ماهگی و 1750 رکورد وزن یکسالگی استفاده شد. دادههای مورد استفاده در این مطالعه طی سالهای 1373 تا 1394 در استان خوزستان جمع آوری شدند. ارزش اصلاحی حیوانات بوسیله روش حداکثر درستنمایی محدود شده برآورد شد. نرمافزار آماری SAS جهت تعیین عوامل محیطی مؤثر بر این صفات و نرمافزار Wombat جهت برآورد ارزش اصلاحی دامها مورد استفاده قرار گرفت. برای برآورد روندها از روش رگرسیون وزنی نرمافزار SPSS استفاده شد. عوامل محیطی سال تولد، جنسیت بره، تیپ تولد و سن مادر، معنیدار بودند و بهعنوان اثرات ثابت در مدل قرار گرفتند. سن دام هنگام وزنکشی به عنوان متغیر کمکی وارد مدل شد. روندها به صورت تابعیت میانگین وزنی فنوتیپی و ژنتیکی بر اساس سال تولد محاسبه شدند. روند ژنتیکی مستقیم برای صفات اوزان تولد، شیرگیری، شش ماهگی، نه ماهگی و یکسالگی به ترتیب 07/0، 17-، 2، 1 و 1 گرم در سال برآورد شد. روند فنوتیپی برای صفات مذکور به ترتیب 5، 256، 76، 83 و 194 گرم در سال بود. میتوان نتیجه گرفت که افت میانگین ارزش ارثی در روندهای ژنتیکی و ایجاد نوسان در روند فنوتیپی به دلیل کاهش دقت رکوردگیری و ورود دام هایی با ارزش اصلاحی پایین به گله و یا تاثیر منفی عوامل محیطی در بروز پتانسیل تولیدی دام ها باشد.
- چکیده انگلیسی: In this study environmental effects, genetic and phenotypic trends for body weight traits in different age in Arabi Sheep estimated. In this study used a total of 11365 records on birth weight, 6930 records of weaning weight, 3275 records of 6 month weight, 2043 records of 9 month weight and 1750 records of 12 month weight. The data used in this study, collected during 1994-2015 in Khuzestan province. The breeding value of the animal were estimated by restricted maximum likelihood method. The SAS statistical software was used to evaluate the effect of environmental factors and Wombat software was employed to estimate animals breeding value. The SPSS software was used for estimation of the trends. Environmental factors such as birth year, Sex, birth type and age of Mather were significant on all traits and were fixed effects in model. Animal’s age was introduced to the model as covariate. Estimation of direct genetic trend for birth weight, weaning weight, 6 month weight, 9 month weight and 12 month weight were as -0.07, -17, 2, 1 and 1 gr per year respectively. The phenotypic trend for considered traits was respectively 5, 256, 76, 83 and 194 gr per year. It can be concluded that reduction of the average breeding value in the genetic trends and the oscillation in the phenotypic trend are due to reduction of recording accuracy and entering livestock with low breeding value to the herd or negative impact of environmental factors on the production potential of livestock.
- انتشار مقاله: 11-10-1397
- نویسندگان: سعید نیسی,جمال فیاضی,هدایت الله روشنفکر
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: گوسفند,ویناس,ملاس,اسیدهای چرب فرار,نیتروژن آمونیاکی شکمبه
- چکیده: این مطالعه با هدف مقایسهی اثر جیرههای پلت شده حاوی سطوح مختلف ویناس نیشکر بر مصرف خوراک، گوارشپذیری و فراسنجههای شکمبهای در برههای نر لری-بختیاری و در قالب طرح کاملاً تصادفی با 5 تیمار و 5 تکرار انجام شد. جیرههای آزمایشی حاوی سطوح صفر، 5، 10، 15، و 20 در صد ویناس نیشکر در ماده خشک به جای ملاس نیشکر بود. ﻃﻮل دورهی آزﻣﺎﯾﺶ مجموعاً 25 روز و ﺷﺎﻣﻞ 15 روز ﻋﺎدتپذیری و 10 روز نمونهبرداری بود. اضافه کردن ویناس به جیره، گوارشپذیری ماده خشک را تحت تأثیر قرار نداد (05/0P>). گوارشپذیری پروتئینخام در جیرهی حاوی20 درصد ویناس نسبت به سایر تیمارها کمتر بود (05/0P<). گوارشپذیری عصارهی اتری در جیرهی حاوی 10 درصد ویناس نسبت به جیرهی شاهد کاهش، و در سایر جیرهها افزایش نشان داد (05/0P<). گوارشپذیری الیاف نامحلول در شویندهی خنثی نیز در جیرهی 15 درصد ویناس نسبت به سایر جیرهها بیشتر بود (05/0P<). با افزایش سطح ویناس در جیرهها، غلظت اسیداستیک، اسیدبوتیریک و کل اسیدهای چرب فرار کاهش یافت (05/0P<). در مجموع، ویناس نیشکر را میتوان بدون تأثیر سوء بر گوارشپذیری و تخمیر شکمبهای تا سطح 15 درصد ماده خشک در جیرهی برههای نژاد لری-بختیاری جایگزین ملاس نمود و باعث جلوگیری از دفع آن به محیط زیست شد. به هر حال، برای نتیجهگیری صحیحتر باید بازده رشد دام و بازده اقتصادی گنجاندن ویناس نیشکر را در جیره در نظر داشت.
- چکیده انگلیسی: The aim of this study was to compare the effect of pelleted diets containing different levels of sugarcane Vinasses on dry matter (DM) intake (DMI), digestibility and ruminal parameters in male lambs using a completely randomized design with 5 treatments and 5 replications. The experimental diets were containing 0, 5, 10, 15, and 20% levels of sugarcane Vinasses in DM instead of sugarcane molasses. The experiment lasted for 25 days, including 15 days of adaptation and 10 days for sampling. No significant differences were observed for digestion of DM in response to vinasse addition (P>0.05). Digestibility of crude protein at the level of 20% Vinasses was lower than that of other groups (P<0.05). Ether extract digestibility decreased at the level of 10% Vinasses compared to control, and increased in other diets (P<0.05). Digestibility of NDF at level of 15% Vinasses was higher than that of other levels (P<0.05). The amount of acetate, butyrate and total volatile fatty acids was decreased by increasing the level of Vinasses (P<0.05). In total, sugarcane vinasse can be substituted for molasses without any adverse effect on digestibility and ruminal fermentation up to 15% of DM in Lorry-Bakhtiari male lambs diet and preventing its release to the environment. However, in order to make a more correct conclusion, we must consider the efficiency of animal growth and the economic efficiency of the inclusion of sugarcane vinasse in the diet.
- انتشار مقاله: 31-05-1396
- نویسندگان: غلامعلی صنیعی,محمد بوجارپور,جمال فیاضی,مجتبی زاهدی فر
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: روش بیزی,انتخاب ژنومی,روش پارامتری,گوسفند مرینوس,واریانس ژنومی
- چکیده: برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیرژنتیکی با اطلاعات شجرهای و ژنومی، از ملزومات پیشبینی صحیح ارزشهای اصلاحی میباشد. از آنجایی که تراشههای چندشکلی تکنوکلئوتیدی (SNP) کل ژنوم را پوشش میدهند، نشانگرها تمامی جایگاههای صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه میکنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان مرینوس استرالیایی استفاده شد. صفات طول و قطر تار پشم مورد بررسی قرار گرفتند. برای مطالعه رابطه بین فراوانی آللی و مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده، SNPها در پنج گروه مختلف از فراوانی آللی کمیاب (MAF)، طبقه بندی شدند. دو مدل آماری با آنالیز مجزای هر گروه SNP و آنالیز توام هر پنج گروه SNP برازش شدند. آنالیزهای آماری با دو روش حداکثر درستنمایی محدود شده ژنومی (روش پارامتری) و بیزی (با استفاده از تکنیک نمونهگیری گیبس و مدل RKHS (روش نیمهپارامتری)) انجام شد. مقدار وراثتپذیری ژنومی برآورد شده توسط همه SNPها در رویکرد REML، برای قطر و طول تار پشم به ترتیب برابر 72/0 و 48/0 بود. در رویکرد بیزی این مقدار وراثتپذیری برای صفات مذکور به ترتیب برابر 74/0 و 47/0 برآورد گردید. در تجزیه و تحلیل مجزای گروههای مختلف MAF مقادیر وراثتپذیری ژنومی هر دو رویکرد مشابه ولی در تجزیه توأم، بین دو رویکرد تفاوت زیادی وجود داشت. بطور کلی در مدلهای ساده نتایج دو رویکرد مشابه بوده ولی در مدلهای پیچیده مانند آنالیز توأم نتایج دو مدل متفاوت و معنیدار هستند. برای بررسی اینکه کدام روش از اعتبار بالاتری برخوردار است نیاز به تحقیقات آتی میباشد.
- چکیده انگلیسی: Accurate estimation of variance components using pedigree and genomic data plays a key role in prediction of breeding values. Since SNP markers in genomic selection are distributed across the genome, they may cover all quantitative traits loci and potentially explain all of genetic variation. In this study, genotype data from Merino sheep, genotyped by 50k Illumina SNP chip were used. Staple length and Fibre diameter traits were studied in this research. To study the association between allele frequency spectrum and captured additive genetic variance, all SNPs were partitioned in five MAF bins with the equal numbers of SNPs. Two statistical models including separate analysis for each category of MAF SNPs or joint analysis of all MAF groups were fitted. The analysis were performed using REML (parametric) and a Bayesian method implemented via Gibbs sampling and RKHS (semi-parametric) model. Using all common SNPs in REML approach, estimates of genomic heritability were 0.72 and 0.48 for Staple length and Fibre diameter, respectively. In Bayesian approach, genomic heritability for mentioned traits were 0.74 and 0.47 respectively. In the separate analysis, estimates of genomic heritability using REML and Bayesian approaches for each MAF class were similar, but in joint analysis estimates of two approaches were different. Overall, when the model is simple both approaches perform similarly while when model is complicated as joint analysis in present study, two approaches work different. Therefore, to determine which approach is more reliable, further research is required
- انتشار مقاله: 07-04-1396
- نویسندگان: آذر راشدی ده صحرائی,جمال فیاضی,رستم عبداللهی آرپناهی,جولیوس ون در ورف,هدایت الله روشنفکر
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: دادههای RNA-Seq,مسیر ژنی اسپلایسوزم,مسیر ژنی ترمیم اتصالات نادرست ژنوم,تقویت پاسخ ایمنی
- چکیده: کاربرد مسیرهای ژنی مؤثر در بروز صفات مختلف در اصلاح نژاد به راحتی امکانپذیر نمیباشد، اما شناسایی مسیرهای ژنی بدست آمده از برهم کنش دادههای ترانسکریپتومی تأثیرگذار بر یک فرآیند زیستی، میتواند گام مهمی در فهم بهتر سازوکارهای تنظیمی آن فرآیند باشد. در این پژوهش، چگونگی سازوکار مولکولی تقویت پاسخ ایمنی با در نظر گرفتن مسیرهای ژنی فعال شده در لوکوسیتها، مورد بررسی قرار گرفت. برای رسیدن به این هدف، پس از پیادهسازی دادههای حاصل از تکنیک توالییابی رونوشتها (RNA-Seq) با شماره دسترسی GSE37447 از پایگاه داده NCBI، کنترل کیفیت دادهها با نرمافزار FastQC بررسی گردید. مکانیابی ژنها و ایزوفرمها با استفاده از نرم افزار TopHat2 انجام شد و تعیین میزان بیان هر ژن و ایزوفرم با نرمافراز HT-Seq انجام گرفت و نهایتاً بررسی ژنهای متفاوت بیان شده با edgeR انجام گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی بر اساس ژنهایی که تفاوت بیان داشتند، با پایگاه اطلاعاتی DAVID صورت گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی نشان داد، مسیرهای اسپلایسوزم و ترمیم اتصالات نادرست ژنوم در لوکوسیتها فعال میشود. بنابراین، مسیرهای ژنی یاد شده میتوانند چگونگی تقویت پاسخ ایمنی را تفسیر نمایند و به روشن شدن بهتر مسیرهای تنظیمی در این فرآیند بیولوژیکی کمک کنند. به نظر میرسد جهت بهبود سامانه ایمنی به کمک برنامههای اصلاح نژادی میتوان از ژنها، فاکتورهای رونویسی، میکرو ریبونوکلئیک اسیدها و یا کوفاکتورهای دخیل در این دو مسیر ژنی (مسیر ژنی اتصال جایگزین و مسیر ترمیم اتصالات نادرست) کمک گرفت، زیرا این دو مسیر ژنی به طور مستقیم در فعالسازی و تنظیم فعالیت سامانه ایمنی مؤثر هستند.
- چکیده انگلیسی: It is not easy to apply gene pathway in different traits in animal breeding, But identifying of gene pathways which obtain from transcriptomics data and influence a biological process could be an important step to better understanding the regulatory mechanisms of this process. In this study, leukocyte transcriptomics data was applied to evaluation of molecular mechanism related to improving the immune response by analysis of gene pathways. To achieve this, RNA-Seq data with accession number GSE37447 was downloaded from NCBI data bank and data quality control was done by FastQC software. Detection of genes and isoforms was performed by TopHat2 software and then level of genes’ and isoforms’ gene expression was conducted by HT-Seq. differentially gene expression was analyzed by edgeR. Analysis of gene pathways was done by online software DAVID based on genes which had differentially gene expression. Gene pathway analysis showed spliceosome and mismatch repair pathway were activated in leukocytes. Therefore, mentioned gene pathways could explain how to strengthen of the immune response and better clarify of regulatory pathways in this biological process. It seems genes, transcription factors, microRNA and/or cofactors which involve in these gene pathways (spliceosome and mismatch repair pathway) could be helped in order to improve the immune system by inbreeding programs because these gene pathways directly influence on the immune system activation and regulation of its functions.
- انتشار مقاله: 11-10-1395
- نویسندگان: الهام بهدانی,هدایت اله روشنفکر,مصطفی قادری زفرهای,جمال فیاضی,محمد رضا بختیاریزاده بختیاری زاده
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: سلنیوم,ویتامین E,کیفیت اسپرم,قوچ عربی,نگهداری منی
- چکیده: غشای سلول اسپرم طی فرآیندنگهداری وذخیره درمعرض انواع آسیبهای جبران ناپذیر ناشی ازافزایش اکسیژن فعال میباشد.هدف ازاین مطالعه بررسی تأثیر سطوح مختلف آنتیاکسیدانهای ویتامینE وسلنیوم در رقیقکننده تریس و زرده تخممرغ برخصوصیات اسپرم قوچ نژادعربی درزمانهای مختلف نگهداری منی تحت شرایط مایع بود.برای این منظور، در فصل تولیدمثلی بهطور هفتگی(دو روز در هفته)ازتعداد هشت رأس قوچ نژادعربی تحت شرایط تغذیهای ومدیریت یکسان اسپرمگیری به عمل آمده وبلافاصله منی آنهاباهم ترکیب وپس از رقیقسازی جهت افزودن سطوح ویتامین Eو سلنیوم آماده شد.این آزمایش در قالب طرح کاملأً تصادفی وبه صورت فاکتوریل اجراشد.تیمارهای آزمایشی شامل سطوح مختلف ویتامین E(صفر، 30 و 60 میکروگرم در میلی لیتر)،سلنیوم (صفر، دو و چهار میکروگرم در میلی لیتر) و زمان نگهداری منی (صفر، دو، چهار و هشت ساعت) تحت دمای 4درجه سانتیگرادبود.تأثیر تیمارهای آزمایشی بر فراسنجه های کیفی اسپرم شامل درصدتحرک پیشرونده،زندهمانی وناهنجاریهای مورفولوژیکی درزمانهای مختلف مورد بررسی قرار گرفتند.نتایج مقایسه میانگینها براساس آزمون دانکن نشان دادکه سطوح مورد مطالعه ویتامین E و سلنیوم بطور جداگانه در زمانهای مختلف نگهداری منی باعث بهبودفراسنجه های تحرک،زنده مانی وناهنجاریهای اسپرم نشدند.بررسی اثر متقابل ویتامین Eوسلنیوم بر ویژگیهای اسپرم نشان دادکه سطح 60 میکروگرم درمیلیلیتر ویتامین Eو هر دوسطح سلنیوم بدون ویتامین باعث بهبود معنی دار خصوصیات کیفی اسپرم نسبت به تیمار شاهد شدند(001/0P<).در تیمارهایی که ویتامین E وسلنیوم همزمان وجود داشتند،کاهش معنی دار کیفیت اسپرمهادر مقایسه باشاهدمشاهده شد(001/0P<).بهطورکلی،استفاده ازآنتیاکسیدانهای ویتامین E(60 میکرو گرم در میلی لیتر)،سلنیوم (دو میکروگرم در میلی لیتر)به تنهایی و نه درترکیب باهم دررقیقکننده تریس وزرده تخم مرغ منجربه بهبودکیفیت منی قوچ عربی میشود
- چکیده انگلیسی: The sperm cell membrane is susceptible to irreparable damages due to an increase in reactive oxygen species by process and storage.The aim of this study was to evaluate the effect of vitamin E and selenium antioxidants on the spermatozoa quality of Arabian ram at different times of semen storage under liquid condition.For this purpose, semen collected weakly(Two days a week)from 8 rams in breeding season under the same nutrition and management conditions. All semen samples were mixed immediately and diluted. This experiment was carried out in factorial arrangement with the use of completely randomized design. Treatments were included the different levels of vitamin E(0, 30 and 60 μg/ml),selenium(0, 2 and 4 μg/ml) and semen storage times(0, 2, 4 and 8 hours)Under 4 ° C.The effect of treatments on spermatozoa quality included the progressive motility, viability and morphological defects during various times were assessed. Based on Duncan test, the spermatozoa motility, viability and morphological defect rates were not improved by levels of vitamin E and selenium during semen storage in liquid condition. Evaluation the interaction effect of vitamin E and selenium on spermatozoa quality showed that the vitamin E in 60 μg/ml and both levels of the selenium without vitamin, caused the increase of semen quality than control group(P< 0.001).In treatments there were both vitamin E and selenium, significantly reduced spermatozoa quality compared with the control group(P<0.001).Therefore, the use of vitamin E(60 μg/ml) and selenium(2 μg/ml), antioxidants separately in tris extender and egg yolk improved the semen quality of Arabian ram
- انتشار مقاله: 07-10-1394
- نویسندگان: پروانه محمدی,صالح طباطبایی وکیلی,مرتضی ممویی,جمال فیاضی,مهدی زارعی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: وراثتپذیری,بز مرخز,نمونهگیری گیبس,توارث سیتوپلاسمی,موهر
- چکیده: در این پژوهش توارث سیتوپلاسمی وزن بیدۀ یکسالگی در بز نژاد مرخز با استفاده از روش آماری بیزی بررسی شد. برای برآورد فراسنجه (پارامتر)های ژنتیکی از رکوردهای گردآوریشده در سالهای 1390-1371 در ایستگاه پژوهشی اصلاح نژاد بز مرخز در سنندج استفاده شد. برای بررسی اثر عاملهای محیطی بر دادههای این صفت از رویۀ GLM نرمافزار آماری SAS و برای برآورد فراسنجههای ژنتیکی از نرمافزار Gibbs1f90، بر پایۀ مدل دام از رویۀ نمونهگیری گیبس، استفاده شد. عاملهایی مانند سال تولد، جنس و سن مادر بهعنوان اثر ثابت و سن دام و وزن بدن در هنگام رکورد برداری بهعنوان متغیرهای کمکی در مدل گنجانده شدند. بنابر نتایج بهدستآمده از این پژوهش، بهترین مدل انتخابشده برای صفت وزن بیده، مدل دربرگیرندۀ اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم، ژنتیکی افزایشی مادری، محیط دائمی مادری و اثر ژنتیکی سیتوپلاسمی با در نظر گرفتن کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری بود. درصد واریانس ژنتیکی افزایشی مستقیم، ژنتیکی افزایشی مادری، محیط دائمی مادری و ژنتیکی سیتوپلاسمی به ترتیب 27/19، 6/6، 03/3 و 82/1 از کل واریانس برآورد شد. نقش اثر سیتوپلاسمی با توجه به معنیدار بودن برای ورود به مدل از یکسو و کم بودن میزان واریانس آن از سوی دیگر، بهعنوان تصحیحکننده اهمیت دارد، ولی نمیتواند بهعنوان معیار انتخاب لحاظ شود.
- چکیده انگلیسی: In this research, cytoplasmic inheritance of yearling mohair weight (YMW) in Markhoz kids were studied by using Bayesian statistical method. Using records which gathered through 1992-2011 in Markhoz goat breeding research station in Sanandaj. GLM procedure of SAS statistical software was used to verify statistical significant of environmental factors on YMW and Gibbs1f90 software, based on animal model and Gibbs sampling, were used to estimate genetic parameters . Environmental factors such as year of birth, maternal age and sex as fixed effects, and animal age and body weight at recording time as covariates were considered in the model. Based on the results of this research, the minimum DIC was detected in Model 12. Which includes direct additive genetic effects, maternal additive genetic, maternal permanent environment and cytoplasmic genetic effects, taking into account the covariance between direct and maternal genetic effects. The ratios of direct additive genetic variance, maternal additive genetic, maternal permanent environment, cytoplasmic genetic on phenotypic variance were respectively 19.27, 6.6, 3.03 and 1.82 percent based on the selected model (model 12). In general, the results showed that selection based on direct genetic potential and partly on maternal genetic can improve the YMW. Due to the significant of cytoplasmic effects to enter the model on one hand and the low value of its variance on the other hand, it can be concluded that the role of Cytoplasmic inheritance as a correction factor is important, but it cannot be considered as selection criteria.
- انتشار مقاله: 24-05-1395
- نویسندگان: جمال فیاضی,عمران رستمی,امیر رشیدی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: انتخاب ژنومی,تکنیک بگینگ,صحت ارزیابی
- چکیده: به منظور افزایش صحت ارزیابیهای روش بهترین پیشبینی نااُریب خطی ژنومی (GBLUP)، تکنیک نمونهگیری تجمعی بوتاسترپ (بگینگ) بکار گرفته شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تکنوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم هریک به طول 100 سانتیمورگان شبیهسازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی (LD) بین SNPها و جایگاههای ژنی کنترلکنندة صفات کمی (QTL)، به مدت 100 نسل بین 100 فرد (50 نر و 50 ماده) آمیزش تصادفی صورت گرفت. در نسل 101 (جمعیت مرجع) تعداد نمونهها به 1000 یا 2000 فرد افزایش یافت و برای این افراد یک ارزش فنوتیپی شبیهسازی شد. سپس اثر نشانگرها در این جمعیت با استفاده از روش GBLUP و روش ترکیبی GBLUP با تکنیک بگینگ (BGBLUP) برآورد گردید. در آخر با استفاده از ضرایب رگرسیونی برآورد شده و با توجه به ژنوتیپ نشانگرها برای افراد جوان نسلهای 102 تا 105 که جمعیت تائید نام دارند و فاقد فنوتیپاند، ارزشهای اصلاحی ژنومی محاسبه شد. براساس نتایج پژوهش حاضر، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی روش GBLUP در همة حالات از حیث عددی بالاتر از BGBLUP بوده (p > 0.05) و در مورد نسل اول جمعیت تائید (نسل 102) و بدون توجه به توزیع آثار جایگزینی ژنها، با جمعیتی برابر 1000 (یا 2000) فرد در جمعیت مرجع دامنة صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی روش GBLUP از 049/0±339/0 (042/0±412/0) برای صفت با توارثپذیری 5 درصد تا 015/0±728/0 (015/0±783/0) برای صفت با توارثپذیری 65 درصد متفاوت بود و مقادیر مشابه برای روش BGBLUP نیز به ترتیب 047/0±338/0 (042/0±411/0) و 016/0±725/0 (015/0±780/0) بود.
- چکیده انگلیسی: In order to increase the accuracy of genomic best linear unbiased prediction method (GBLUP), bootstrap aggregating sampling (bagging) technique was applied. In this order a genome consisted of 10,000 bi-allelic single nucleotide polymorphism (SNP) over ten chromosomes, with 100 cM length each, was simulated. To generate linkage disequilibrium (LD) between SNPs and quantitative trait loci (QTL), random mating was simulated for 100 generations between 100 individuals (50 males and 50 females). Then in generation 101 (reference population) number of individuals increased to 1000 or 2000 and their phenotypes were also simulated. Then the marker effects were estimated in this population using GBLUP method or combined this method with bagging technique (BGBLUP). By using these regression coefficients and according to the genotype markers for juvenile individuals in generations 102 to 105, called validation population which had no phenotype, genomic breeding values were predicted. According to the finding of this research, the accuracies of genomic breeding values of GBLUP method were higher than those for BGBLUP (p > 0.05) and about the first testing set (102 generation) and regardless of QTL effects with a population of 1000 (or 2000) observations in the reference set, the range of GBLUP accuracy was 0.339±0.049 (0.412±0.042) for a trait with 0.05 heritability to 0.728±0.015 (0.783±0.015) for a trait with 0.65 heritability, whereas the accuracy of BGBLUP method were varied between 0.338±0.047 (0.411±0.042) to 0.725±0.016 (0.780±0.015).
- انتشار مقاله: 16-11-1396
- نویسندگان: خبات خیرآبادی,جمال فیاضی,هدایت اله روشنفکر,رستم عبداللهی آرپناهی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: علوم دامی ایران
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: آتریپلکس,تولید گاز,دیوارۀ یاختهای,قارچهای شکمبه و گوارشپذیری مادۀ آلی
- چکیده: هدف از انجام این پژوهش، بررسی ویژگیهای تخمیر و فعالیت آنزیمهای تجزیهکنندۀ الیاف توسط قارچهای بیهوازی شکمبۀ شترهای تک کوهانۀ تغذیهشده با علوفههای زراعی و مرتعی بود. ازاینرو با استفاده از محیط کشت اختصاصی، مایۀ تلقیح قارچهای بیهوازی شکمبه تهیه و گوارشپذیری، فعالیت آنزیمی و تولید گاز قارچهای شکمبه بر پایۀ یک آزمایش فاکتوریل 2×2 تعیین شد. نتایج نشان داد که قابلیت (پتانسیل) تولید گاز در تیمارهای حاوی بسترة (سوبسترای) آتریپلکس بیشتر بود ولی نرخ تولید گاز در تیمارهای دارای کاه گندم بیشتر بود. همچنین کل گاز تولیدی نیز در تیمار دارای مایع شکمبۀ تغذیهشده با علوفۀ مرتع و بسترة آتریپلکس (71/50 میلیلیتر) بیشترین بود (01/0P≤). نیتروژن آمونیاکی محیط کشتها در ساعتهای مختلف آزمایش تحت تأثیر نوع تغذیۀ دامها و نوع بستره قرار گرفت (01/0P≤). نتایج نشان داد که گوارشپذیری مادۀ آلی تحت تأثیر نوع مایع شکمبه قرار نگرفت اما با تغییر بستره بهطور معنیداری در آتریپلکس کاهش یافت. همچنین گوارشپذیری مادۀ خشک و دیوارۀ یاختهای در تیمارهای دارای آتریپلکس در پایان آزمایش رو به افزایش بود. فعالیت اندوگلوکاناز و اگزوگلوکاناز قارچهای شکمبه در ساعتهای پایانی آزمایش در مایع شکمبۀ تغذیهشده با علوفۀ مرتع و بسترة آتریپلکس بیشترین افزایش را داشت (01/0P≤). به نظر میرسد برای سنجش شرایط تخمیر علوفههای شورزی در محیط آزمایشگاه، بهتر باشد از مایع شکمبهای استفاده شود که با بستره سازگاری داشته باشد.
- چکیده انگلیسی: The aim of this study was to investigate the fermentation characteristics and cellulolytic enzymes activities of dromedary camels rumen anaerobic fungi in fed with cultivated and pasture forages. Hence, the inoculant of rumen anaerobic fungi was prepared by using specific medium and the gas production, digestibility and enzyme activity of rumen fungi were determined on the basis of a 2 × 2 factorial design. The results showed that gas production potential was higher in treatments containing atriplex substrate, but the rate of gas production was higher in wheat straw treatments. Also the total gas production (50.71 ml) in treatment with rumen fluid of camel fed pasture forage and atriplex substrate was the highest (P≤0.01). The medium's ammonia nitrogen at different times of incubation was affected by the type of feed and substrate (P≤0.01). The results showed that the organic matter digestibility was not affected by the type of feed but was decreased in atriplex treatments by changing substrate. Also digestibility of DM and NDF in atriplex treatment showed increasing trend at the end of experiment. Endo and exoglucanas activity of rumen fungus in treatment with rumen fluid of camel fed with pasture forage and atriplex substrate had the highest increase (P≤0.01) in the final hours of incubation. It seems that for in vitro evaluating fermentation of halophilic forages, it is better to use a rumen fluid accordance with substrate.
- انتشار مقاله: 05-08-1393
- نویسندگان: پوریا دادور,طاهره محمدآبادی,محسن ساری,جمال فیاضی
- مشاهده
- جایگاه : پژوهشی
- مجله: تولیدات دامی
- نوع مقاله: Journal Article
- کلمات کلیدی: تأثیرات مادری,روش آماری بیزی,معیار آکائیک,نرمافزار MTGSAM,وراثتپذیری مستقیم
- چکیده: پارامترهای ژنتیکی مستقیم و مادری در مرغهای بومی استان فارس با روش آماری بیزی، صفات وزن بدن در یکروزگی، 8هفتگی، 12هفتگی، سن بلوغ جنسی، تعداد تخممرغ تولیدی، و میانگین وزن تخممرغها در 28، 30 و 32هفتگی برآورد شد. برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات گوناگون با هر شش مدل حیوانی و نرمافزار MTGSAM انجام شد. بهترین مدل با معیار اطلاعات آکائیک (AIC) محاسبه شد. وراثتپذیری مستقیم وزن بدن در یکروزگی، 8هفتگی، 12هفتگی، سن بلوغ جنسی، تعداد تخممرغ تولیدی، و میانگین وزن تخممرغها براساس بهترین مدل بهترتیب 36/0، 33/0، 30/0، 48/0، 26/0 و 25/0 بود. اثر ژنتیکی مادری برای صفات سن بلوغ جنسی، تعداد تخممرغ تولیدی، و میانگین وزن تخممرغ معنیدار (05/0>P) بود و نسبت واریانس محیطـدائمی مادری به واریانس فنوتیپی از 01/0 (تعداد و میانگین وزن تخممرغ) تا 39/0 (وزن یکروزگی) متفاوت بود. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که روش بیزی با درنظرگرفتن تمام عوامل مؤثر مدلهای پیچیدهتر را بهعنوان مدل مناسب انتخاب میکند.
- چکیده انگلیسی: Genetic parameters direct and maternal in Fars native flows using the Bayesian statistical approach, was estimation with consider body weight at a day of age (BW1), body weight at eight weeks of age (BW8), body weight at 12 weeks of age (BW12), age at sexual maturity (ASM), egg number (EGP) and mean egg weight during 28th, 30th and 32nd week ages (AV283032) Fars native flows. Genetic parameters were estimated by six different animal models and MTGSAM software. The best model was determined using the Akaike information criterion for each trait. The direct heritability (h2) estimates basis best model BW1, BW8, BW12, ASM, EGP and AV283032 0.36, 0.33, 0.30, 0.48, 0.26 and 0.25, respectively. Maternal effects were significant for ASM, EGP and AV283032 traits studied and estimates of maternal environmental variance as a proportion of phenotypic variance (c2) varied from 0.01 (EGP and AV283032) to 0.39 (BW1). Results present research showed that Bayesian approach by considering all factors more complicated models was selected as a model.
- انتشار مقاله: 15-10-1393
- نویسندگان: فاطمه جعفری,محمد تقی بیگی نصیری,جمال فیاضی,محمد علی لغوی
- مشاهده